| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,048,429 | C→T | 6.9% | W88* (TGG→TAG) ‡ | gfcC ← | putative O‑antigen capsule production periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,048,429 | 0 | C | T | 6.9% | 354.1 / 10.7 | 116 | W88* (TGG→TAG) ‡ | gfcC | putative O‑antigen capsule production periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/53); new base T (3/5); total (58/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CCCCGACCAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCACGGGGCCAA > NC_000913/1048280‑1048576 | ccccGACCAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCCCTCCTACAAAATCACGGTCCAGCTTGACCGGCAAGCGCCCAGTGATAGTGTCATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCCTCAGCTTCTGCTTccc < 2:262466/150‑1 (MQ=255) cccGACCAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATTGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCa > 2:567062/1‑150 (MQ=255) cGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagcaga < 1:1064953/150‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |