Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,218,961 | T→A | 9.9% | Q39L (CAG→CTG) | aer ← | aerotaxis sensor receptor, flavoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,218,961 | 0 | T | A | 9.9% | 99.5 / 4.0 | 41 | Q39L (CAG→CTG) | aer | aerotaxis sensor receptor, flavoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/20); new base A (2/2); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 |
GCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTAT > NC_000913/3218819‑3219098 | gcgGTTTTTCACGGTGCCGCTCCAGGGCTCCCGTTTTTTCAGGGTGAACGACATATCCGCGTACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCTCCGTGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCt < 2:2448/143‑1 (MQ=255) gATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGc > 1:339110/1‑143 (MQ=255) ttttCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAACCGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTCTAGCCGCTCACCTggccc > 2:778128/1‑139 (MQ=255) tCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACGCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACaaaa < 2:557124/143‑1 (MQ=255) aCGATGCCGCTCCAGGTCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCGTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAgt < 1:809341/143‑1 (MQ=255) aCGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATTCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAgt > 1:608681/1‑143 (MQ=255) gATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGCGAACCACATAGCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAgtgt < 1:34163/143‑1 (MQ=255) aTGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCAGCACAAAAGTGTc > 2:810865/1‑143 (MQ=255) aTGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCAGCACAAAAGTGTc > 2:810739/1‑143 (MQ=255) ggCCGCTCCAGGGCTCCCCGTTTTTCAGTGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCa < 2:535390/142‑1 (MQ=255) ccGCTCCGGGGCTCCCCTTTTTTCCGGGTGAACCACATACCCGCAATCGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCAtt < 2:868787/143‑1 (MQ=255) cGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTCACTCTTGCATGGTATAGCCGCTCACCTGCCCAAAAGTGTCATTa > 1:190630/1‑143 (MQ=255) gCTCCACGGACCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCACCCGCCGCTTTTGGCATACCCGGGTGACGCTCCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAg < 2:319226/143‑1 (MQ=255) tCCCCGTTTTTCAGGGTGAACTACATATCCTCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGGGCGGCTGCCCTGGTAACTCTTGCAAGGTATAACCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGat < 2:954218/143‑1 (MQ=255) cccTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGctat > 2:185553/1‑143 (MQ=255) cccTTGTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGGCGTTAGCATGAGTGatat > 1:900167/1‑143 (MQ=255) ccTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGAtata > 1:66489/1‑143 (MQ=255) ttttttCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCACGGTATAGACGCTCACCTGCGAAAAAGTGTCATAAGCGTGAGTGACATAGc > 2:321550/1‑143 (MQ=255) tgcccggTTAACCTCATATCCGCAAGCGCCGCTTTTGGCATATCCGTGTTTCGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTg < 2:366361/138‑1 (MQ=255) gcgAACCACATACCCGCATACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTACCTTTATAATTATTATACGGCGACCCCTGGGACCTGCCCAAAAGTATCATTAGTATGAGTTATATAGCTTTGCAGATc < 2:471660/141‑1 (MQ=255) acctgcccGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACCCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTg < 1:660014/137‑1 (MQ=255) ccGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTGGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACCAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATc > 2:803046/1‑143 (MQ=255) gCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAACGTACAGCCGCTCACCGGCACAAAAGTGTCATTAGCGTGAGTGATAGAGCTCTGCAGAGCGGTCGTGGACATCAGAGGGGTAGCGTCCGcc > 2:129441/1‑143 (MQ=255) gggTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGTTCGGTAGTGGACATCAGCGTGGTATCGTCCACCAGCGGGGt > 1:860908/1‑143 (MQ=255) ggTGACGGACCCGGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTGTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTa < 2:189431/143‑1 (MQ=255) gCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGGCATCAGAGTGGTATCCTCCGCCAGCGCGGCATTCTGc > 1:443022/1‑143 (MQ=255) cATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTA‑TTTGCTGGGt < 2:608681/143‑1 (MQ=255) cATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCAGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTggg < 1:810739/143‑1 (MQ=255) cATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCAGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTggg < 1:810865/143‑1 (MQ=255) gCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACACAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATAGTACGACAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGa < 2:930500/143‑1 (MQ=255) gCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTAGAGCCGGGCACCTGGACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGGCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGa < 1:191875/143‑1 (MQ=255) ccTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGCGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGCGTGACATACGGATgaga > 1:306276/1‑143 (MQ=255) gTAACTCCTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTCTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTCTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGAc < 1:19919/143‑1 (MQ=255) tGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGTACAAATGTGTCATTAGCATGAGTGTTATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGGGGTAGCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTcgc < 1:207362/143‑1 (MQ=255) tGCAAGGTATAGCCACTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGAc > 1:909710/1‑135 (MQ=255) tGCAAGGTATAGCCACTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGAc < 2:909710/135‑1 (MQ=255) gCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGACAAGCCATGCTcgcg > 2:371820/1‑143 (MQ=255) cAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGt > 1:156897/1‑143 (MQ=255) ataGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGTCCtgtg < 1:317930/143‑1 (MQ=255) gCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGGCATACGGAGGAGAAGACATGTTCGCGTCCGGTGCAGGtg > 1:805966/1‑142 (MQ=255) cTCACCTGCGCAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGAGCGGGAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTta < 2:208652/143‑1 (MQ=255) tCACCTGCACAAGACTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTGTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTtat < 2:190632/143‑1 (MQ=255) | GCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTAT > NC_000913/3218819‑3219098 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |