| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503 | 1979278 | 776 | 60 [0] | [0] 60 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 57 (0.890) | 47/266 | 0.3 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
CTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978365‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATC > NC_000913/1979279‑1979415 CTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATTCATTGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAA < 1:398377/143‑1 TTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGT < 2:701789/143‑1 ttTTATCTTAGATTTTTGCTAAATCGACGCAAATGTACTCGAGAATACACGGACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATA < 1:919733/141‑1 TTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGACTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATAat > 2:763983/1‑141 CTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGTGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATTCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTG < 1:634188/143‑1 ttatATTTTTCTTATATCGAAGCAACTGTACTCGTCACTAAAAGTACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGT < 1:1258128/139‑1 TAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGTCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACAATCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGT > 1:71598/1‑143 TTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGG < 2:846941/143‑1 TTTCTCCTAAACCGACGCTTGTGTACTCGTCACTCCACGCACTTACAACGGAGGGGGGCTGCGTTTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAATCACTCAATTACTTTACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGG < 2:402537/143‑1 TTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGTGGGTGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACCCTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGT < 1:513016/143‑1 TTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGT < 1:311303/143‑1 AAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGTGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTT < 2:327177/143‑1 AAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGCTCACACAAAACACTCAATTACTTAACATACATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGGGTATTT > 2:26846/1‑143 TCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTTATGCAAATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAA < 1:371835/143‑1 ACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGCTTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGAGTGTATTTCAATCT > 1:642189/1‑143 ACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAAAGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAACACAATCCATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATAATTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCT > 2:189055/1‑143 CAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGATGGGGGCTTCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACGCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTT < 1:409279/143‑1 TACTCGTCACTACACGGACATACTACGGAGTGGGGCTTCGATTTTCTATAATGCGTGAGGCAGATCACACAAAACACGCAATTACTGAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAG < 1:417089/143‑1 ACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGT > 2:671939/1‑143 gCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGGGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGCCATACTCTTGTTTTTGGTGTATTTCAATCTGTTAAAACGTTT > 2:1205342/2‑143 TCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTACAACTCATACCTTTCTCTTGCCTCTATCTCAATCTGTTACAACGTat > 2:896090/1‑141 GTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCCATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCACTTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTCTTCTTTTTGCTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTT > 2:33933/1‑143 ACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCATATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGC < 1:1036628/143‑1 ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATCATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATGTCAATCTGTTAAAAGGTCTTTCGCTAC > 2:303648/1‑143 GCACCTACAGCGGAGGGGGGCTGCGAGTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTA < 2:646913/143‑1 ATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAAATACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAA > 1:588001/1‑143 ATACAACGGAGGGAGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGGTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAA < 1:28037/143‑1 tatAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCTTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAG < 2:877552/140‑1 ACAACGGAGGGGGTCTGGGATTTTCAATAATTCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC < 1:1232477/143‑1 AACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAACCACTCAATTACTTAACATACATGTATAAGTCATACTTTCGTTCTGGGTGTATTTCAATCTGTTCCAACGTTTTTCGCTAAGCTAGCAAGCAA > 1:856144/1‑143 GGAGGGGGGCTGCGATTTTCCATACTGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACAGCAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGTGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAA < 2:778691/143‑1 ggcGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCATATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGA < 2:1184819/140‑1 GGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAACAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAA > 2:265363/1‑143 TGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCATTCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCAAGAAATAAAAAATGAAACAGGA > 1:459753/1‑143 TGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGA > 2:227162/1‑143 TGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGAGTGTATATCAATCAGTTAAAAAGTTTTTAGATACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGA > 1:9773/1‑143 ATTTTCAATAATGCGTGATACATATCACACAAATCATTTATTTACTTAACATAAATGTATAAGTCAGACAATAGTTTTGGGGGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAA < 1:416311/143‑1 TTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATATCGATCTGTTAAAAAGTTTTTAGCTACTCTAGCAAGCAAAAAAAAAACACGAATAAT > 2:680836/1‑143 TTTTAATTATGCTTGATGCAGATCATATAAATCACTCCATTACTTAACAGAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGTGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGTAAAAATGAAACAGGAATAATC < 2:105120/143‑1 TTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTCTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCG > 2:174093/1‑143 AATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAA > 2:587629/1‑143 TGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTCTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGA < 1:1070244/143‑1 ATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGATACGATAGAAAGAAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGC > 1:114664/1‑143 TGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGATAAGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCG > 1:89168/1‑143 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGC > 2:1198005/1‑143 GATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAACAAAAATAAAACAGAAATAAAAGAAAAGGGATATTTCGCACA > 1:1240943/1‑143 TCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGTGCACAGT > 1:110373/1‑143 AAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTCTTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATAGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAAT > 1:99707/1‑143 AAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAct > 2:31551/1‑141 AAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAAT > 1:172472/1‑143 TCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTTGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAAAAATCAAAATCGAAAGATACGAAACCTCAAGATAACTCAC > 2:179231/1‑143 CAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACC < 1:925869/143‑1 AATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACCGTCAAAATAACTCACCG > 2:329288/1‑143 AATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAAATAACCG > 1:1084427/1‑143 AATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAAACAAAATGGGATATTGCACACAGACAAAATAACTCACCG > 1:251440/1‑143 TTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGAAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATA > 1:1151669/1‑143 ACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAAAAATAGAAATGGGATGTTGCGCAAAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATC > 1:420351/1‑143 CATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTAAAAATAAGACACGGTAAATAATgc > 2:1250399/1‑141 TAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAATTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGAAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATC > 1:1178167/1‑143 TAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATC < 1:577775/143‑1 CTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978365‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATC > NC_000913/1979279‑1979415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |