Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,214,600 | G→A | 6.6% | C15C (TGC→TGT) | btsS ← | high‑affinity pyruvate receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,214,600 | 0 | G | A | 6.6% | 167.9 / 3.3 | 61 | C15C (TGC→TGT) | btsS | high‑affinity pyruvate receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/23); new base A (2/2); total (36/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-02 |
GCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCTTGCAGAAAAATGAGAATTCGTGA > NC_000913/2214458‑2214736 | gCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACg < 1:10326/143‑1 (MQ=255) cccAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGcaca > 1:971009/1‑143 (MQ=255) cAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATc > 1:103382/1‑143 (MQ=255) ggagCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGaa < 1:147430/140‑1 (MQ=255) gCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAagca > 1:700073/1‑143 (MQ=255) cccATGATGCAGAAGATCGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACTGTTATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAagcag < 1:542171/143‑1 (MQ=255) ccaatgatgCAGAAGATAGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATACGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAagcag < 2:295411/140‑1 (MQ=255) ccATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAagcagc > 1:1027782/1‑143 (MQ=255) tgatgCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAagcagcagc < 1:808849/143‑1 (MQ=255) aggCAGAAGAAGGCAAAGACGATGTAGCAGAGAAAGTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACGCATTAACCATGCAACGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCaa < 2:292951/141‑1 (MQ=255) gCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAaca > 1:211588/1‑143 (MQ=255) gCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAaca > 1:273597/1‑143 (MQ=255) agaagaTGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTACCCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATATGCTGAAGCAGCAGCAACAcc > 1:165424/1‑143 (MQ=255) gaTGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGAt > 1:890862/1‑143 (MQ=255) ggAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACACACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTaa > 1:893793/1‑143 (MQ=255) ggAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACACACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTaa > 1:884891/1‑143 (MQ=255) aaaaGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATAaaaa > 2:202471/1‑143 (MQ=255) aaaGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAAt > 1:33052/1‑143 (MQ=255) aaaGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAAt > 1:251353/1‑143 (MQ=255) aaGACGAGGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATc < 1:142427/143‑1 (MQ=255) cgACTATGTAGCATAGATATTTATGCGGCAAACTAACTATGATCTGCATTAACGTTATTAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGAAATGACTAAAAAAAAGAGCTACATCTGAATCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCg < 2:326855/142‑1 (MQ=255) gACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGAGTAAAATCGt > 1:924022/1‑143 (MQ=255) aCGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTa < 1:801953/143‑1 (MQ=255) cGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTAc > 1:83147/1‑143 (MQ=255) aTTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACcac > 1:350803/1‑143 (MQ=255) aTTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACcac > 1:548556/1‑143 (MQ=255) tGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCCGACGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTc > 1:542061/1‑143 (MQ=255) cAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAAGGACTAAAAAGACGCACCTCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGACTAAAACCGCACATACCCGCAAACCCCCCTGccccgc > 2:685666/1‑140 (MQ=255) gAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTaaacc > 2:344771/1‑141 (MQ=255) ccGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAAcgcg > 1:82553/1‑143 (MQ=255) cTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCGACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTCCCCTTTAAAACGCGTAacata > 2:250582/1‑143 (MQ=255) tGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAacatac > 2:593088/1‑143 (MQ=255) ttAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCCCAAACCACACTTCCCTTTAACACGCGTAACATACATTg > 2:45186/1‑143 (MQ=255) tATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCGGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGt < 2:947105/143‑1 (MQ=255) tGAATAATGGCGGTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGttt < 1:670508/143‑1 (MQ=255) aataatGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTaa < 1:1057316/143‑1 (MQ=255) aataatGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACACACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTaa < 2:884891/143‑1 (MQ=255) aataatGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACACACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTaa < 2:893793/143‑1 (MQ=255) atcatGGCGTCTTACTCACTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACCTCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAAc < 1:432703/140‑1 (MQ=255) ataatGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAAc < 2:340721/143‑1 (MQ=255) agattGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAAc < 2:25933/139‑1 (MQ=255) tGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAActttc < 2:103382/143‑1 (MQ=255) ggCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTCACACACCTTGCCCGCGTTTACctttct > 1:899010/1‑143 (MQ=255) ttttACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCACACCACACTTCCCTTTAAAGCGCGTACCATACATAGCCTGCGTTTAActttctatta > 1:215790/1‑139 (MQ=255) tttACGCATGAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAAGCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGaa < 2:766865/143‑1 (MQ=255) tACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTATGAAct > 2:623344/1‑143 (MQ=255) tCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATATCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCtt > 1:554947/1‑143 (MQ=255) cATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCTTg < 1:1048454/143‑1 (MQ=255) aTTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACCCTTCCCTTTAAAACGCGTGACATACCTTCCCTGCGTTTAACTTTCTTTGCCCTCTTGc > 2:1013888/1‑143 (MQ=255) aTTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCTTGc < 2:273597/143‑1 (MQ=255) aTTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCACTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGAGTTTAACTTTCTATGAACTCTTGc > 1:224788/1‑143 (MQ=255) aTTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTCCCCTTTAAAACGCGGAACATACCTCGCCCGCGCTCAACTTTCTGTGCActctacc > 2:272055/1‑140 (MQ=255) atAACCACTCAATGACTAACAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCCGCAACACCAGATTAAAATCGTACTTTCCCGCAAACCACACCTCCCTTTAAATCGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCTTGCa < 1:169303/142‑1 (MQ=255) tAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCGAACCACAATTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTCCGTTTAACTTTCTTTGCACTCttctcg > 2:910933/1‑139 (MQ=255) aCCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCTTGCAGaa < 2:83147/143‑1 (MQ=255) agCAATGACGAAAAAAACGCACATCTGCTGCACCAGCAGCAACACCATATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCTTGCAGAAAAAt < 2:687517/142‑1 (MQ=255) aTGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACCTACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCTTGCAGAAAAATgaga > 1:163061/1‑143 (MQ=255) aTGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTACCTTCCTCTGAACTCTTCCCGCCAAATgagt > 1:311924/1‑142 (MQ=255) gACCAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTATAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCTTGCAGAAAAATGAGAAt < 2:572312/143‑1 (MQ=255) aaaaaaCGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTATTCCATGAAGATGAGAATTCGTg > 2:503629/1‑143 (MQ=255) aaaaaaCGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTCCTTTGCACTCTTGCAGAAAGATGATAATTCGTg > 2:64443/1‑143 (MQ=255) aaaaaCGCACATCTGCGGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCTTGCAGAAAAATGAGAATTCGTGa < 2:971009/143‑1 (MQ=255) | GCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAACACCAGATTAAAATCGTACATACCCGCAAACCACACTTCCCTTTAAAACGCGTAACATACATTGCCTGCGTTTAACTTTCTTTGAACTCTTGCAGAAAAATGAGAATTCGTGA > NC_000913/2214458‑2214736 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |