| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,996 | G→T | 20.4% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 20.4% | 128.3 / 9.4 | 81 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/34); new base T (13/5); total (42/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560847‑2561144 | aaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTTTTATTCAAGCCGTACAACATGTAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGACTTAATTCAATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg > 1:1347748/1‑150 (MQ=255) gAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGTATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 2:826853/150‑1 (MQ=255) tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATACCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGATGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 2:1509580/150‑1 (MQ=255) tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 2:727206/150‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 1:1582323/150‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTACATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGAGGGTAATAATTTGCCGTTAAggat > 1:181664/1‑148 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTATCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTTGAGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTg > 1:374293/1‑150 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGACTTTAAGGTgg > 1:444446/1‑150 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGTGTCAAAATTTGCCTTGTAGGTTGGTCAATAGt > 1:92418/1‑150 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGAGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTATGCCTTAATTACATTAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTTCAGTTAGTGGATGGTCAAAAGTTGAATTTAAGGAGAGTCAAATGt > 1:531652/1‑150 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCTTGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGCTGGTTAAAAAGTTGCCTTAAAGGAGTGGCAAAAGtt > 2:996466/1‑150 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 1:537580/1‑150 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATTTTGGTGGGTAAAAATTTCCCTTTAAGGGGGGGAAAAAGtt > 1:760742/1‑150 (MQ=255) aGTTATTATTCAAGCAGTACAACATGAAATAACTGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCTGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg < 1:723703/150‑1 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGTGCAATGTTCCCGCCTTTGCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:1282419/150‑1 (MQ=255) tattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGTGTAAAATGTTTCAGTTa > 1:625113/1‑150 (MQ=255) tattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGCAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 1:1217781/150‑1 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAATTTGACTTTTAGGAGTGTCAAAATTTgaattaaa > 2:1219485/1‑143 (MQ=255) cAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTAAAAATTTGCCGTTAAGGAGTCTAAAAAGATGAAGTTAAGGt > 2:461370/1‑150 (MQ=255) cAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 1:1024923/150‑1 (MQ=255) atgCCGTACAACCTGAAATACCGGACTCAGCCGGGCAATTTTCCCGCCTTTTCTTTGACTAAATTCCATTAATTCAGTGGGGTCAAAAGTTGCCGTTTTGGGTGGGTCAACATTTTCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 2:1347180/148‑1 (MQ=255) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 2:1999431/150‑1 (MQ=255) aGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 1:1624027/150‑1 (MQ=255) aGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 1:1155427/150‑1 (MQ=255) aGCAGTATATCATGAAATCACGGTATTAGGGGTGCATTGATCCGGCCTTTTGTTTTCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTCGCCGTTAGTGTTGGGTGAATAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 1:1461779/150‑1 (MQ=25) gCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCATTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTGTGGTTGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:1479276/150‑1 (MQ=255) cGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc > 2:1765882/1‑150 (MQ=255) aaacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTATGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGGTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCaaaa < 1:1578026/149‑1 (MQ=255) acaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCTATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATACAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTGAGGTGGGTCAAAAGTTGACTTTAAGTTGTGTCAAAATTTTCAGTTAAGGAGGGTGTAAAGt > 1:270933/1‑150 (MQ=37) caTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCTAAAGTTGCGGTTTAGGTGGGTCAAAAGtt > 1:1913498/1‑150 (MQ=255) gAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTCGGACTAAAGtttaa > 2:391097/1‑147 (MQ=255) gAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAATTGTTGCCGTGTAGGTGGGGCAAATGTTGcg > 1:1506481/1‑149 (MQ=255) aTAAAGGAATCTGCCTTGCAATCTTCCCGCCTTATCTTTTCCATAATTCCATGAATTCAGGTGTGTCAATCGCTGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTAAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAg < 2:1231375/150‑1 (MQ=21) aCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGGTTAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTaa > 2:1690451/1‑150 (MQ=255) cGGAATCAGGCGGGCAATTTTCCCGCCTTTTATTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGCTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAg < 1:1691111/150‑1 (MQ=255) aaTCAGGCGGGCAATGTTACCGCCTTTTCTTTGCCTTAAATCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTACTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGGGGGTATAATGTTTCCGAGTAAGAAt > 2:775758/1‑150 (MQ=37) cgtctggCAAATTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCCGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTcta < 2:1674613/145‑1 (MQ=37) aGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTC‑AAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac > 1:696531/1‑150 (MQ=255) ggCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTTAGGTGGGTCTAAAGTTTACGAGTAAGAATTctaa > 1:546606/1‑149 (MQ=37) cccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAATTTGCCTTTTAGGAGGCTCAAAAGTTGAAGAAAAGGGGTCTCAAAATTTGACGAGAAAGGATTCTACAATTAGCAAttgt > 2:66729/1‑148 (MQ=19) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGAGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAATTTGCCGAGTAACCATTCTAATATTAAGAATtata > 1:1070881/1‑150 (MQ=37) cGCCTTTTGTTTTCCTTTATTACATGAATTCAGTGTTGTCAAAAGTTGCCTTTATTGGTGGGTAATTTGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAg < 2:595591/150‑1 (MQ=25) cGCCTTTTCTTTTCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAg < 2:1572488/150‑1 (MQ=255) gCCTTTTCTTTTCCTTTATTCATTGACTTCAGGTGGGTCTATAGTTGGCTTTACTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAATAGTTGCCGTTAAGGTGTGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAgg < 2:1572314/150‑1 (MQ=25) gCCTTTTCTTTGCCTTTATTTCATGAATTCTTGTGGGTAAAAAGTTGGCTTTATTGGTGGGTAAATAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAgg < 2:1662278/150‑1 (MQ=37) gCCTTTTCTTTGCCTTAAATCCATGAATTCAGGTGGGACAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAgg < 1:773226/150‑1 (MQ=255) gCCGTTTCTTTCCCTTCAATCAATGAATTCAGGGGGGTCAAAAGTTGGCTTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGGGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAgg < 2:1691523/150‑1 (MQ=37) cTTTTCTATTCCTTTAATTAATCAATTCAGTTTGGTATAAATATGCGTTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCATTTTAGTTGGGTAAAAAGTTGCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCg < 2:486360/150‑1 (MQ=16) tCTTTGCCTTTATTAAATCAATTCATGTTGGTAAAAAGTTTCGCTTTGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACgg < 2:677999/150‑1 (MQ=25) ttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTGACGTTAAGCTGGGGCAAAATTTGACTAGAAAGAATTATAAAATAAAGAATAATACGCGACGTGat > 2:1580863/1‑149 (MQ=21) cTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttt > 1:1981254/1‑150 (MQ=255) ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCATTTAAGGTGTGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGGCGGAAAATTTGCCTAGAAAAGATTGTAACATTAAGAATTCTAGGCGGAGGTAGttttt > 2:850194/1‑150 (MQ=21) attaaaTGAATTCAGGTGGGTAAAAAGTTGGCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAg < 2:1608710/145‑1 (MQ=255) ccATGAATTCAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGAGGGTCAAAAGATGCCTTAAAGCTTGGTAAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTAGCCGAGTAAGAATTCTACAATTAAGAATAATAGGCGACGTGATTTATTTAGccg > 1:360695/1‑149 (MQ=255) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGAAGTAAAGGTGGGGCAAAATTTGAAGAGTAACAAGTATAAAATAAACAATAATAAGCGTCGGGATTTTTTTAGACta > 2:865628/1‑149 (MQ=16) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCATTTAAGGTGTGTCAAAAGTAGACGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGACta > 1:1732248/1‑149 (MQ=37) aTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGCTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGTGTGTCAAATGTTTACGTTAAAGTGTGTCAAAAGTTGACTAGTAAAAATTATAAGATTAAGAATTATAGTCGACGGTATTTTTTTAGACTAAcggt > 2:1364516/1‑150 (MQ=19) ggTGGGAAAAAAGTTGGCGTTAGGGGTGGGTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCggtcggtc < 1:1078287/150‑1 (MQ=38) gTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGATTTTTTTAGCCTACCGGTCGGTCa > 2:718650/1‑150 (MQ=255) gggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAGAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATa < 1:1920665/150‑1 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagat > 2:1890865/1‑149 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACTGGAGTTTTTTAGCCTCCAGGTCGGTCATagagag > 1:1668099/1‑150 (MQ=255) gTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCGAGTAAGAATTCTACTATTAACAATTCTAGGCGACGGTACTTTTTTAGCCTCACGGTCGGTCATAGAGAGTAGc > 1:1564788/1‑150 (MQ=37) tagCCGTTAGCGGTGGGTCAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc < 1:480882/148‑1 (MQ=255) gtGCCGTTCCTGTTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGTTTCAAAAGTTGGCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTATGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc < 2:539163/149‑1 (MQ=38) tGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt > 2:1588250/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAACAATTCTACTATTAATAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTAAGCCTACCGGTCGGTAATAGAGAGTCGCCt > 2:1909662/1‑150 (MQ=37) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGGAGCCGTTAAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGTGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 1:1831079/150‑1 (MQ=39) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag < 1:483824/150‑1 (MQ=255) atgggtggGTAATTAGTTTCCTTTAAGTTGGGTCAATAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTa < 2:546606/147‑1 (MQ=255) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 1:1475236/1‑150 (MQ=255) ggggTCAAAAGCAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGATGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag < 1:1399100/149‑1 (MQ=255) gggTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACaga < 1:429082/150‑1 (MQ=255) ggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaa > 1:1293760/1‑150 (MQ=255) ggTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaa < 1:850195/150‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaag > 1:968061/1‑150 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa > 1:1256762/1‑150 (MQ=255) aatgTTGCCTTTAAGTTGGGTTAAATGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatt < 2:625113/147‑1 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTc > 2:1573009/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCACTGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAATTAAACAGAAGAATTATTTc > 2:1066599/1‑150 (MQ=255) gCCGTTTATGTGTGTCAATAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGTCGTGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcg < 1:778918/150‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgcc > 1:1096032/1‑150 (MQ=255) | AAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560847‑2561144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |