| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,719,803 | A→T | 5.5% | intergenic (+35/‑246) | yiaG → / → cspA | HTH_CROC1 family putative transcriptional regulator/RNA chaperone and antiterminator, cold‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,719,803 | 0 | A | T | 5.5% | 465.9 / 9.0 | 156 | intergenic (+35/‑246) | yiaG/cspA | HTH_CROC1 family putative transcriptional regulator/RNA chaperone and antiterminator, cold‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/80); new base T (5/4); total (72/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
AGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGT > NC_000913/3719654‑3719951 | aGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCtga > 2:1530894/1‑150 (MQ=255)aGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCtga > 1:501423/1‑150 (MQ=255) tCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCtgatg < 1:260261/150‑1 (MQ=255) 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cTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATc > 1:1830055/1‑150 (MQ=255) gatgaCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGt < 2:660258/150‑1 (MQ=255) | AGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGT > NC_000913/3719654‑3719951 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |