Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | NC_000913 | 1,979,486 | IS5 (+) +4 bp | 100% | intergenic (‑271/‑264) | insA‑5 ← / → uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1979486 = | 0 (0.000) | 34 (0.910) | 27/264 | NT | 100% | intergenic (‑271/‑267) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
* | ? | NC_000913 | = 1979489 | 0 (0.000) | 29 (0.770) | 23/264 | NT | 100% | intergenic (‑274/‑264) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
ATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979626‑1979486 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 ATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAAAACTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATCAGGG > 2:489245/1‑143 TCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAG > 2:626605/1‑143 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TACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTGGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCAT > 2:695398/1‑143 ACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATT < 2:17406/143‑1 TGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATATCAgtgc > 2:643453/1‑139 TGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGCCTGCCTCAGTCATTTCCTTTC > 1:490434/1‑143 GCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTGCATTACTTCATGTTT > 2:25448/1‑143 TAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGC < 2:191541/143‑1 TAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGC < 1:288451/143‑1 TAAACAAGTCGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAACTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGC < 1:83735/143‑1 GTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTCGGCCGA‑TTTTTct > 2:710211/1‑141 TTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCT < 1:734832/143‑1 TAATATATATAACACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGCGCGAATAAGCGGTGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTC < 2:204897/143‑1 ttttttTGTAAGACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCC < 1:680843/137‑1 AAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGTTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGC‑TTTTTTCTCCCGTAATTGCa > 2:660469/1‑142 ctTTTCATTAACATTAAGTCGATTGTTTTCGTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATTTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTG < 2:183501/141‑1 ATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAAGAGCGAATAAGCAGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGACATCTCATTTCTTCATTTTTGAGCCGA‑ATTCTTCTCCCGCGAATGCCTTGAATCAG > 2:368064/1‑143 TAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGNTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTNAGCCGA‑TCTTTTCNCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCcctttc > 1:152212/1‑137 TGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTC < 1:626605/143‑1 TTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCGTTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGCATCAGCCCATTTGGCCCGTTTCTTCGCCt > 1:723099/1‑142 TCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGCCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATT < 1:696908/143‑1 gcgtcgATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGTCTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGC < 2:262399/137‑1 TTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAGGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT < 2:64420/143‑1 AATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAATGCGTTAT > 1:669048/1‑143 tgAGGGAGGGGGCGAAGAAGCGGGGAAATCCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTTCTCCCGTAGATGCCTAGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 2:626884/141‑1 TTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCCTGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAACTGCCTTGAATCACCCTATTTAGACCGTTTCTTCCCCATTTAAGGCGTTATCC > 1:519318/1‑143 GGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTATTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCATATTTAGACAGTTTCTTCGCCATTTAAAGCGTTATCTCCA > 2:472676/1‑143 ATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979626‑1979486 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGA‑TTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |