| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,788,676 | A→T | 5.6% | intergenic (+27/‑309) | ygaQ → / → csiD | uncharacterized protein; putative enzyme/carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,788,676 | 0 | A | T | 5.6% | 708.5 / 21.4 | 200 | intergenic (+27/‑309) | ygaQ/csiD | uncharacterized protein; putative enzyme/carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/111); new base T (8/3); total (86/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.74e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
AATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAA > NC_000913/2788529‑2788824 | aTTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACgg < 2:2686071/150‑1 (MQ=255) cccccTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCAATAAAACGGGGCAGa < 1:1319632/150‑1 (MQ=255) tGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATCTCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGTTTTATCGGGGCAGatataa < 1:2992474/150‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |