| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,392,212 | C→G | 5.0% | intergenic (‑184/+246) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,392,212 | 0 | C | G | 5.0% | 954.6 / 2.1 | 332 | intergenic (‑184/+246) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (162/141); new base G (3/19); total (172/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
ATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGC > NC_000913/3392063‑3392361 | aTTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTcc < 2:1772162/150‑1 (MQ=255) ttttttCCGGCTGCCGGTTGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGTTTTTGTTCCGTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAACTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCg < 1:132941/150‑1 (MQ=17) tttttCCGGCGGCCGTAGGCGGCGTGACCGCCCTATCCAGCCTACGTTTTTGTCCCGGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGt < 1:620784/150‑1 (MQ=17) cggcggCCGGTGGGGGCGTGAACGCCCTACCCCGCCTCGGGTTTTGTGCGGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAg < 1:2626380/150‑1 (MQ=14) ggCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAgg < 2:931545/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGc < 1:2709070/150‑1 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCt > 1:1454537/1‑150 (MQ=255) ccGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGa > 2:3606638/1‑150 (MQ=255) cggtggcggcgTTAACGCCCTACCCACCCTAGGGTTATGTTCCGGTTTTTTCGCCTTATAATAGGCACCGGGTCGCATCCGCAAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:3293160/145‑1 (MQ=14) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGAt > 2:3106764/1‑150 (MQ=255) ggATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCATAGGGTTATGTTCCGGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATa < 1:3418798/150‑1 (MQ=255) gATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTTGGCCTGATaa > 2:728315/1‑150 (MQ=255) ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGc > 2:2389635/1‑150 (MQ=255) ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGCCCTGATAAGACGc > 1:1215751/1‑150 (MQ=255) ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTGTAGGCCTGATAAGACGc > 1:767196/1‑150 (MQ=255) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca < 1:3282392/150‑1 (MQ=255) cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 1:1604676/150‑1 (MQ=255) cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 1:639131/150‑1 (MQ=255) cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 2:2316037/150‑1 (MQ=255) cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGc > 1:3806172/1‑150 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCa > 1:722725/1‑150 (MQ=255) cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAt < 2:195736/150‑1 (MQ=255) cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAt > 1:2016937/1‑150 (MQ=255) cTAGCCAGCCTCCGGTTATGGTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGTCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAt < 2:2253941/150‑1 (MQ=255) tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc > 2:279539/1‑150 (MQ=255) ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg < 2:3049278/150‑1 (MQ=40) ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg < 1:1607856/150‑1 (MQ=40) cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc > 1:1672766/1‑150 (MQ=39) 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cTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGACGCAt > 2:2907801/1‑150 (MQ=255) ttATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc > 1:3611228/1‑150 (MQ=255) ttATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc > 2:3330825/1‑150 (MQ=255) tagccGCCCTCCGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa < 1:347567/147‑1 (MQ=255) agccGCCCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 2:2315122/148‑1 (MQ=37) aTCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAACAg > 2:1360146/1‑150 (MQ=255) tCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTATGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg > 2:2720793/1‑150 (MQ=255) cGACCTCCGTTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCa < 1:3560212/150‑1 (MQ=255) cGACCTACGTTTAT‑TTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCa < 1:3034203/150‑1 (MQ=255) cGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCa > 2:2900079/1‑150 (MQ=38) cGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCa > 2:1218041/1‑150 (MQ=38) gACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCac > 1:3967341/1‑149 (MQ=38) gACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCaa > 1:1972714/1‑150 (MQ=38) aCCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc > 1:4333567/1‑150 (MQ=37) gggTTAT‑GTTCGGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTTTGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTg < 2:2566953/149‑1 (MQ=255) tttttCGGTTTGTAGGCATGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGa < 2:1060783/147‑1 (MQ=9) t‑GTTCGGTTTGTTGGCCTGTAACGACGCAACGCTTCGCATACGGAACCGGCTGCCGTAGGCGGCGTAAACGCCTTACCCGACCTACGTTTTTTTCCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAt < 2:2589617/150‑1 (MQ=11) t‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAt < 2:2457645/150‑1 (MQ=35) ttCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgc > 2:4222509/1‑150 (MQ=35) tCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAAGCGGCGTAAACGCCTAATCCGACCTACGGTTATGTTCAGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCTCATCAGGCAACGGCTGCCGCATgcg > 1:316166/1‑150 (MQ=11) cGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgcggc > 2:1746183/1‑150 (MQ=32) cGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTATGTAGGCCTGATGAGACGCACAGAGACGCATCAGGCGACGGCTGCCGCAggcggc > 2:2523411/1‑150 (MQ=11) | ATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGC > NC_000913/3392063‑3392361 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |