| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,304,523 | G→C | 10.8% | intergenic (+130/+585) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,523 | 0 | G | C | 10.8% | 102.1 / 4.2 | 52 | intergenic (+130/+585) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/29); new base C (4/2); total (19/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATC > NC_000913/2304374‑2304672 | aCAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGACCCCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGGCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTATTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCgg < 1:151924/150‑1 (MQ=255) aCGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCAc > 2:1526094/1‑150 (MQ=255) gcgGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACGTCCAACGCACGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATAAGGCCTTCAAAGCTGTGAAGTGCGGCAccc > 1:1038885/1‑150 (MQ=17) gcgGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAccc < 1:254283/150‑1 (MQ=255) gcgGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCAccc < 2:1594563/150‑1 (MQ=255) cgGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTGATCAGGCCTCCACCGCTGTGAAGTGCGGCGcccc > 1:1031916/1‑150 (MQ=255) tAGTTCTCTAAACTGACGTGAATTGCGGCACCCAGTATGTCAGACAAGGCGGTCACGCAGCATCCTACATCCTAAGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACTCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTa < 1:1013377/150‑1 (MQ=14) gtgTTCGCTAAACTGCCGGTAAGGGCGGCACCCGGTAGGGCAGACAAGGCGGTCACGCAGCATCCGACATCCAACGCCCGTGCGGGTTGCCTGATGCTACGCTGGCGCGGCTTATCAGGGCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTa < 1:218435/148‑1 (MQ=14) ttCGCTAATCTTCCGTGAACTGCGCCAGCCCGTAGGTCAGCCATGCCGGTCAGTCCTTTTACTTCATAATTCCCCCGACCCGTTTGCCTTATTCTACTGTGGCTCGTCTTTTGAGGGCTACACCGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGt < 2:82313/150‑1 (MQ=255) tCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTc < 2:1512782/150‑1 (MQ=255) cGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGGAGGTCa > 1:222093/1‑150 (MQ=255) aaaCTGGCGTTACCTGCGGCAGCCCGTCCGCCAGCCAAGGAGGCCACTCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGTTTGCGTGAGCCCACTCTGTCTCGGCTTATCAGGCCTACACCGCGGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACa < 2:1233104/150‑1 (MQ=9) ccGTGACGTGCGGCACCCGGTTGGTCAGCCCAGGCGGTCACGCCTCATACGACATCCCACGCCCGAGCCGGTGGCGTTATTCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGGCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCgg < 2:1925106/150‑1 (MQ=14) tGCGGCACCCCGTAGGGCAGACAAGGCGGGCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCAcgccg < 1:884007/150‑1 (MQ=255) cGGCAGCCCGTAGGTCAGACAAGTCGGTCACGCAGCATCCGACATCCCACGCCCGAGCCGGTTGCCTTATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCa < 2:27260/150‑1 (MQ=14) ccccGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCTTCCGAGATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGa < 1:2014415/150‑1 (MQ=255) cccGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACTCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTTTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGAc < 1:1554135/150‑1 (MQ=255) gacAGACATGTCGGTCACGCATCATCCGACATCCAACGCCCGAGCGGGTTGCGTTATGCTACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAAc < 2:447082/148‑1 (MQ=14) tCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTGCGACACGGCGGTCTCGCCGCAGCGGACCTCCACCg > 1:486749/1‑150 (MQ=11) cAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCGGAGAAGGCGGTCACGCCGCAGCCGACATACTACGc > 2:1011934/1‑150 (MQ=11) cAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCCCTACACCGCTGTGATGTGCGCCACACCGGAGGACAGAAAAGGCGGTCACGCCGCCTCGGACATCAAACGc > 1:1087744/1‑150 (MQ=11) tgACCAGGCGGTCACTCCGCATCCCACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGcc < 1:500618/149‑1 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACACCGTAGGTCAGACAAGGCGGTACCGCAGCAGCCGACATAACCCGCCCGCGCCGGTTg > 1:1208996/1‑150 (MQ=11) cACGCCGCCTCCTACATCCCACGCCCGAGCGGGTGGCCGGATGCGACGCTGGCGCCTCGTACCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGc < 1:1012513/150‑1 (MQ=14) ctCCCACGCCCGACCCGCTGGCCGTAGCCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACACGGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg < 2:433583/149‑1 (MQ=14) ccttcccccGAGCCGGTTGCCTTATGCTACGCTGTCTCGTCTTATCAGGCCTACACCGCGGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGTCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg < 2:1478628/144‑1 (MQ=14) aaagCCCGTGCCGGTTGCGTGATTGTAAGATGTCGAGTCTTATCATGGCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg < 2:1544369/147‑1 (MQ=14) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGcc > 1:1079480/1‑150 (MQ=255) ggCCGGATGCGACGCTGCCGCGGCTGATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTac < 2:727620/149‑1 (MQ=255) tGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCGACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGCCAAGGCGGGCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtg < 1:1863232/150‑1 (MQ=255) ctaCGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtgtg < 2:653158/148‑1 (MQ=255) cgcgTCTTATCATTCCTACAATGCTGTGAAGTGCGCTAACCCGTAGGTCTGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCTAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTcc < 2:486749/150‑1 (MQ=11) cgcgTCTTATCATGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTcc < 2:1926302/150‑1 (MQ=255) tCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTGCACCCCGTAGGTCAGA‑AAGGCGGTCAAGCCCCCTACGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCCACGCTTGCGCGTATTATAAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAcccc > 2:694562/1‑150 (MQ=14) caccgcccTACCCCGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACCACGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGCTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa < 1:104009/144‑1 (MQ=11) aTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGACGTATCAGGCCGACACCGCAGTGCAGTGCTCCACCCCGTa > 1:1397148/1‑150 (MQ=14) tatcgcTAAACAGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGTTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAgg < 2:1591514/145‑1 (MQ=255) gcTACACCGCTGTGAAGTGCTGCACCCCGTTTGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGTGCCGGTTGCCTGATGGGAAGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCgg < 2:758609/149‑1 (MQ=14) ccTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCAACCCCAGAGGGCAGTGCTGCACCCCCTACCTCgg > 1:831136/1‑150 (MQ=11) ccTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCGTATCAGGCCTGCCCCGCAGGGCAGGGCTCCCCCCCGGAGGACgg > 1:823936/1‑150 (MQ=14) tACACCGCCGTGAAGGGCGGCACCCCGTTGGGCAGACACGGCGGTCACGCCTCATCCGACATCCACCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGAt < 1:1269896/150‑1 (MQ=14) acacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATa < 2:609862/150‑1 (MQ=255) acCGCCGTGAAGTGCTTCACTCCTTAGGTCTGACAAGGCTGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCTCGTCTTTTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAg < 1:1948729/150‑1 (MQ=11) ccGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGAGACGCTGGCGCCTCAGATCAGGCCTACACAGCAGTGGAGTGCTCCTCACCGTAGGTCGGAttgtt > 1:1330070/1‑146 (MQ=14) cTGTGATGGGCGGCACCCCGTCGGGCAGACAAGGCGGGCACGCCGCTTCCGACTTCCCACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCgg < 1:1132154/150‑1 (MQ=11) cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTGATCAGGCCACCACCGCTCTGAAGTGCTCACACCCGTACGTCGGATAAGGCgg > 1:1724821/1‑150 (MQ=14) tgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCTCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCGTGATGCGACCCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGt < 1:168498/150‑1 (MQ=255) gAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAGGGCGGTTAc > 1:872700/1‑150 (MQ=255) gAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAAAGCACGAGACGGTTGCCTGATGCGAAGCTGTCGATTGTTATCAGGCGTTCACAGCTGGGAAGTGCTAAAACAAGTAGGTGGGATAAGGCGGTTAc > 2:1112036/1‑150 (MQ=14) gAAGTGCGGCACCCCGGAGGTCAGACAAGGCGGGCACGCCACATCCGACATCCATCGCCCGAGCCGGTGGCGTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAc < 2:1947525/150‑1 (MQ=14) aaGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTAACGCCGCATCCGACATACAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACTCTGGCGAGTCTTATAAGGACTACCCCGCTGTGAAGTTCTACACACCGTAGGTGGGGTAAGGCGGTTAcg > 2:274798/1‑150 (MQ=14) gcgccgCACCCCGTAGGTCAGACAAGCCGGGCACGCCGCATCCTACATCCAACTCCCCTGTCTGCTTCCTGCTGCGACGCAGGCTCGTCTTTTCAGGCCTACACCGCCGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgcc < 2:1038884/145‑1 (MQ=11) gTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCTGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgcc > 1:1630143/1‑150 (MQ=255) tGCGTCACGCCGTAGGTCAGCCAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATACAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGGGACGCTGGCTCGTCTTAAGAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccg < 2:1960960/150‑1 (MQ=14) gCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATc < 2:624080/150‑1 (MQ=255) | ACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATC > NC_000913/2304374‑2304672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |