Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 464,358 | T→G | 6.2% | intergenic (+50/‑44) | ybaV → / → fadM | helix‑hairpin‑helix 3 family protein/thioesterase III |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 464,358 | 0 | T | G | 6.2% | 159.8 / 3.4 | 65 | intergenic (+50/‑44) | ybaV/fadM | helix‑hairpin‑helix 3 family protein/thioesterase III |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/33); new base G (2/2); total (30/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.56e-01 |
ACGGTCCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGA > NC_000913/464217‑464499 | aCGGTCCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGtt < 1:833424/143‑1 (MQ=255) cGGTCCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATCGTGGCACTTTTTTGCCCGACTGAAGATGTCCCATCAGttc > 2:162595/1‑142 (MQ=255) ggTCCGTTTAAAGCTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTAt < 1:632309/143‑1 (MQ=255) tCCGTTTAGAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGGAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGa > 2:650061/1‑143 (MQ=255) 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1:1053177/143‑2 (MQ=255) agaCTGTGGACGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCCCAGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTa < 1:39778/141‑1 (MQ=255) ggaggaTCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATaa < 1:173893/143‑1 (MQ=255) ggaggaGCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATaa < 1:757887/143‑1 (MQ=255) gaggaTCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATAGCACTTATGACCTCTGTACTTATaac > 2:899294/1‑143 (MQ=255) gaggaTCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATaac > 1:628426/1‑143 (MQ=255) 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2:179509/140‑1 (MQ=255) tGGTCAATTCGTTGGTGGAACGTAATTTGGCGGTATTAACCCTTTACTTAATTTGCATAGTGGAAATGTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGCCCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATg < 2:870692/143‑1 (MQ=255) tGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCGGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATg < 1:108311/143‑1 (MQ=255) cAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTCTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGAGCTCTGTACTTATCACAACAACGTAAGGGTATTGCGCGATGCaaa > 2:217433/1‑143 (MQ=255) ttCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCCATTTTTTGCCATACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAacac > 1:953070/1‑143 (MQ=255) ttCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCACTTTTTTGCCCGACTGCAGAGGTCATACCATTTATGACCTCTGTAATTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCACTATGCAAacac > 1:277316/1‑143 (MQ=255) 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2:1063348/143‑1 (MQ=255) gTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAAGTGGCATAGTGGCAAGTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGt < 1:158710/143‑1 (MQ=255) tAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTg < 1:879184/143‑1 (MQ=255) aaTCTGGCGGTATTAACCCCGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACATCAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTgg < 1:231402/143‑1 (MQ=255) cTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGata < 1:290118/143‑1 (MQ=255) gCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTGCGTGGATatca > 1:527373/1‑143 (MQ=255) 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1:263748/143‑1 (MQ=255) taattaatTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTAcaa > 2:623009/1‑141 (MQ=255) attaattTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGc > 2:32471/1‑143 (MQ=255) tGCATAGTGGAAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTGATACCAGTTATGACCTGTGTACTTATAACAACAACGTAGTGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTcaa < 2:586902/143‑1 (MQ=255) tGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGcc < 1:901198/143‑1 (MQ=255) ggCAAGTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGccc < 2:875558/143‑1 (MQ=255) 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1:23833/7‑143 (MQ=255) acggAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTtct < 1:650061/140‑1 (MQ=255) cTGAAGAGGTCATACCAGTTATGAACTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTtctc < 1:822945/143‑1 (MQ=255) aaGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCgag < 1:178216/143‑2 (MQ=255) agagGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCgaag > 2:820807/1‑143 (MQ=255) agagGTCATACCAGTTATGACCGCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCgaag < 2:377542/143‑1 (MQ=255) 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2:305299/143‑1 (MQ=255) cAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTgg < 1:111940/143‑1 (MQ=255) gTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATAACATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGa < 1:128351/143‑1 (MQ=255) | ACGGTCCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGA > NC_000913/464217‑464499 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |