| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,024,378 | T→A | 5.2% | K148N (AAA→AAT) | rfaH ← | transcription antitermination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,024,378 | 0 | T | A | 5.2% | 352.8 / 6.3 | 115 | K148N (AAA→AAT) | rfaH | transcription antitermination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/56); new base A (3/3); total (56/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGTAATAATCACCTTATCACCCGGATAAGGGGTTGCCGGATCGACAATGTCTTTCGGTTTATA > NC_000913/4024230‑4024527 | acccccATATTTCGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGAAGCCGCATGGCGGGCTGCCACCACGGATCCTAATGGCCACACACTGTTTGGGATTGCGTGTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCtt < 2:134407/148‑1 (MQ=255) gCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCAGGGCTGGCTGCCACCACGGATGCGAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCttt < 2:968732/150‑1 (MQ=255) cccATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGAGTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTttat > 2:1342284/1‑150 (MQ=255) 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tttATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGTAATAATCACCTTATCACCCGGATAAGGGGTTGCCGGATCGACAATGTCTTTCGGTTtata < 1:823239/150‑1 (MQ=255) tttATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGTAATAATCACCTTATCACCCGGATAAGGGGTTGCCGGATCGACAATGTCTTTCGGTTtata > 1:825024/1‑150 (MQ=255) | TGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGTAATAATCACCTTATCACCCGGATAAGGGGTTGCCGGATCGACAATGTCTTTCGGTTTATA > NC_000913/4024230‑4024527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |