Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 685,056 | T→C | 8.9% | D67G (GAC→GGC) | gltL ← | glutamate/aspartate ABC transporter ATP binding subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 685,056 | 0 | T | C | 8.9% | 120.4 / 2.0 | 55 | D67G (GAC→GGC) | gltL | glutamate/aspartate ABC transporter ATP binding subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/29); new base C (3/2); total (24/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 |
CGAGCCGGCGCTTTATCGCGTTTAAGCACTTTCACCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAACCACCACCACTTCGCCTTTTTTCACTTCGGTTGAG > NC_000913/684915‑685196 | cGAGCCGGCGCTTTATCGCGTTTAAGCACTTTCACCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGACGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTc > 2:321115/1‑143 (MQ=255) aGCCGGCGCTGTATCGCGTTTAAGCACTTTCACCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTAGCATCACCTACTGATTTGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGt < 1:729302/143‑1 (MQ=255) ccGGCGCTTTATCGCGTTTAAGCACTTTCACCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTa > 1:214569/1‑143 (MQ=255) cacgcTTTATCGCGTTTAAGCACTTTCACCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCCACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAAc < 1:296436/141‑1 (MQ=255) gcgcTTTTTCGCGTTTTAGCCCTTTCACCTGCGCCAGGGTAAGGTTTTCGATTATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAAcc < 2:888290/143‑1 (MQ=255) gcTTTATCGCGTTTAAGCACTTTCACCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGCAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATAGGGTTTCTTGCCGCTAACCAc > 2:422379/1‑143 (MQ=255) tttCACCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCATTGCCAGATCGGTTCTCTTGTCGTTAACCACGATACCAACCACGGTGAttt > 2:997787/1‑143 (MQ=255) cACCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGCCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCAc > 2:170921/1‑143 (MQ=255) cACCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGCCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCAc > 2:168547/1‑143 (MQ=255) aCCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGCTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCAcc > 2:958672/1‑143 (MQ=255) cTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTTCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGCTCCCATCGACGGTGATTTCACCtt > 1:188098/1‑143 (MQ=255) tGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCCCGATACCATCGACGGTGATTTCACCTtg > 1:607275/1‑143 (MQ=255) aGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCAc > 1:513621/1‑143 (MQ=255) tCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAACACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGt < 1:282111/143‑1 (MQ=255) aGGTTTTCGATAATCGACCGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTc < 1:130963/143‑1 (MQ=255) ttttCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAg > 1:1040644/1‑143 (MQ=255) ttttCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAg < 2:811187/143‑1 (MQ=255) ttttCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGGTAGCCACGATGCCATCGACGGTGATTTCATCTTGGTGCACGGGTTCGAg > 2:1005206/1‑143 (MQ=255) tCGATGATCCACTGAGGAGGGAACGGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGTTCGGTTTTCTTCTCGTCAACCACGATACCATCGACGGTGTTTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGcc < 2:705028/143‑1 (MQ=255) gATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATAGCATCCCGACGCCGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCCGCACCGGCCCGAgggcca > 2:988927/1‑139 (MQ=255) gATAATCGACAGATGAGGGAACAGATCGACATGCTGGAATACCATCCCGCAGCGGGAACTCAACCAAGACAGGGTTGATATCTGCACGTTAACCACAATACGATCGACGGGGGTTTCGCCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGt > 2:754464/1‑143 (MQ=255) acgcGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTCGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGa < 2:984113/140‑1 (MQ=255) aCAGCTGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGCCGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGtt < 2:768485/143‑1 (MQ=255) aCAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGtt > 1:664016/1‑143 (MQ=255) cAGAGGAGGTAGCATATCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTGTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGttt < 2:937797/143‑1 (MQ=255) tGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGCCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAAt < 1:170921/143‑1 (MQ=255) tGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGCCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAAt < 1:168547/143‑1 (MQ=255) gAGGGAACATCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCCACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATc > 2:708123/1‑143 (MQ=255) gggAACAGCTCGTAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGGTCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAg < 1:620909/143‑1 (MQ=255) accggCTCGAAATGCTGGAATGCCGTCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGt < 2:817703/139‑1 (MQ=255) aGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGa < 1:339195/143‑1 (MQ=255) tCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGAttt > 2:958797/1‑143 (MQ=255) aaTGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCg < 1:981502/143‑1 (MQ=255) gCTGGAATACCATCCTGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGAGCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGaa < 1:420464/143‑1 (MQ=255) tGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAAcc > 1:606416/1‑143 (MQ=255) ggAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCCGATCAGTTGTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCa < 1:194043/143‑1 (MQ=255) gAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAATCACGTGATTAGCTACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGCACCAg > 1:542780/1‑143 (MQ=255) aagaCCATCCCGACGCGGGAACTCAGCTTTGCCGGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCGCGATACCACCCACGGTGATTTCGCCTTGCTGCTCCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGa < 2:388524/140‑1 (MQ=255) aaTACCATCCCGCCGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTCACCACGATACCAGCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTCGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGa < 2:19131/143‑1 (MQ=255) aaTACCACCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGTCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGa < 1:565953/143‑1 (MQ=255) aCCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACgg < 1:959878/143‑1 (MQ=255) cATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGCTTTGCCGCAGCCAGCCgcgc > 1:4443/1‑143 (MQ=255) cATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGTAACCAGACGAGc > 2:654477/1‑143 (MQ=255) agcccGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCCTCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGcc < 1:930230/141‑1 (MQ=255) aTCCCGCCGCGGGAGCGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGcc < 2:190900/143‑1 (MQ=255) gcgctGGAGCGCAGCTTTTGCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACTATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAac < 2:275055/142‑1 (MQ=255) ggAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCGTGTCGTTAACCCCGACACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAaccacca < 1:661907/143‑1 (MQ=255) aggtgtGCCAGATCGGGTTTCGTGTCGTGAACAACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTGGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAACCACCACCACTTc < 1:990235/138‑1 (MQ=255) cTTCGCCAGACCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGACACCAGCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAACCACCACCACTTCGc < 1:630049/143‑1 (MQ=255) ccAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAACCACCACCACTTCGCCtttt < 2:542780/143‑1 (MQ=255) aGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAACCACCACCACTTCGCCtttttt > 1:444303/1‑143 (MQ=255) aTCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAACCACCACCACTTCGCCTTTTTTCa > 1:599039/1‑143 (MQ=255) tttCTTGTCGTTACCCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAACCACCACCACTTCGCCTTTTTTCACTTCgg < 1:170717/143‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAACCACCACCACTTCGCCTTTTTTCACTTCGGt > 2:950194/1‑143 (MQ=255) tGTCGTTAACCACTGTACCATCGACGGTGATTTCACCGTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAACCACCACCACTTCGCCTTTTTTCACTTCGGTTGAg < 2:662970/143‑1 (MQ=255) | CGAGCCGGCGCTTTATCGCGTTTAAGCACTTTCACCTGCGCCAGGGTCAGGTTTTCGATAATCGACAGATGAGGGAACAGCTCGAAATGCTGGAATACCATCCCGACGCGGGAACGCAGCTTTGCCAGATCGGTTTTCTTGTCGTTAACCACGATACCATCGACGGTGATTTCACCTTGCTGCACCGGTTCGAGGCCGTTGACGGTTTTAATCAGCGTTGATTTGCCGGAACCAGACGGGCCGCAAACCACCACCACTTCGCCTTTTTTCACTTCGGTTGAG > NC_000913/684915‑685196 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |