Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,785,436 | A→G | 9.1% | intergenic (‑425/+326) | ypjC ← / ← ileY | DUF5507 domain‑containing protein YpjC/tRNA‑Ile |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,785,436 | 0 | A | G | 9.1% | 124.4 / 3.1 | 49 | intergenic (‑425/+326) | ypjC/ileY | DUF5507 domain‑containing protein YpjC/tRNA‑Ile |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/21); new base G (3/2); total (26/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 |
AACGCTCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTGTTCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACTTAATTCCACATGTAAGCAATTTGCCCGCTTGGCATAGCAGGCATTTTTTCC > NC_000913/2785295‑2785577 | aaCGCTCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTGTTCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCGTCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACACTAGTTGTGGTACTCACTTATCGTCCGTGAGCGag > 2:408189/1‑142 (MQ=255) tCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTGTTCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACagag < 1:443372/143‑1 (MQ=255) tCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTGTTCTGGTCAGTAGAAGATGTTTAAGGAGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCGCTTATCATCAGTGAGCGGACagag > 1:161914/1‑143 (MQ=255) acaAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTGTTCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTCCATACATTGGTTGTGGTCCTCACTTATCCTCAGTGAGCGAACCgagag > 2:598826/1‑142 (MQ=255) aaaaCTCATCTGCCTGCGGCGGGTGTTCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATa < 1:763010/143‑1 (MQ=255) aaaaCTCATCTGCCTGCGGCGGGTGTTCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATa < 1:536120/143‑1 (MQ=255) cATCTGCCTGCGGCGGGTGTTCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAg < 1:706661/143‑1 (MQ=255) cggcggGTGTTCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGt < 1:285789/143‑1 (MQ=255) gcggGTGTTCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTaa > 2:272171/1‑143 (MQ=255) ttCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCt > 1:387897/1‑143 (MQ=255) tCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAGTTAACCTg > 1:419630/1‑143 (MQ=255) tGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTAGAGTAATTAACCTGAt > 1:730728/1‑143 (MQ=255) tCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACCTTGGTTTTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTaa > 1:737888/1‑143 (MQ=255) tagtagATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGa > 2:431721/1‑143 (MQ=255) gtagATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAg < 1:240957/143‑1 (MQ=255) tagATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGGACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAgg > 1:677268/1‑143 (MQ=255) tagATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGGACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAgg > 1:677272/1‑143 (MQ=255) agATGTCTACGGCGTCGCAGACACATTTCACACTTACTCTACTGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGCGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAggg < 1:43759/143‑1 (MQ=255) acaTGTTTGAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAggg < 1:826815/141‑1 (MQ=255) ggCGTGGCAGAGACCTTTCCTCCTTACTCTACGGCAATCGGCGACATCCATAGGCGGTGGTACTCACTTAACACCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACATGATTAAATGAAGGGGTATAATaaa < 1:7013/143‑1 (MQ=255) ggCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATaaa < 2:222994/143‑1 (MQ=255) gCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGataa > 2:678946/1‑143 (MQ=255) tttCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGc > 1:162140/1‑143 (MQ=255) tCATCCTTACTCGACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCtt < 1:241104/143‑1 (MQ=255) ccTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATc < 1:761969/143‑1 (MQ=255) tACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTCGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTACTTACCCTGATTAAATGCAGGGGTATACTACATGATAAACCTCTGGCTTTATCGtt > 2:100870/1‑143 (MQ=255) cctgaCGGCATTGTTTTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTaa < 2:111691/139‑1 (MQ=255) tctACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAAt > 2:534664/1‑143 (MQ=255) ctACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGCATAGTTCAGTGCTTTGAGTAATTACCCTGAATAAATCAAGGAGTAAAATAAATGATAATACTCTGGCTTTGTAGTTAAtt > 2:757991/1‑143 (MQ=255) cGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGGACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACt < 2:677268/143‑1 (MQ=255) cGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGGACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACt < 2:677272/143‑1 (MQ=255) cGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACt < 1:759925/143‑1 (MQ=255) cGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTACCGTTAATTACt > 2:201313/1‑143 (MQ=255) aTTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATAATATGGATTTATCGTTAATTACTTAAt > 2:64465/1‑143 (MQ=255) gTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATTCTCTGGCTTTATCGTTAATTACttccttcc > 2:239135/1‑143 (MQ=255) acatacatTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACTTAATTCCACATg > 2:103204/1‑143 (MQ=255) atTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTCACCTGAGTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACTTAATTCCACATGTAAGCa > 1:307715/1‑143 (MQ=255) 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1:727450/3‑143 (MQ=255) aCTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTGTCGTTAATTACTTAATTCCACATGTAAGCAATTTGCCCGAtt < 1:272171/143‑1 (MQ=255) aCTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACTTAATTCCACATGTAAGCAATTTGCCCGCTTGGCa > 1:693457/1‑143 (MQ=255) cTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACTTAATTCCACATGTAAGCAATTTGCCCGCTTGGCAt < 2:480471/143‑1 (MQ=255) ttATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTCTAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACTTGATTCCACATGTAAGCAATTTGCCCGCTTGGCATa < 1:431721/143‑1 (MQ=255) gCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACTTAATTCCACATGTAAGCAATTTGCCCGCTTGGCATAGCAGGCActtttt > 1:476231/1‑143 (MQ=255) cGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACTTAATTCCACATGTAAGCAATTTGCCCGCTTGGCATAGCAGGCATTTTTTc < 1:196115/143‑1 (MQ=255) gAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACTTAATTCCACATGTAAGCAATTTGCCCGCTTGGCATAGCAGGCATTTTTTcc < 1:149020/143‑1 (MQ=255) | AACGCTCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTGTTCTGGTCAGTAGTAGATGTTTAAGGCGTGGCAGAGACATTTCATCCTTACTCTACGGCATTGTTCTACATACATTGGTTGTGGTACTCACTTATCATCAGTGAGCGAACAGAGAATAGTTCAGTGATTTGAGTAATTAACCTGATTAAATGAAGGGGTATAATAAATGATAATACTCTGGCTTTATCGTTAATTACTTAATTCCACATGTAAGCAATTTGCCCGCTTGGCATAGCAGGCATTTTTTCC > NC_000913/2785295‑2785577 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |