Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,764,427 | G→A | 12.4% | intergenic (‑41/+286) | sufA ← / ← rydB | iron‑sulfur cluster insertion protein SufA/small regulatory RNA RydB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,764,427 | 0 | G | A | 12.4% | 85.6 / 5.5 | 41 | intergenic (‑41/+286) | sufA/rydB | iron‑sulfur cluster insertion protein SufA/small regulatory RNA RydB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/13); new base A (3/2); total (26/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.61e-01 |
TTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGT > NC_000913/1764286‑1764563 | tttGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCGGCGGGTGTCAGCGGTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGt < 1:346593/143‑1 (MQ=255) cgccaGCTCAGGGATGTGGGTCGTCGCTGCGTGTGTCATCGTTAAGCCTTGCCTGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTATCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTg < 2:626280/141‑1 (MQ=255) ccaGCTCACGGATGTGTATCGCCGCAGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAAGCTGGGGGGGTAAAGCGTCCTGAATGCCAGTCCACCGATTTACCCCACCCCATCGCTGTCAGCGTACAACAGCAGGTTCGCGAt > 2:480107/1‑143 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCCGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAAc > 1:157362/1‑143 (MQ=255) cgccgcTGCGGGGGTCAGCGTTAAGCCTTACCAGCCGAAATCTTGTGGCTTAACGGATACTGGATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGCGATAATGATTATCAGTTCAAcc > 2:227652/1‑143 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATACCAGCATGTTAGTGATCATGATTATCAGTTCAAccc > 1:653285/1‑143 (MQ=255) ggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGc > 2:349653/1‑143 (MQ=255) aGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGc > 1:327342/1‑143 (MQ=255) cAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACAt > 1:360924/1‑143 (MQ=255) agcctaaaTCTTGTGGGTTATTGGTTCCCAAAAGCATGTTCATCGTTCTACCTCACGTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATg < 1:102621/138‑1 (MQ=255) cGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCtt > 2:419539/1‑143 (MQ=255) aaTCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGCCAGTGCTTATGAGTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCttttt < 2:159816/143‑1 (MQ=255) tCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGAAAGGACTTTACCGTAAAAGAAGCATTATGc > 1:678106/1‑143 (MQ=255) gggTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGTTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCtt < 1:373690/143‑1 (MQ=255) ggTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCACACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCttt < 1:269650/143‑1 (MQ=255) gTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATTTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCACCAAACGCAGGGGCTTTCCCGTAAAACATGCTTTTTACCTCCtttt > 2:117077/1‑143 (MQ=255) gTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTCAAACATGCTTTTTTCCTGCtttt > 1:552701/1‑143 (MQ=255) aGGTACCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCAGCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTtaataa < 1:173470/143‑1 (MQ=255) gccTGTATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATACTGGATAATAGTTCCACCTTCTATTCTCTGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCAt < 2:670575/142‑1 (MQ=255) cTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAg > 1:176728/1‑143 (MQ=255) tGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGa > 1:614956/1‑143 (MQ=255) tGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGa < 1:592208/143‑1 (MQ=255) tGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCt > 1:86828/1‑143 (MQ=255) cATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATAGCTTTCAGCCTAGAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGAGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCATGa > 2:267764/1‑143 (MQ=255) aTGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTGTTAATAAGCATAGAACCTGAt > 2:271824/1‑143 (MQ=255) tGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATCATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGAtg > 2:621600/1‑143 (MQ=255) gTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAAGAGCATGATAGTGATAATGATTATCAGGTCACCCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTCCCTTTAATAAGCATAGCCCCTCAtgc > 1:736395/1‑142 (MQ=255) gTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGAtgt > 2:137611/1‑143 (MQ=255) cgctttACCTCATTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATATGCATAGACCCTGATGTGTGGGt < 2:550518/140‑1 (MQ=255) cGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACTCTGATGTGTGGGt > 1:698829/1‑143 (MQ=255) cGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAACCATCGACCCTGATGTGTGGGt > 1:415077/1‑143 (MQ=255) gATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGTGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTTATTTTATCATACGTAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTGTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGtt < 1:593241/143‑1 (MQ=255) tttACCTCACTTCATCGCTTTTAGCGTTTAACAGTATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTaa < 1:593387/143‑1 (MQ=255) cgtCACGTCATCGCTTTCAGCGTATAACGGCAGGTTAGTGATAATGATGATCAGGTCGACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAgg < 2:187554/141‑1 (MQ=255) cTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACCTGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGc > 1:674085/1‑143 (MQ=255) cTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGCTTAACAGGc > 2:126682/1‑143 (MQ=255) cATCGCTTTCTTCGTATAACAGCTTGTTAGTGATAATGAGTATCAGTTCAACCCAGCTAACGTAGGGGCTTTACTTGAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATACGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTaa < 2:156370/143‑1 (MQ=255) cATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGCGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCATGCTAATAATAAGCATAAACAAAGATATGTGGGTTAACAGGCAACCTaa > 1:29689/1‑143 (MQ=255) aTCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTGAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATGAGCATAGACCCTGAAGTGTGGGTTGACCGGCCAGCTAAg > 2:674421/1‑143 (MQ=255) taAAAGCGTGTTAGGGAGAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCGTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCAt < 2:512795/143‑1 (MQ=255) cAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTTCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGTCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGt > 1:339083/1‑143 (MQ=255) | TTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGT > NC_000913/1764286‑1764563 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |