| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,959,457 | 0 | T | G | 6.5% | 1435.8 / 19.2 | 472 | intergenic (+12/+75) | ilvC/ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (131/300); new base G (39/2); total (170/302) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.12e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 475 total aligned reads displayed.
GCTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCG > NC_000913/3959308‑3959605 | cTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATg < 1:3765976/150‑1 (MQ=255) tATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGc > 1:8505535/1‑150 (MQ=255) aTTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCCAATCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGACACGTATAGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGcc > 2:5371420/1‑150 (MQ=255) 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tataTGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAatg < 1:3497015/150‑1 (MQ=255) tatGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAatgat < 1:7989912/150‑1 (MQ=255) atatGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCCCCGGGTGCGGGAGTAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGGGAAGGCCTTGCGAGTAGGGGC‑GGTGCCGCACCTTAGTGGTGTGAGATc > 2:6492931/1‑150 (MQ=255) tatGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATcc < 2:3144027/150‑1 (MQ=255) aaaCGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCCACCCTCACCCACACGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCGGGAGACGGCCGTGCGCTTAGTTGC‑GGGACAGCACCATAATGATGTGCTAACCGCAc > 2:4499219/1‑150 (MQ=37) aaaCGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCCCACCCCCACCCACACCCACACGGCGCGGGAGAAAACACACAAGGCCATCTCCAGGCGGAGCCCGGGCTAATAGGTGCGGGTAC‑CCACCGTAATTATGTGATATACGacc > 2:527177/1‑148 (MQ=255) aaaCGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAGGCCCACACCCCCACCCGCACCCCCAGGGGGAGGGAGAAAACACACAAGGCCGTAAACAGGGGAAGGCCATGCTAATATTTTA‑GGTACAGCACCATAAAGATTTGGTATAAGAAc > 1:9160241/1‑150 (MQ=255) aCGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCACTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACAAAAGGCCTTCTCCTGGTGAAGGCCGTGCTATTAGTTGC‑GGTACACCACCATAATGATGTGATATCCGAAATg > 2:8290980/1‑150 (MQ=37) tGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGtgtg < 2:8604/150‑1 (MQ=255) cTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCa < 2:7388506/150‑1 (MQ=255) tGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACACAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTAATAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAg > 2:9245853/1‑150 (MQ=255) gCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCggg < 2:1483256/150‑1 (MQ=255) gCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCggg < 2:1312116/150‑1 (MQ=255) gggTTAAGTGCGCGCTGATGCCCACACCCCGACCCGATCCCCCAGGGAGAGGGACAAAACAAGCAAGCCCTTCTCCTGGTCACGGCCATGATAATAGGTGC‑GGTACCGCACCAAAAGTATGTGATATCCGAAGGGGGTGAGCAGCGGGcc > 2:6096648/1‑150 (MQ=255) ttAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGt < 1:7895029/150‑1 (MQ=255) 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gATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCGCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTAcc < 2:8851138/150‑1 (MQ=255) aTGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCg < 2:1853498/150‑1 (MQ=255) | GCTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGC‑GGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCG > NC_000913/3959308‑3959605 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |