New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 59 (0.900) | 49/274 | 0.2 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
AAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTT > NC_000913/1299356‑1299640 | aaaTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTCACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 2:1026723‑M1/1‑143 (MQ=255) aaaTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:69489‑M1/1‑143 (MQ=255) aTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCAGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat > 1:1014204‑M1/1‑141 (MQ=255) tACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa < 1:1237599‑M1/143‑5 (MQ=255) aCAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCACCTAACCAGCATGTTAGGTTCGCCACATCATAATCCGGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTATataat < 1:222487‑M1/143‑6 (MQ=255) aCAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTACTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGAGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAAGAAATTGCTAActaat > 2:282454‑M1/1‑138 (MQ=255) agttagttATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataa < 1:822990‑M1/143‑8 (MQ=255) ttaTAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTTCTTTTCTTCTTGTTATTTTCGCCACAGCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATCATTGACATGC‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaatt < 1:704251‑M1/143‑14 (MQ=255) taAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATCATCCTGGGCTTGCTGACGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtt > 1:294249‑M1/1‑127 (MQ=255) taAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCATTTGATAAAAGAAAGTGAGAAataacaatcaattgtt > 1:530407‑M1/1‑127 (MQ=255) taAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑AATTATTAATAACACTGCATTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtt > 1:17501‑M1/1‑127 (MQ=255) aaGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCATAGACTTGCTAAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAATGCTAAataataatcaattgtta > 1:306928‑M1/1‑126 (MQ=255) aGGATTTCTTTCTCTTCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaa < 2:1080187‑M1/143‑19 (MQ=255) aGGATTTCCTTAACTGTCTGCGCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaa < 2:574501‑M1/143‑19 (MQ=255) tCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattatt < 1:1084184‑M1/143‑25 (MQ=255) cTTAACTGCTTCTCTCCACCTTCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATACCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt < 2:5008‑M1/143‑27 (MQ=255) ttAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTAATAAATACACTACCTATAGTAAAGAAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtg > 1:20645‑M1/1‑116 (MQ=255) tAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATTCTTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTACCTTTGATAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgc > 1:401211‑M1/1‑115 (MQ=255) tAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGATAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgc > 1:1059977‑M1/1‑115 (MQ=255) cTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATTCTCCTCTTCTTGCTCAAGAATAATTGAAATGA‑TAATATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 1:47477‑M1/1‑112 (MQ=255) tGCTTTTCCTCACCATCATGTTATATTCGCCACATCAAAATCCTGGGCATGCTGAAGAATAATGGAAATGA‑TATTAGTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcattt < 1:207922‑M1/143‑33 (MQ=255) tGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAatactaatcaattgttaaattatcgtgcattt > 2:334886‑M1/1‑111 (MQ=255) cTTCTCCTCACCCTCATGTTATTTTCACCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGACGAATACAT‑ATTTAACGATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca < 2:294249‑M1/143‑35 (MQ=255) tcctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGTCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactac < 2:540258‑M1/143‑39 (MQ=255) ctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactg > 1:371591‑M1/1‑103 (MQ=255) ctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactg > 1:756288‑M1/1‑103 (MQ=255) tcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTAGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgg > 1:742657‑M1/1‑102 (MQ=255) tcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAAATGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGTTAGAGGAAAGTGCTTAataataatacattgttaaatcattcagcattccactacacg > 2:716794‑M1/1‑102 (MQ=255) tcACCATCATGTTATTTTCGACACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTACTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgg > 2:431623‑M1/1‑102 (MQ=255) cACCATCATGGTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTGGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCGTGGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgga < 2:918547‑M1/143‑43 (MQ=255) atcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCAAAataataataaattattaaattattatgcatttaactactggaactg > 1:855425‑M1/1‑97 (MQ=255) tttCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCTACTGCCTTTGGTAGAGGACAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaa < 2:996631‑M1/143‑57 (MQ=255) ttCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaa < 1:1154775‑M1/143‑58 (MQ=255) cctcatcctgatCCTTGTCTCTCTGTAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTATAGGAAAATGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagata < 2:610136‑M1/140‑62 (MQ=255) ccACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAacaataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagata > 2:599669‑M1/1‑82 (MQ=255) cattatAATCCTAGGCTTGCTTAATAATATTTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGAAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagac < 1:564605‑M1/143‑65 (MQ=255) atAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTCGTAGACGCCAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttaactacttaaactgtaatcgaaaaacaaaaacatgc > 1:1191211‑M1/1‑75 (MQ=255) tAACCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaagtattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgct < 1:607609‑M1/143‑70 (MQ=255) tGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGTGCACAGTTCTAAatattaataaatcgttaaattattgtgcatttcactactggaactataataagaaaaaaaagaaatgcttatcca > 1:106442‑M1/1‑68 (MQ=255) cTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatct > 1:1198539‑M1/1‑64 (MQ=255) tGCCGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctct < 2:325785‑M1/143‑82 (MQ=255) aagaaTAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttg > 2:100150‑M1/1‑57 (MQ=255) agaaTAATTGAGATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTGTGTTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttga < 2:32463‑M1/143‑88 (MQ=255) agaaTAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttga < 2:756288‑M1/143‑88 (MQ=255) gattGAAATGA‑TAGTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGTAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaa < 1:999102‑M1/142‑93 (MQ=255) aTGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattaaattgaaag > 2:596161‑M1/1‑44 (MQ=255) ttCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttaattgaattgaaagatgtttgttaagg > 1:563864‑M1/1‑31 (MQ=255) ttcacTGCTTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggc < 1:322801‑M1/141‑114 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggcactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgcattgagagacgtttattaaggca > 2:535832‑M1/1‑29 (MQ=255) cACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcaatactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcat < 2:1014204‑M1/143‑116 (MQ=255) aCTGTCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatg < 1:779082‑M1/143‑117 (MQ=255) aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcgattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatg > 2:200707‑M1/1‑27 (MQ=255) aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatg > 2:175017‑M1/1‑27 (MQ=255) gCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttatctacaagaactgtaataagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggat < 1:99498‑M1/143‑120 (MQ=255) ttcgtagAGGAAAGTGCTATataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaattagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaa < 2:379285‑M1/140‑124 (MQ=255) ttGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaa < 2:1198539‑M1/143‑124 (MQ=255) tGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcttttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaag < 1:431623‑M1/143‑125 (MQ=255) ggTATAGTAAAGTTCTAAataatattcaattgttaaattattttgcatttccctactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagc < 2:704020‑M1/143‑126 (MQ=255) agtggaaaGTGCTATatattattcaattgttaaattattgtgtatttcactactggaactgtaaccagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaacgatgtntgttaaggcatggatgcaagctat < 1:64743‑M1/140‑129 (MQ=255) agGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgagttgatagatgtttgttaaggcatggatgcaagcgctag > 1:214794‑M1/1‑13 (MQ=255) tGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaaactatagattctga > 2:60417‑M1/1‑6 (MQ=255) aataataatcaattgttaacttattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggaatggatgcaagctatagattctgatacag > 2:709286‑M1/1‑1 (MQ=255) | AAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA‑TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTT > NC_000913/1299356‑1299640 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |