| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,024,382 | T→A | 5.2% | N147I (AAT→ATT) | rfaH ← | transcription antitermination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,024,382 | 0 | T | A | 5.2% | 378.4 / 6.3 | 125 | N147I (AAT→ATT) | rfaH | transcription antitermination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/59); new base A (3/4); total (62/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGTAATAATCACCTTATCACCCGGATAAGGGGTTGCCGGATCGACAATGTCTTTCGGTTTATATAC > NC_000913/4024233‑4024530 | cccATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGAGTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTttat > 2:1342284/1‑150 (MQ=255) atatTTTGCAACGTATTGCGCAATGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGTGATTGCTTTTTAGAGTTTGCTGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTttattta < 1:363071/150‑3 (MQ=255) ttGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGa < 2:1536252/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |