| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,788,674 | A→T | 5.3% | intergenic (+25/‑311) | ygaQ → / → csiD | uncharacterized protein; putative enzyme/carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,788,674 | 0 | A | T | 5.3% | 716.9 / 22.2 | 200 | intergenic (+25/‑311) | ygaQ/csiD | uncharacterized protein; putative enzyme/carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/110); new base T (7/4); total (86/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCC > NC_000913/2788525‑2788820 | aTTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACgg < 1:4321959/150‑1 (MQ=255) tATCCCCCCTGTTAATGTATTTTCGCTTAGAGTAGGAACTCTAAATATCAATATTCGTGGGGGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACgggg < 1:3442744/150‑1 (MQ=255) cccccTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCAATAAAACGGGGCAGa < 1:1319632/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |