| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 572,115 | C→A | 6.2% | A221D (GCT→GAT) | ybcM → | DLP12 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 572,115 | 0 | C | A | 6.2% | 1349.4 / 9.8 | 434 | A221D (GCT→GAT) | ybcM | DLP12 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (209/183); new base A (2/39); total (211/223) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 446 total aligned reads displayed.
GCTATCCGAACCCGGCACAAAATGGACAGCAAACAAGGTTGCTCGATATCTCTACATTTCTGTTTCTACATTACATCGCCGTCTAGCAAGCGAGGGGGTAAGTTTCCAAAGTATACTGGACGATGTGAGGTTAAATAATGCGTTGTCTGCTATACAAACGACGGTAAAACCTATAAGCGAGATTGCCAGAGAAAATGGTTATAAGTGTCCTTCTCGTTTTACTGAAAGATTTCATAATCGTTTTAATATAACACCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGA > NC_000913/571966‑572264 | gctATCCGAACCCGGCACAAAATGGACAGCAAACAAGGTTGCTCGATATCTCTACATTTCTGTTTCTACATTACATCGCCGTCTAGCAAGCGAGGGGGTAAGTTTCCAAAGTATACTGGACGATGTGAGGTTAAATAATGCGTTGTCTGc > 1:3969931/1‑150 (MQ=255)gctATCCGAACCCGGCACAAAATGGACAGCAAACAAGGTTGCTCGATATCTCTACATTTCTGTTTCTACATTACATCGCCGTCTAGCAAGCGAGGGGGTAAGTTTCCAAAGTATACTGGACGATGTGAGGTTAAATAATGCGTTGTCTGc < 1:8166665/150‑1 (MQ=255)gctATCCGAACCCGGCACAAAATGGACAGCAAACAAGGTTGCTCGATATCTCTACATTTCTGTTTCTACATTACATCGCCGTCTAGCAAGCGAGGGGGTAAGTTTCCAAAGTATACTGGACGATGTGAGGTTAAATAATGCGTTGTCTGc < 1:1990556/150‑1 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ccGGCACAAAATGGACAGCAAACAAGGTTGCTCGATATCTCTACATTTCTGTTTCTACATTACATCGCCGTCTAGCAAGCGAGGGGGTAAGTTTCCAAAGTATACTGGACGATGTGAGGTTAAATAATGCGTTGTCTGCTATACAAacga > 2:1943526/1‑150 (MQ=255) ggCACAAAATGGACAGCAAACAAGGTTGCTCGATATCTCTACATTTCTGTTTCTACATTACATCGCCGTCTAGCAAGCGAGGGGGTAAGTTTCCAAAGTATACTGGACGATGTGAGGTTAAATAATGCGTTGTCTGCTATACAAacgacg > 1:6407840/1‑150 (MQ=255) gCACAAAGTGGACCGCAAACAAGGTTGCTCGATATCTCTACATTTCTGTTTCTACTTTACATCGCCGTCTTGCACGCGAGGGGGTAAGTTTCCAAAGTTTACTGGACGATGTGAGTTTAAATATTGCGTTGTCTGCTATACAAACGACgg < 2:5920169/150‑1 (MQ=255) acaAAATGGACAGCAAACAAGGTTGCTCGATATCTCTACATTTCTGTTTCTACATTACATCGCCGTCTAGCAAGCGAGGGGGTAAGTTTCCAAAGTATACTGGACGATGTGAGGTTAAATAATGCGTTGTCTGCTATACAAACGACGGTa > 2:3243274/1‑150 (MQ=255) acaAAATGGACAGCAAACAAGGTTGCTCGATATCTCTACATTTCTGTTTCTACATTACAACGCCGTCTAGCAAGCGAGGGGGTAAGTTTCCAAAGTATACTGGACGATGTGAGGTTAAATAATGCGTTGTCTGCTATACAAACGACGGTa > 1:1003312/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |