Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,712,338 | A→T | 9.6% | intergenic (+180/‑431) | nth → / → dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,712,338 | 0 | A | T | 9.6% | 104.3 / 3.2 | 41 | intergenic (+180/‑431) | nth/dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/20); new base T (2/2); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.70e-01 |
TCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAA > NC_000913/1712197‑1712476 | tctttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAg < 2:107462/143‑1 (MQ=255) tttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 2:251797/1‑143 (MQ=255) tttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCAGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTATTAGCGTAATTTTATATTAATTTGTGATCAAgtt > 2:115701/1‑141 (MQ=255) tcctccTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACg < 2:307326/143‑1 (MQ=255) 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2:473639/143‑1 (MQ=255) tAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTAGCTAttttta > 2:273168/1‑142 (MQ=255) tAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGATATTTTTCAGa > 1:328355/1‑143 (MQ=255) ttcattcGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCa > 1:589372/1‑143 (MQ=255) ttcattcGTGATCAAGAGTGCGGTGCTGTCGCAATGTAAAAACAGTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACGCACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACAGGACTATCTCa < 2:486742/143‑1 (MQ=255) gtcattcGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAGCTCATTTAGAGTTACACACGCACCAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCa < 2:98296/142‑1 (MQ=255) catcGTGATCTTGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTa > 1:251694/3‑143 (MQ=255) gTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTACAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTACTaa > 2:23542/1‑143 (MQ=255) gTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGCCCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTaa > 2:39943/1‑143 (MQ=255) aTCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTaaaaa < 1:764257/143‑1 (MQ=255) | TCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAA > NC_000913/1712197‑1712476 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |