| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,426,178 | A→T | 6.3% | intergenic (+198/‑276) | ydaY → / → ynaA | Rac prophage; putative uncharacterized protein YdaY/Rac prophage; putative prophage tail length tape measure domain‑containing protein YnaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,426,178 | 0 | A | T | 6.3% | 189.0 / 4.0 | 66 | intergenic (+198/‑276) | ydaY/ynaA | Rac prophage; putative uncharacterized protein YdaY/Rac prophage; putative prophage tail length tape measure domain‑containing protein YnaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/27); new base T (2/2); total (36/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
AAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATG > NC_000913/1426037‑1426320 | gagcggcaaaaaCACAGGGTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGAc < 2:279749/136‑1 (MQ=255) aGCGAGAAAAACTCAGGTGGCCACCGATACCGGAACCAGAAAGAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCTGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACa < 1:564347/143‑1 (MQ=255) agaAAAACTCAGGTTTCCACCGATCCCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAgaga < 1:238780/143‑1 (MQ=255) aaaaaCTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATa > 1:361784/1‑143 (MQ=255) aaaaCTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATaa > 1:97594/1‑143 (MQ=255) aaccTCCGGGTGCCACCGATAGCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGGTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATaaa < 1:131632/140‑1 (MQ=255) aaaCTCAGTTTTCCACGCATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAATGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGTCAGAGATaaa < 1:470466/143‑1 (MQ=255) aaCTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGCCCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAAt < 1:130570/143‑1 (MQ=255) aaCTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGTCAGAGATaaag < 1:688599/143‑2 (MQ=255) aaCTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAAt < 1:448488/143‑1 (MQ=255) aCTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACCCCTATTCGTTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATg > 1:518420/1‑143 (MQ=255) aCTCAGGTTGACACCGATACCGGAACAAGCCATCGACCCGGGGCGTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATg < 1:27410/143‑1 (MQ=255) cAGGTCGCCAACTGTACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAat < 1:660553/143‑1 (MQ=255) gagaCCGGAACCAGGAATAGGCCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATCTCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTc < 1:582695/140‑1 (MQ=255) aTACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCGCTGACAGAGATAAATGAAGATTTAGCAACCCa > 2:793770/1‑143 (MQ=255) tACCGGAACCAGAAATCGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGTAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCAt < 1:641220/143‑1 (MQ=255) aCCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGGTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTGTGCCTTTATCTCTGCCAGAGATAACTGAATATTTAGCCACTCagc > 2:265840/1‑141 (MQ=255) gggAACGCGAAATAGGCCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCg < 2:156613/142‑1 (MQ=255) cGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGCTAAATGAATATTTCGCCACTCACCCg > 1:213113/1‑143 (MQ=255) cAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTGGGTAATCTCCCGTGCCCGGCGGGATGCTGGAGTGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTAGTGTCGGACAGAGATAAAGGAATAGTTAGGCACGCACCCggcgttg > 2:186731/1‑138 (MQ=255) cAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGACTTTGACTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGGCAATAATCCGGTattg > 1:505641/1‑143 (MQ=255) aGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTattga > 1:690729/1‑143 (MQ=255) aTAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATGTAGCCACTCATCCGGTAttgattga < 2:811184/143‑1 (MQ=255) ccGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGCATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGACTATTTAGCCATTCATCCGGTATTGATTGGgcgcca > 1:390698/1‑141 (MQ=255) cGGTGCTTAAGGGGTTGTTGTACGCCTAGGCCGTAACCTCGCGGGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTTGCGTCCCTCTGCTTTTATCCCTTGCAGAGATAAATGCATTCTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGAt < 2:364659/143‑1 (MQ=255) gCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAAt < 1:105660/143‑1 (MQ=255) ttAAGGAGTAGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGCGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGCTGAAttt > 1:803363/1‑143 (MQ=255) tAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTCTTGATTGAGCGCGATTAATTTg > 2:670200/1‑143 (MQ=255) aaGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGa < 2:628317/143‑1 (MQ=255) aGGAGTTGTGTTACGACTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTTACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGaa < 1:538921/143‑1 (MQ=255) aGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACGCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCa < 1:476674/143‑1 (MQ=255) aGTTGTTGTACGCCGATTCGGTAATATCCCGTGCTCGTCGTTAGGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGTCTTTATCTCTGACTGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAATCa < 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ggTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATGCGGTATTGATTGAGCGCGAGGAATTTGAAGCGGTGATCTTTGCGCTGGATg > 1:510840/1‑143 (MQ=255) ggTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATg > 1:231467/1‑143 (MQ=255) tcagatCCCGTTCCCGGCGTTATGCGCGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGAc < 2:468636/139‑1 (MQ=255) aaTATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGAcc > 2:611525/1‑143 (MQ=255) atCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTTAAGAAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAga > 1:635345/1‑142 (MQ=255) ccGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTCCCTTTATCTATGACAGAGATAAATGAATATTTTGCCACTCATCCGATATTGCTTGAGCGCGATTAAATTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTAtt > 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cTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgcgtgtg > 2:737784/1‑143 (MQ=255) tgcaaTGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCTGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtgtgt < 1:252716/140‑1 (MQ=255) tGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtgtgt < 1:399961/143‑1 (MQ=255) gAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCAGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgagtgtcg > 2:463271/1‑141 (MQ=255) aTGGCTGGGGTGCCTTTGCGTTTATCTCTGACAGAGATGAATGGATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGGGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgtt < 2:245945/143‑1 (MQ=255) tGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgttg > 2:240115/1‑143 (MQ=255) tGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATGTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgttg > 1:114302/1‑143 (MQ=255) ggCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgttgt > 1:275081/1‑143 (MQ=255) gCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgttgtt > 1:444606/1‑143 (MQ=255) tttgcctttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTaca > 2:412842/1‑143 (MQ=255) tttgcctttATCTATGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTaca < 2:261000/143‑1 (MQ=255) tgcctgtAGCTGTGACAGTGATAGATGAGTATTTTGCCTCTCGGCGGGGATTGCTTGAGCGCGATGAATTTGTAGAAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACAct < 2:540955/143‑1 (MQ=255) gcctttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACActg > 1:559722/1‑142 (MQ=255) tttATCTCTGTCAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCCTTGATCGTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGGTAATTACGTACACCCTGt > 2:447126/1‑143 (MQ=255) tttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGt > 1:474183/1‑143 (MQ=255) ttATCTCTGTCAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCCGtt > 2:91919/1‑143 (MQ=255) ctctGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTAAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACag > 2:39731/1‑143 (MQ=255) ctGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTagagtg > 1:462651/1‑141 (MQ=255) aCAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGCAGCAGTGATCTTCGCACTGGATGATCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTGGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtg > 2:406378/1‑143 (MQ=255) | AAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATG > NC_000913/1426037‑1426320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |