| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,376,291 | T→C | 7.7% | intergenic (+26/‑26) | efp → / → ecnA | protein chain elongation factor EF‑P/entericidin A lipoprotein, antidote to entericidin B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,376,291 | 0 | T | C | 7.7% | 258.2 / 9.1 | 100 | intergenic (+26/‑26) | efp/ecnA | protein chain elongation factor EF‑P/entericidin A lipoprotein, antidote to entericidin B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/44); new base C (4/4); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCG > NC_000913/4376149‑4376429 | ggCAGAGCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAGAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCt < 2:219275/143‑1 (MQ=255)ggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCt < 2:670180/143‑1 (MQ=255) gCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTAGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGAGGCCCGCAGGCTg > 2:235931/1‑143 (MQ=255) aaaCCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCa > 1:445506/1‑143 (MQ=255) 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tcactcGCGTGCAGGAATTCGGTTGGGGTGCGGCCGGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTc < 1:108864/140‑1 (MQ=255) ctctcGCGTGATGTAATGCGGTGGTGGTGCGGCCTGCGGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAACCGCCGTATCGTTCTTGTTTGGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCGAGCGGtgtta < 2:60336/143‑5 (MQ=255) tctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCgg > 2:433465/1‑143 (MQ=255) ctcGCGCGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGc < 1:717584/143‑1 (MQ=255) gcgTGAGGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGaa < 2:268276/143‑1 (MQ=255) gcgTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGaa < 1:90931/143‑1 (MQ=255) gcgTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCGTATCGTTCTTGCTTTCCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTCTCAAACCGCTCGCGGGTTCgtcaca > 2:591164/1‑138 (MQ=255) ggcaaGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTGATTCAGGTCAGAGATGATGAACCGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGa < 2:55448/140‑1 (MQ=255) gTGGAGTAACCCGGTTGGGGCGCGGCCTGCAGGCTGCACCAGCACTTATTCAGGTCAGAGAGGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGa < 2:664544/143‑1 (MQ=255) gAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGCGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCAAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACGCCGCTCGCGGTGTCGGCGAGGACa > 2:642872/1‑143 (MQ=255) gTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTGACACCGCGCGCGGTGTCGGCGTAGACAtga > 1:77591/1‑141 (MQ=255) tAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGCCGACATcca > 1:361500/1‑141 (MQ=255) aTGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAAAACCGCTCGCGGGGTCGGCGACGACATCAAAc > 1:329207/1‑143 (MQ=255) gTTGTGCTGCGGCCTGTAGGTTGCCCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTTTCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACAtctc < 2:715045/143‑1 (MQ=255) tgatggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGGTAGGCCGTAACGAACTAGTCTTGCTTGCCAGCACGCTGCTGACGGGCTGTAACACCCCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCg > 2:584829/4‑143 (MQ=255) tgtcctgCGGCCTGCAGGCTTCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCgg < 1:131743/138‑1 (MQ=255) gatggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCCAACATCTCgg > 1:18548/3‑143 (MQ=255) gtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCCCGGCGTGTCACACCGCTCGCGGCTTCGGCGAAGACATCAAACATCCCGGccag > 1:244592/1‑140 (MQ=255) gCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTTGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCgggagcgc > 1:193709/1‑137 (MQ=255) gCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGACACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCAAGCTGCTCAAGGGCTGTAACACCGCTCGCGGCGTCGGCGAAACCATCCAACATCTCGGCAACGCCAt > 2:605121/1‑143 (MQ=255) gCCTGCAGGCTCCACCATCACTGATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCAt < 2:507658/143‑1 (MQ=255) ccTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACTCCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCAtc > 1:72429/1‑143 (MQ=255) cTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTGTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCAtct > 1:745805/1‑143 (MQ=255) aGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGCAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTCCGGCGAAGACATCACACAGCCCGGCAAGTCCATCTcgcg > 2:318995/1‑143 (MQ=255) | GGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGAT‑A‑CCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCG > NC_000913/4376149‑4376429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |