| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499–1300697 | 1300697 | 1–1199 | 48 [0] | [1] 49 | insH21 | insH21 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 42 (0.900) | 36/276 | 0.3 | 98.8% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 1 (0.020) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
AATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTT > NC_000913/1299357‑1299640 | aaTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAa < 1:217789‑M1/143‑2 (MQ=255) tACCGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa < 2:501845‑M1/143‑5 (MQ=255) tACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa < 2:721783‑M1/143‑5 (MQ=255) taAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtt < 1:572791‑M1/143‑17 (MQ=255) aaGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATCATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATAATATTAATTCCACTGCCTTTGGTCGAGCAAGTTGCTAAatgtcaatcaattttta > 2:173265‑M1/1‑126 (MQ=255) ggATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaa > 1:230016‑M1/1‑124 (MQ=255) gATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCAATGACTTCGCTATAGGAAGGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:358143‑M1/1‑123 (MQ=255) gATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCACGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGCAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 2:246040‑M1/1‑123 (MQ=255) tCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattatt < 1:219934‑M1/143‑25 (MQ=255) cTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAGGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt > 1:246137‑M1/1‑117 (MQ=255) cTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt < 2:664118‑M1/143‑27 (MQ=255) ttAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtg > 2:738073‑M1/1‑116 (MQ=255) tGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcattt < 2:119300‑M1/143‑33 (MQ=255) tGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcattt > 2:499934‑M1/1‑111 (MQ=255) cTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 2:55615‑M1/1‑109 (MQ=255) cTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca < 1:589280‑M1/143‑35 (MQ=255) ctcACCATCCTGTTATTTTCGCCACATAATAATCCTTGTCTTGATGAAGATTAATTG‑AGATGATATTATTAATTCCACTGCCGTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactg < 2:562528‑M1/143‑41 (MQ=255) ctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaagttattgtagatatcactactg > 2:637246‑M1/1‑103 (MQ=255) catcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTGTGTTGGAGAAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgaatttaacaactgaaaat > 2:9432‑M1/1‑98 (MQ=255) atcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgaaactg > 2:500138‑M1/1‑97 (MQ=255) tGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaat > 2:72750‑M1/1‑93 (MQ=255) tttCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATGG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattatgcatttcacttctggaactgtaatcagcaa > 1:64140‑M1/1‑87 (MQ=255) cttcGCCACATCATAATCCTAGGCTTGATGAAGAATAATTT‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataagaatcaattgataaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaa < 2:860611‑M1/142‑57 (MQ=255) tCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATCCCACTGCCTTTGGTGGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 2:624341‑M1/1‑85 (MQ=255) ccACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagata < 2:549448‑M1/143‑62 (MQ=255) ccACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAAGTGCAAATCATA‑TAGTATTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagata < 2:178117‑M1/143‑62 (MQ=255) tCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATTATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttag < 1:499960‑M1/143‑73 (MQ=255) ccTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagc < 1:521066‑M1/143‑74 (MQ=255) cTTGCTGAAGAATAATTG‑ACATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcacctcactactgcaacagtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatct < 1:202965‑M1/143‑80 (MQ=255) cTTGCGGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatct < 1:239265‑M1/143‑80 (MQ=255) tGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatg > 1:80145‑M1/1‑59 (MQ=255) agaaTAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACCGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttagattagtgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgn < 1:239404‑M1/143‑88 (MQ=255) aataatTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgatt < 1:465696‑M1/143‑90 (MQ=255) atTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccactctctatttaattgaat > 2:832177‑M1/1‑50 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAACGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagacaagatagacatgcttagccgctctatatttgattgaattgaaa > 1:787256‑M1/1‑45 (MQ=255) ttattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaatttttaaattattgtgcatttcactactgtaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgttt < 1:516488‑M1/143‑106 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaag < 1:738073‑M1/143‑112 (MQ=255) ccccgccttTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcat < 1:97555‑M1/139‑116 (MQ=255) tGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatgga < 1:358505‑M1/143‑119 (MQ=255) gCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagacaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggat < 2:13393‑M1/143‑120 (MQ=255) ttGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaa < 1:73491‑M1/143‑124 (MQ=255) tcggtaGAGGAAAGTGCTACataataatcaattgttacattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaa < 1:34250‑M1/141‑124 (MQ=255) cTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaagagaaagatattggttaaggcgtggatgcaagctatagattctgatg > 1:247715‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgctta < 2:166394‑M1/75‑72 (MQ=255) cTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgctta > 1:166394‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAAataataatcaattgttaaatgattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgata < 2:414537‑M1/143‑140 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgcttgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgaaagcgagagattctgatacgt > 1:808180‑M1/1‑1 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgctacgg > 1:360279‑M1/1‑1 (MQ=255) | AATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTG‑AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTT > NC_000913/1299357‑1299640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |