| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,376,280 | G→A | 6.9% | intergenic (+15/‑37) | efp → / → ecnA | protein chain elongation factor EF‑P/entericidin A lipoprotein, antidote to entericidin B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,376,280 | 0 | G | A | 6.9% | 265.2 / 8.2 | 102 | intergenic (+15/‑37) | efp/ecnA | protein chain elongation factor EF‑P/entericidin A lipoprotein, antidote to entericidin B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/48); new base A (4/3); total (51/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CAGGTACTGGTGGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTC > NC_000913/4376138‑4376420 | cgggTACTGGTGGCAGACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCAGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACCAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCg < 2:737761/141‑1 (MQ=255)cAGGTACTGGTGGCGAGCCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCg < 1:548014/143‑1 (MQ=255) gggaCTGGTGGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACACATCCGCGATGTCATCAAAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGc < 2:327346/140‑1 (MQ=255) gtggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAACGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGCTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCacg > 2:265850/1‑141 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> 2:679510/1‑138 (MQ=255) ccGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGCGATGATGGACCGCCCTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTa > 1:377039/1‑143 (MQ=255) ccGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGACTTATCGTTCTTGTCTTGCTTTCCAGCACGCTGCCCACGGGCTGTa > 2:561300/1‑143 (MQ=255) gCTCTGGTGAAGACGTCGCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAac < 2:775838/143‑1 (MQ=255) ctctGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGGGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAaca < 2:578733/143‑1 (MQ=255) tctGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAacac < 1:680749/143‑1 (MQ=255) 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2:60336/143‑5 (MQ=255) tctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCgg > 2:433465/1‑143 (MQ=255) ctcGCGCGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGc < 1:717584/143‑1 (MQ=255) tcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCg > 2:105296/1‑143 (MQ=255) gcgTGAGGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGaa < 2:268276/143‑1 (MQ=255) gcgTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGaa < 1:90931/143‑1 (MQ=255) gcgTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCGTATCGTTCTTGCTTTCCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTCTCAAACCGCTCGCGGGTTCgtcaca > 2:591164/1‑138 (MQ=255) ggcaaGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTGATTCAGGTCAGAGATGATGAACCGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGa < 2:55448/140‑1 (MQ=255) gTGGAGTAACCCGGTTGGGGCGCGGCCTGCAGGCTGCACCAGCACTTATTCAGGTCAGAGAGGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGa < 2:664544/143‑1 (MQ=255) gAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGCGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCAAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACGCCGCTCGCGGTGTCGGCGAGGACa > 2:642872/1‑143 (MQ=255) gTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTGACACCGCGCGCGGTGTCGGCGTAGACAtga > 1:77591/1‑141 (MQ=255) tAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGCCGACATcca > 1:361500/1‑141 (MQ=255) aTGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAAAACCGCTCGCGGGGTCGGCGACGACATCAAAc > 1:329207/1‑143 (MQ=255) gTTGTGCTGCGGCCTGTAGGTTGCCCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTTTCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACAtctc < 2:715045/143‑1 (MQ=255) tgatggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGGTAGGCCGTAACGAACTAGTCTTGCTTGCCAGCACGCTGCTGACGGGCTGTAACACCCCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCg > 2:584829/4‑143 (MQ=255) tgtcctgCGGCCTGCAGGCTTCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCgg < 1:131743/138‑1 (MQ=255) gatggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCCAACATCTCgg > 1:18548/3‑143 (MQ=255) gtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCCCGGCGTGTCACACCGCTCGCGGCTTCGGCGAAGACATCAAACATCCCGGccag > 1:244592/1‑140 (MQ=255) gCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTTGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCgggagcgc > 1:193709/1‑137 (MQ=255) | CAGGTACTGGTGGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTC > NC_000913/4376138‑4376420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |