New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_000913 | 4569970 = | NA (NA) | noncoding (25/99 nt) | RIP347 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP347 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
ATGGATACAAAAGATTACCGGACTTTCGGCAGAGCAAATGCAGGCATTAAGGCAGCCCTTGCCTGAGCGTGAGCGCTATTCATGGCTCAAGAGCTAATCAGAGACGGATGACAAACGCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCAAAGATAAAACGAGTCACAGG > NC_000913/4569822‑4570118 | aTGGATACAAAAGATTCCCGGACTTTCGGCAGAGCAACTGCAGGCATTAAGGCAGCCCTTGCCTGAGCGTGAGCGCAATTCATGGCTCAAGAGCTAATCAGAGACGGATGACAAACGCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTc < 2:1680413/150‑1 (MQ=255) aTGGATACAAAAGATTACCGGACTTTCGGCAGAGCAAATGCAGGCATTAAGGCAGCCCTTGCCTGAGCGTGAGCGCTATTCATGGCTCAAGAGCTAATCAGAGACGGATGACAAACGCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTc < 2:1506254/150‑1 (MQ=255) tGGATACAAAAGATTACCGGACTTTCGGCAGAGCAAATGCAGGCATTAAGGCAGCCCTTGCCTGAGCGTGAGCGCTATTCATGGCTCAAGAGCTAATCAGAGACGGATGACAAACGCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCt < 2:373553/150‑1 (MQ=255) 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cGCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGc > 2:687777/1‑150 (MQ=255) gCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCg > 1:1871287/1‑150 (MQ=255) gCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCg < 1:727317/150‑1 (MQ=255) cAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATATCCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGa > 1:298791/1‑150 (MQ=255) cAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGa > 1:1693213/1‑150 (MQ=255) cAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGa < 1:403025/150‑1 (MQ=255) aaGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATg < 2:790793/150‑1 (MQ=255) agcagcCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGTAACGTGGCGATGa > 1:950458/1‑150 (MQ=255) gcCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCa > 2:848150/1‑150 (MQ=255) CCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAg > 2:248212‑M1/1‑150 (MQ=255) CTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGc < 2:1706015‑M1/150‑1 (MQ=255) GATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCaa < 2:1835624‑M1/150‑1 (MQ=255) ATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTTTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCaaa < 1:1572711‑M1/150‑1 (MQ=255) ATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCaaa < 2:456364‑M1/150‑1 (MQ=255) TGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCAAAg < 2:159406‑M1/150‑1 (MQ=255) tATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCAAAGATaaa > 1:1626046/1‑150 (MQ=255) tATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCAAAGATaaa > 1:783775/1‑150 (MQ=255) aTGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCAAAGATaaaa < 1:174686/150‑1 (MQ=255) gCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCAAAGATAAAACg < 2:32701/150‑1 (MQ=255) ttATCATGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCAAAGATAAAACGAg < 2:289665/150‑1 (MQ=255) tATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCAAAGATAAAACGAGt > 2:1955183/1‑150 (MQ=255) ggTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTATACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGAACCAGAAAAGATAAAACGAGTCACAg > 2:863397‑M2/3‑150 (MQ=255) | ATGGATACAAAAGATTACCGGACTTTCGGCAGAGCAAATGCAGGCATTAAGGCAGCCCTTGCCTGAGCGTGAGCGCTATTCATGGCTCAAGAGCTAATCAGAGACGGATGACAAACGCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCAAAGATAAAACGAGTCACAGG > NC_000913/4569822‑4570118 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |