| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 98.4% | 178.7 / NA | 63 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (31/30); total (32/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAG > NC_000913/4184406‑4184682 | ggCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg > 1:522055/1‑143 (MQ=255) gggTTAAACGCCGTATCCAGCCGGGTTACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGc < 2:28856/142‑1 (MQ=255) ctgTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACATGATGTCAGGTCGTTACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGc < 1:676015/141‑1 (MQ=255) ggTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTATGCTCAACCCGATCGAAGATATACCTTACAATGAAAACGATACGCCGGTAGACATATTACTGAATCAGCTGGGCg > 1:98617/1‑143 (MQ=255) aaCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCg > 2:967314/1‑143 (MQ=255) aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAATATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGt < 1:956255/143‑1 (MQ=255) aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATAAAAACGGTACGACGGTAAACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTaaagt > 1:1046781/1‑139 (MQ=255) gCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTAGACACGGAAACAAGGGTGAAATTTCTCAGATGAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACGGAACGCGCTGGGCGTAGCGgct > 2:856895/1‑143 (MQ=255) ccGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGAAATAGTACTGAACCAGCTAGACGTACCGtctc > 2:698810/1‑143 (MQ=255) cGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAACTGGGCGTACCGTCTCg > 2:548957/1‑143 (MQ=255) cGTAGCGAGCATGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCg < 2:708903/143‑1 (MQ=255) tATCCAGCCTGTTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTa < 1:666080/143‑1 (MQ=255) tCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTTACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCATCCCGATCGAAGAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg < 1:357104/143‑1 (MQ=255) gCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGAGTAATTTATAAGATCAACACGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACAGAACCAGCTGGGCGTACCGTATAGTATGaaaa > 2:722635/1‑141 (MQ=255) gTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGCCTCGTATCAACCTCgga > 2:811519/1‑142 (MQ=255) 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1:811639/143‑1 (MQ=255) aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGACGTAACGTCTCGTATGAAACTCGGTCAGATCCTCCaaa > 2:767201/1‑143 (MQ=255) gtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAc < 2:335847/143‑1 (MQ=255) tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAcc > 1:173697/1‑143 (MQ=255) cGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 1:421514/143‑1 (MQ=255) gttAACATGGGTGTAATTTCTACGATCAACCCGATCGAAGATATGCTTTACTATTAAACCGGTACGCCGGTAGACATCGTACGGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTggg < 2:358171/141‑1 (MQ=255) 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2:636561/143‑1 (MQ=255) gtgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCg > 2:468323/1‑143 (MQ=255) tgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCGACCTGGGTATGGCTGCGa > 2:549740/1‑143 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGACGTTTTTTTTTGCGATTAAAACGTTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:1187964/143‑1 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGAGTGCTGGCGACAAGAAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCAACCTGGGTATGGCTGCGaaa > 1:557497/1‑143 (MQ=255) tttCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAACCGGTTCGCCTGTAGACATCGTACTGAACCAAAAGAGCGAACCGTCAAGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGGAAGGt > 1:297558/1‑143 (MQ=255) 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1:706755/1‑136 (MQ=255) atatGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCGACCTCGGTATGGCTGAGAAAGGTATAGGCGACAAAATCAAAGCTATg > 1:761545/1‑143 (MQ=255) atatGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCACGAATGCACACCGGACAAATCATCAAAACCCAACTGGATCTGACTGCGAAACGCATAAACGACAAGAACACAGCCaaa > 2:590822/1‑141 (MQ=255) atatGCCTTACCAGGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATg < 2:277610/143‑1 (MQ=255) atGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 1:306700/87‑1 (MQ=255) atGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc > 2:306700/1‑87 (MQ=255) atGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGTGAAAGGTATCGACGACAAGATCAACGCCATGCt > 2:930736/1‑143 (MQ=255) gCCTGACTATGAATTCGGTACGCCGGTATACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTCCCCGTTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTTGACACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGa < 2:1088855/143‑1 (MQ=255) ccTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaa > 1:1090444/1‑143 (MQ=255) gATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAATGGATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcacca > 2:237358/1‑143 (MQ=255) gATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCAGAGAAAGGTATAGGCGACAAGATCAACGACATGCTGAAAcagca > 1:494429/1‑143 (MQ=255) aTGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGACGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagcag < 1:468323/143‑1 (MQ=255) aaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACCGCAGCaag > 1:1016125/1‑143 (MQ=255) cGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTAGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGaaa < 2:135979/143‑1 (MQ=255) gTATACATCGGTCTGAACTAGCTGGGCGTAGCGTCTCGTATGAACCTCGGTCAGAGCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGGGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACt < 2:103972/143‑1 (MQ=255) aCATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGTCATTCTCAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgcgc > 2:530553/1‑143 (MQ=255) aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCAGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGa > 1:932022/1‑143 (MQ=255) tCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCGAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa > 2:344732/1‑143 (MQ=255) tgtgcggAACCGGCTGGGCGTACTGTCTTGTAGTGACGTCGGTCGTATCCTCGAAACTCGCCTGGGTATTGCTGCGAACGGGATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAt < 2:1156377/137‑1 (MQ=255) aCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCa > 2:1218317/1‑143 (MQ=255) aCCAGCTGGGTGTACCGTCTCGTATGATCATCGGTCAGATCCTCGATACCCACCTGGGTATGGCTGCTAGAGGTATCTGCGACCAGATCAATGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAg < 2:19410/143‑1 (MQ=255) | GGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAG > NC_000913/4184406‑4184682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |