| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 854,794 | G→T | 5.7% | intergenic (+29/+30) | ybiR → / ← ldtB | putative transporter/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 854,794 | 0 | G | T | 5.7% | 400.5 / 12.3 | 142 | intergenic (+29/+30) | ybiR/ldtB | putative transporter/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/70); new base T (5/3); total (69/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGACCGGTCACTGTCTGCACGCTCTTCGTCAGGGTAATTGGCACAA > NC_000913/854645‑854942 | tGCGCTACGTTTGGCGAACGATGGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCTTCTCTATTCAATTCCGATGCAGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTGTTGTTAGTTATTCTCCCGTCGAACTAGTGTCTGGCAAATAAAAATGGCGGATTATg < 2:1598757/150‑1 (MQ=255)tGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTTGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATg < 2:934357/150‑1 (MQ=255) gcgcTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGa > 1:1248424/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |