| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,048,430 | A→G | 7.0% | W88R (TGG→CGG) ‡ | gfcC ← | putative O‑antigen capsule production periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,048,430 | 0 | A | G | 7.0% | 337.0 / 11.9 | 117 | W88R (TGG→CGG) ‡ | gfcC | putative O‑antigen capsule production periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/52); new base G (3/5); total (58/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CCCGACCAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTTCCACGGGGCCAA > NC_000913/1048281‑1048576 | cccGACCAACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATTGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCa > 2:567062/1‑150 (MQ=255) cGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagcaga < 1:1064953/150‑3 (MQ=255) cGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagcaag < 1:1245924/150‑1 (MQ=255) 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tCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTtgtg < 2:223842/150‑1 (MQ=255) tCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGGCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGGCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTtgtg < 2:153643/150‑1 (MQ=255) cGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTgtgt < 1:561465/150‑1 (MQ=255) ggtGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGGCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTc < 1:321429/148‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTc > 2:741437/1‑150 (MQ=255) gccgccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCAcc < 1:1403125/150‑1 (MQ=255) gccgccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTATTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGACAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCAcc > 2:654320/1‑150 (MQ=255) gccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACAGGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAAc > 1:1182718/1‑150 (MQ=255) acaTCGTCGTCAGCTTCTGCGTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTgg < 2:1159075/150‑1 (MQ=255) caTCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGa < 2:1085415/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |