Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,134,229 | T→C | 8.2% | Y33Y (TAT→TAC) | yghT → | putative ATP‑binding protein YghT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,134,229 | 0 | T | C | 8.2% | 104.1 / 2.9 | 50 | Y33Y (TAT→TAC) | yghT | putative ATP‑binding protein YghT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/21); new base C (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.93e-01 |
CAAATAAATATTTTTAATGGATATTTAAATTAAAGGATATATTCATGCAGTCAATAACACCTCCATTAATTGCCGTTATTGGTAGCGATGGTTCAGGCAAGTCAACGGTGTGTGAACATCTTATTACCGTTGTCGAAAAATATGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAGGAAAACAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCGTTGATGGGAAAATCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGTGAAAACAGCAAAAAAATTGCCTGGACC > NC_000913/3134087‑3134369 | cAAATAAATATTTTTAATGTATATTGAAATTACCGACTACAACCATGCAGTCAATAACACCTCCATTAATTGCCGTTATTGGTAGCGATGGTTCAGGCAAGTCAACGGTGTGTGAACATCTTATTACCGTTGTCGAAAAatat < 2:332915/143‑1 (MQ=255) aaataaatATTTTTAATGGATATTTAAATTAAAGGATATATTCATGCAGTCAATAACACCTCCATTAATTGCCGTTATTGGTAGCGATGGTTCAGGCAAGTCAACGGTGTGTGCGCATCTTACTACCGGTGTCGATAAATATg > 1:581251/1‑143 (MQ=255) aaataaatATGTTTAATGGATATTTAAATTAAAGGATATATTCATGCAGTCAATAACACCTCCATTAATTGCCGTTATTGGTAGCGATGGTTCAGGCAAGTCAACGGTGTGTGAACATCTTATTACCGTTGTCGAAAAATATg < 1:452171/143‑1 (MQ=255) taaataTTTTTAATGGATATTTAAATTAAAGGATATATTCATGCAGTTAATAACACCTCCATTCATTGCCGTTCTTGGTAGCGATGATTCAGGCAAGTCAACGGTGTGTGAACATCTTATTACCGTTGTCGAAAAATATGGtg < 1:270072/143‑1 (MQ=255) 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2:748870/143‑1 (MQ=255) tattaCCGTTGTCGAAAAAGATGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAGGAAAAAAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCGTTGATGGGAAAATCCAGACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGTGAAAACAg > 2:39319/1‑143 (MQ=255) cGTTGTCGAAACATGTCGTGCTGTCGAAAGAGTTCATTTAGGAAAACAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCGTTGATGGGAAAATCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGTGAAAACAGCaaaaa < 2:702833/143‑1 (MQ=255) ttGTCGAAAAATATGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAGGAAAACAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCGTTGATGGGAAAATCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGTGAAAACAGCaaaaaaa > 1:673406/1‑143 (MQ=255) gacGAAAAATATGGGGCAGCAGAAAGAGTTCATTTAGGAAAACAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCGTTGATGGGAAAATCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGTGAAAACAGCAAAAAAAtt < 1:116857/141‑1 (MQ=255) tCGAAAAATATGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAGGAAAACAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCGTTGATGGGAAAATCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGTGAAAACAGCAAAAAAATTg < 2:144318/143‑1 (MQ=255) tCGAAAAATATGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAGGAAAACAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCGTTGATGGGAAAATCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGTGAAAACAGCAAAAAAATTg < 1:653855/143‑1 (MQ=255) ctaagaaTATGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAGTAAATGAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCTTTTATGGGAAAATCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGTTGAAAACAGCAAAAAAATTGc < 2:234000/138‑1 (MQ=255) gAAAAATATGGTGCTGTCGAAAAAGTTCATTTAGGAAAACAGTCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAAGTACCGTTGATGGGAAAATCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGTGAAAACAGCAAAAAAATTGcc < 1:456365/143‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAAGAAAACAGTGCTATGATGTCCGTCGTGCAGTGACAAAATTACGGACGACGGGATAATCCTCACGTAGGACAAGTGAACGAAATCAGGGGAAAACAGCAAGAGCATTGCCTGTAcc > 2:506117/1‑143 (MQ=255) tatGGTGCTGCCGAAAGAGTACATTTAGGAAAACAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCGTTGATGGGAAAAGCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGAGAAAACAGCAAAAAAAATGCCTGCAcc > 2:397139/1‑143 (MQ=255) | CAAATAAATATTTTTAATGGATATTTAAATTAAAGGATATATTCATGCAGTCAATAACACCTCCATTAATTGCCGTTATTGGTAGCGATGGTTCAGGCAAGTCAACGGTGTGTGAACATCTTATTACCGTTGTCGAAAAATATGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAGGAAAACAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCGTTGATGGGAAAATCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGTGAAAACAGCAAAAAAATTGCCTGGACC > NC_000913/3134087‑3134369 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |