| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_000913 | = 570663 | 1542 (45.740) | intergenic (+235/‑230) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 392 total aligned reads displayed.
TTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/570485‑570639‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaatacgtgacaTACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGGAGCA < NC_000913/570663‑570522 TTATCTTTGACGAAGCTTGATGGGTAATTATTTTGTTTGCTCCCACACGCGAGTTTTGTACGGCTGTGTTGGGGTAGTAGATGAGCTATACAATCTTAATCCTTTGTTTGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGA < 2:90488/143‑1TTATCTTTGACGAAACTTAATGTGTAATTACTTTGTTTGTTCCCACAAGCAAGTTTTATACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGA < 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CGTGACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTG < 1:354680/143‑1 tgGACATACACCATTTTGCTCATATTATTTTGTCACGTATTCTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCTTACAAAACTCGCTTGTGG < 2:191525/141‑1 gttACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGG < 1:759299/140‑1 gtaACATCCACCATTTTTCTCATATTACTTTGTTACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGG < 1:202753/140‑1 GTGGCATACACCATTTTGGTCATAATAATTTGTCACGGATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGG < 2:651580/143‑1 GTGACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACATTTATCCATGATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGG < 2:747710/143‑1 TGACTTACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGCGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGG < 2:755058/143‑1 TGACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGG < 2:454652/143‑1 TGACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGG > 2:540574/1‑143 TGACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATCTACTACCCCAATACAACCGTACAAAACTCGCTTGTGGG > 2:199062/1‑143 TGACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTATCACCTAACAAACGAGTAACATTGTATAGATCATTCACTACCCCAATCCATCGGTACACAGCTCGCTTCTGGG > 2:4447/1‑143 tACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCACGTCTCCCCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGGA < 2:49170/142‑1 cgCATACACCATATTTCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTTTTTGAAGCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAATAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGGA < 2:57559/141‑1 GACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTGCAAAACTCGCTTGTGGGA < 1:282384/143‑1 GACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGGA < 1:337724/143‑1 GACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGGA < 1:404186/143‑1 GACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCAGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGGA > 1:397059/1‑143 ACATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGGAG > 2:435844/1‑143 CATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGGAGC < 2:472972/143‑1 ATACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGGAGCA > 1:713337/1‑143 TTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/570485‑570639‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaatacgtgacaTACACCATTTTGCTCATAATAATTTGTCACGTATTTTCAGTATTTGAATCTGCGACCAAGAGTTCTCACCTAACAAATGATTAAGATTGTATAGCTCATTTACTACCCCAATACAGCCGTACAAAACTCGCTTGTGGGAGCA < NC_000913/570663‑570522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |