| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,438,876 | G→T | 5.3% | M309I (ATG→ATT) | flk → | putative flagella assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,438,876 | 0 | G | T | 5.3% | 365.9 / 8.2 | 122 | M309I (ATG→ATT) | flk | putative flagella assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/56); new base T (5/2); total (64/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAAGAGTAA > NC_000913/2438727‑2439023 | gTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATgg > 2:1361693/1‑150 (MQ=255) tCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGc < 1:917762/150‑1 (MQ=255) cTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCa > 2:1594543/1‑150 (MQ=255) ttCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAAc < 1:1572536/150‑1 (MQ=255) tCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAAcg < 2:1323662/150‑1 (MQ=255) tGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAAcgcg < 1:588242/150‑1 (MQ=255) gcgcAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACGCGTTGCCATATTTTGCAACgtgt < 1:591511/150‑1 (MQ=255) catcGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGTCAACGCGTCCCtcgc > 1:1930793/1‑150 (MQ=255) catcGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCgcgc < 1:493779/150‑1 (MQ=255) tcGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCtg < 1:388491/150‑1 (MQ=255) gCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTACTCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCtgtg < 1:559969/150‑1 (MQ=255) gCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGAGTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCtgtg < 1:1853557/150‑1 (MQ=255) cTTTCTTCTGCCCCGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACTGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATTCAACCGCTGATTAATCCTTTTCCACCGATGATCGACAAGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTgg < 1:414467/150‑1 (MQ=255) 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atatGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAAGAGt < 1:1335751/150‑1 (MQ=255) atGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCCGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAAGAGTaa > 2:1437973/1‑150 (MQ=255) | GGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAAGAGTAA > NC_000913/2438727‑2439023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |