Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,324,917 | T→C | 13.2% | K83K (AAA→AAG) | phnC ← | phosphonate ABC transporter ATP binding subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,324,917 | 0 | T | C | 13.2% | 69.8 / 4.1 | 37 | K83K (AAA→AAG) | phnC | phosphonate ABC transporter ATP binding subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/15); new base C (2/3); total (18/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.87e-01 |
TTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCC > NC_000913/4324777‑4325057 | ttCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGCATGGGCCCGGCattt > 2:169422/1‑143 (MQ=255) tGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCg < 2:231383/143‑1 (MQ=255) cTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCGTTTGCGGa > 2:374670/1‑143 (MQ=255) tCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTGGAATGGTTGGAATATGTAGACGGTGTGGGCGCGGCTTTTGCGGat > 2:13959/1‑143 (MQ=255) tGACCCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTCCGCCTAGGCGGTCCACCAGCTTGAATTGTTGGAACATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCgg < 1:85612/143‑1 (MQ=255) ccAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCa > 1:370827/1‑143 (MQ=255) aGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCGGGCGGCTCACCAGGCTGCATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTCCGGATCTCGCGGGCCggg > 2:147518/1‑143 (MQ=255) gCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCGGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAggc < 1:266017/143‑1 (MQ=255) aacaCAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGGGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAggcggc < 2:41536/140‑1 (MQ=255) aCAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGCATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGAGGATATAACGGGCAAGGAGGGCtt > 1:223868/1‑143 (MQ=255) tGCGCCAGATCGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCgcgc < 2:34214/143‑1 (MQ=255) aGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACt < 1:313498/143‑1 (MQ=255) aaCGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCTGTATGGGCGCGGCTCTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACtgt > 2:203467/1‑143 (MQ=255) aaCGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTCTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACtgt > 2:203470/1‑143 (MQ=255) cGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCCGGCCTGTGCGGCGCagcagc > 2:226993/1‑143 (MQ=255) cgcgcCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCGTTTGCGGATATCCCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACCGTGCGGCCccgcaagtcag > 2:51601/1‑137 (MQ=255) gcCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTCTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGatat < 1:203470/143‑1 (MQ=255) gcCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGGATGGGCGCGGCTCTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGatat < 1:203467/143‑1 (MQ=255) cAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGACTTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCGGGGCGGTGCGGCCCAGCAGCTCGCTGTgg > 2:353168/1‑143 (MQ=255) cAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATgg > 1:110936/1‑143 (MQ=255) aaTCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGTCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGc > 2:304957/1‑143 (MQ=255) cAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTAc < 1:364991/143‑1 (MQ=255) aGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTAcc > 1:307011/1‑143 (MQ=255) gCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGCATGGGCGCGGCGTTTGCGGATATCGAGGGCCAGGCGGGCCTCGCGCTGGCCTGTGCGGGCCAGCCGCACGATCTGGCTACCg > 2:364647/1‑143 (MQ=255) cACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCGGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGCGACGGCTACCGa > 2:382284/1‑143 (MQ=255) gTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAg < 1:306785/143‑1 (MQ=255) tCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTa > 2:202733/1‑143 (MQ=255) ccAGGGTGACTCGTTGGAAGATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTCTGGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTCCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCtt < 1:190788/143‑1 (MQ=255) tGAATGGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGTCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGa < 1:304957/143‑1 (MQ=255) ttgGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGACGTaaaa > 1:141844/1‑143 (MQ=255) ggAATATGTAGCCGGCATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGAGATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGACGTAAAAgg < 1:204313/143‑1 (MQ=255) gAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGACGTAAAAggg < 1:227855/143‑1 (MQ=255) atatGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATACCACGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGACGTAAAAGGGTg < 1:374670/143‑1 (MQ=255) ccGGGAGGGGCGCGGCTGTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTcc < 1:277799/143‑1 (MQ=255) gTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTACCGCCGGTAATCAAACCGCCGAAGTGACGTAAAAGGGTGGCTCTTCCGGa > 1:175750/1‑143 (MQ=255) tGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAAcc < 1:46798/143‑1 (MQ=255) cTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGccc < 2:307011/143‑1 (MQ=255) cTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGccc < 1:132756/143‑1 (MQ=255) | TTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAACCGCTTAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCC > NC_000913/4324777‑4325057 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |