Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NC_000913	1196231	1211452	15222	25 [22]	[23] 24	[icd]–[icdC]	[icd],ymfD,ymfE,lit,intE,xisE,ymfH,ymfI,ymfJ,ymfK,ymfT,ymfL,ymfM,oweE,ymfN,aaaE,ymfR,beeE,jayE,ymfQ,ycfK,tfaP,tfaE,stfE,pinE,mcrA,[icdC]

AACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTGTTAAAT  >  NC_000913/1211408‑1211595                                              |                                                                                                                                               agattaTGCTGCGCCATATGGTTTAGACTTAAGTGGTTTATTTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGttt                                               <  1:555247/138‑1 (MQ=17)    tgaTGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATGGCTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCCAAGACCGTAACTTATGACTACGAACGACCGATGGAAGGCGCTAAGCTGCAGAAAAGACCAGAGATAGGt                                            >  1:1203871/3‑143 (MQ=17)          tgcGCCGTGTGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCg                                      <  2:756562/143‑1 (MQ=255)          tgcGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCg                                      >  2:705962/1‑143 (MQ=255)           gcgcCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGa                                     >  1:920031/1‑143 (MQ=255)           gcgcCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGATAAGAGTTTGGAGaaacaa                                     >  2:569204/1‑139 (MQ=255)            cgcCATATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGAGCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGat                                    <  2:527532/143‑1 (MQ=255)              ccATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGATCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGTGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGAGGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGatca                                  <  1:351295/143‑1 (MQ=255)               cATATTGGTTGGACTGAAGCGGCTTACCTGATTGTTAATGTTATGGAAGTTGCAATTAATGCCAAGACCGTAACGTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGatcat                                 <  1:1211092/143‑1 (MQ=18)                     ggTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCCATGCCAAGCCCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTAAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGaaaa                           >  1:85103/1‑143 (MQ=255)                          gACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGt                      >  2:786338/1‑143 (MQ=255)                            cTGAAGCGGCTCACCTGTTTGTTAATTGTATGTAAGGCGCAATCAATTCCAATACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTaa                    <  1:590836/143‑1 (MQ=17)                             tGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAAt                   >  2:1148055/1‑143 (MQ=255)                               aaGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCACGACTGAAACTTATGACGTCGAACATCTGATGGATGGCGGTCCGAGCCTGTAATGTTCAGAGTATGGAGAAGCGATCATCGAACACATGTaagat                 >  2:191302/1‑140 (MQ=17)                                aGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTATGGCGAAGCGATCATCGAAAACATGTAAtctc                >  2:917396/1‑143 (MQ=255)                                  cGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAATGTGCAATCAATGCTTAGACTGTAACTTATTACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCGGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAAtctctc              <  1:369300/143‑1 (MQ=18)                                    gCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGGTATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCa            >  2:304778/1‑143 (MQ=255)                                    gCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGAGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGGTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTATCCa            >  1:35226/1‑143 (MQ=255)                                       gACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAACTGCTCAGAGTTTGGCGAAGCGATCATCGAAAACATGTAAtctctcaaagt         >  2:732300/1‑138 (MQ=255)                                          cttaTTGTTAAAGGTATGGAAGGCGTAATCAATGCCAAGATCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATgtgtc      <  1:1169912/140‑2 (MQ=255)                                          cTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTAAGAGATAGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGAGtt      >  1:796288/1‑143 (MQ=255)                                            gATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTGTTaa    >  2:166481/1‑143 (MQ=255)                                             aTTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTGTTaaa   <  1:1148055/143‑1 (MQ=255)                                              ttGTTAAAGGTATGTAAGGTGCATTTTATTTTTATACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTGTTAAat  <  1:36146/143‑1 (MQ=18)                                              |                                                                                                                                               AACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTGTTAAAT  >  NC_000913/1211408‑1211595

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑