| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,885,300 | T→G | 5.4% | R75R (CGT→CGG) | yidC → | membrane protein insertase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,885,300 | 0 | T | G | 5.4% | 318.7 / 4.9 | 115 | R75R (CGT→CGG) | yidC | membrane protein insertase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/62); new base G (4/3); total (50/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
ATAAAAACCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCGGCT > NC_000913/3885152‑3885447 | aTAAAAACCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACCCCCgtg > 2:670978/1‑150 (MQ=255) tAAAAACCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCCCCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtgg > 1:1372383/1‑150 (MQ=255) aaaaaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggt < 2:1149462/150‑1 (MQ=255) aaaaaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggt < 1:1366141/150‑1 (MQ=255) aaaaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGCCAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGATACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggtg > 1:727635/1‑150 (MQ=255) acaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCCCGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggtgg < 2:1347742/148‑1 (MQ=255) aaaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGCCCACCGCCGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTTCCGGCCAGGGGCCAGGGGAAACTGATCGCGGGTAAGAACGCCGTGCTTGATCTGCCCATCAACACCCgtggtgg > 1:157050/1‑150 (MQ=255) aaaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggtgg < 2:1249976/150‑1 (MQ=255) aaaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggtgg < 1:879672/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGTGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggtggt < 2:1075554/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggtggt < 1:195586/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggtggt > 1:792091/1‑150 (MQ=255) aCCCGCAACCTCAGGCCCAACACACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGCGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggtggtg < 2:181489/150‑1 (MQ=255) 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cGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAag < 2:1264297/150‑1 (MQ=255) accaccGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGCCCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAagag > 2:550545/1‑150 (MQ=255) accaccGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAagag < 1:1200163/150‑1 (MQ=255) ccaccGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGc > 2:405526/1‑150 (MQ=255) gCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCCAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAAc > 1:1840217/1‑150 (MQ=255) 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cacCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAAccc < 2:875008/150‑1 (MQ=255) acCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCg < 2:600263/150‑1 (MQ=255) | ATAAAAACCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCGGCT > NC_000913/3885152‑3885447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |