Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,596,781 | A→T | 5.6% | K264N (AAA→AAT) | lgoD → | L‑galactonate oxidoreductase; L‑gulonate oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,596,781 | 0 | A | T | 5.6% | 1562.4 / 4.2 | 504 | K264N (AAA→AAT) | lgoD | L‑galactonate oxidoreductase; L‑gulonate oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (285/135); new base T (3/43); total (288/216) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 510 total aligned reads displayed.
GCCGAAGATTTTGACGCGCAGCTACGGGCGCAGTTTGGTGGTTCGCTGGCGCAGAAAGTGATCGACGCGACAGGTAATCAACATGCGATGAATAACACCGTGAATTTGATTCGTCACGGCGGCACGGTGGTATTTGTCGGCCTGTTTAAAGGTGAGTTGCAGTTCTCCGATCCGGAATTCCATAAAAAAGAAACGACGATGATGGGCAGCCGCAACGCCACGCCGGAAGATTTTGCTAAAGTCGGTCGACTGATGGCGGAAGGAAAAATCACTGCTGACATGATGTTAACCCATCGCTA > NC_000913/4596632‑4596930 | gAAGATTTTGACGCGCAGCTACGGGCGCAGTTTGGTGGTTCGCTGGCGCAGAAAGTGATCGACGCGACAGGTAATCAACATGCGATGAATAACACCGTGAATTTGATTCGTCACGGCGGCACGGTGGTATTTGTCGGCCTGTTTAAAGGt > 1:7741348/1‑150 (MQ=255) gAAGATTTTGACGCGCAGCTACGGGCGCAGTTTGGTGGTTCGCTGGCGCAGAAAGTGATCGACGCGACAGGTAATCAACATGCGATGAATAACACCGTGAATTTGATTCGTCACGGCGGCACGGTGGTATTTGTCGGCCTGTTTAAAGGt > 1:2835816/1‑150 (MQ=255) gAAGATTTTGACGCGCAGCTACGGGCGCAGTTTGGTGGTTCGCTGGCGCAGAAAGAGATCGACGCGACAGGTAATCAACATGCGATGAATAACACCGTGAATTTGATTCGTCACGGCGGCACGGTGGGATTTGTCGGCCTGTTTAAAGGt > 1:7456962/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |