| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,719,805 | G→A | 5.7% | intergenic (+37/‑244) | yiaG → / → cspA | HTH_CROC1 family putative transcriptional regulator/RNA chaperone and antiterminator, cold‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,719,805 | 0 | G | A | 5.7% | 498.3 / 10.8 | 156 | intergenic (+37/‑244) | yiaG/cspA | HTH_CROC1 family putative transcriptional regulator/RNA chaperone and antiterminator, cold‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/79); new base A (5/4); total (72/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGA > NC_000913/3719656‑3719954 | tCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCtgatg < 1:260261/150‑1 (MQ=255)gcGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTTAGTAAGGAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGATGTTTACGGTCCtgatg < 1:55424/149‑1 (MQ=255) cGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCtgatga > 1:1439601/1‑150 (MQ=255) tgTAAAGGAATGTGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAATATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGAc < 1:653657/149‑1 (MQ=255) gTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGAcc > 2:981006/1‑150 (MQ=255) aaaGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGTCATCAGGACCGt < 1:974307/150‑1 (MQ=255) aaaGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAACCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGTCATTAAGTAAGCAGTTGATTGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGTCATCAGGACCGt < 2:37569/150‑1 (MQ=255) ggAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGtttt > 1:1036821/1‑150 (MQ=255) 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tgaCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGGGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTg < 2:94197/150‑1 (MQ=255) gaCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGa < 1:2041061/150‑1 (MQ=255) | TCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGA > NC_000913/3719656‑3719954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |