New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2154600 | 36 (0.670) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 7.2% | coding (585/1248 nt) | mdtA | multidrug efflux pump membrane fusion protein MdtA |
? | NC_000913 | = 2154615 | 44 (0.870) | coding (600/1248 nt) | mdtA | multidrug efflux pump membrane fusion protein MdtA |
ACTGGCAAAAACCAATCTCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCGATATCGCTACCG > NC_000913/2154474‑2154757 | aCTGGCAAAAACCAATCCCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCAc > 1:303208‑M2/1‑142 (MQ=255) gCAAAAACCAATCTCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCAccagt < 1:54880‑M2/143‑6 (MQ=255) gCAAAAACCAATCTCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATCAACGCAccagt < 2:323432‑M2/143‑6 (MQ=255) cAAAAACCAATCTCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCAccagtc > 2:703972‑M2/1‑137 (MQ=255) aaTCTCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGTCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTcg > 1:437787/1‑143 (MQ=255) tcGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCCGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGtt > 2:678923/1‑143 (MQ=255) cttCCCCCCAGGAGCCGGATGCCCAACAGGTGGTGGCCAACCAAACCGAAGGCACCATTAATGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCGACTCGACTGTAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGt < 2:217525/142‑1 (MQ=255) ttCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGTGCGGGGTTACCGCACCAGTCGCTGGTCGCGTTGGtc > 1:192475/1‑143 (MQ=255) gCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCGGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAg < 1:248484/143‑1 (MQ=255) aGCTCGATGCCCAACAGGCGCTGGTCACTGAAACCGAAGCCACCATTAAGGCTCAGGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGtt < 2:796704/143‑1 (MQ=255) tGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTg < 2:224397/143‑1 (MQ=255) tGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGAGGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTg < 1:970758/143‑1 (MQ=255) gtcgaCAGGCGCTGGGCAGTGAGACCGAAGGCACCAGTAAGGCTGAGGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCGCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAATCAGGTTGATGTTGGt < 2:887733/139‑1 (MQ=255) ccAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTa > 2:105226/1‑143 (MQ=255) aCAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGAGGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGGCGGATTACCGCACCAGTCGACGGTCGCGCTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTgggcacc > 2:599767/1‑138 (MQ=255) ggCGCTGGTCCGTGAGACCGAAGGCACCATTAGGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCaaa < 2:475463/143‑1 (MQ=255) gggcTGGCCAGTGAAACCGAAGGCACCATCAGGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAAt < 1:261345/141‑1 (MQ=255) tGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACGGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTGGGTCTCAAGCAGGTTGATGATGGTAACAGAATCTCCAgtcgtg > 2:1053674/1‑143 (MQ=255) aCCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATac > 2:722799/1‑143 (MQ=255) aCCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATac > 1:270799/1‑143 (MQ=255) ccGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGCTGGTAACCAAACCTCCAGTGGCGCTacc > 2:862126/1‑143 (MQ=255) gCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCggg > 1:985058/1‑143 (MQ=255) ccATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATc < 1:1023502/143‑1 (MQ=255) cATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTACCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCg < 1:104955/143‑1 (MQ=255) aTTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGCCAGCTGGTTGTAACCCCATCTCCAGTGGTGGTACCACCGGGATCgt > 1:763199/1‑143 (MQ=255) ggCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGa < 1:677685/143‑1 (MQ=255) ggCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGa > 1:716086/1‑143 (MQ=255) tgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGGTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGCTCGTGGTGATCAccc > 1:305687/1‑143 (MQ=255) caagcaagcGTCGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGACCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCa < 2:258517/142‑1 (MQ=255) gcaagcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCCCCGGGATCGTGGTGACCACCCCGAc > 1:296508/1‑143 (MQ=255) ccAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGACCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATc < 1:41556/143‑1 (MQ=255) gcgcAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCCTGGTGATCACCCAGACGCATCCTCTCgctct > 1:927038/1‑139 (MQ=255) gCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTa > 1:728159/1‑143 (MQ=255) aaCTCGACTGGAGCCGGATTACCGCAccagtcgagttgcagctgcgcgctggcaacgcttgcttcatcagccttaatggtgccttcggtttcactgaccagcgcctgttgggcatccagctcctggcgggaaacgagattcgc < 2:385582‑M2/143‑118 (MQ=255) aaCTCGACGGGAGCCGGATGACCGCACCAGGCGGTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTAcc < 2:141399/143‑1 (MQ=255) tCGACTGGAGCCGGATTACCGCAccagtcgagttgcagctgcgcgctggcaacgcttgcttcatcagccttaatggtgccttcggtttcact > 1:664806‑M2/1‑23 (MQ=255) tCGACTGGAGCCGGATTACCGCAccagtcgagttgcagctgcgcgctggcaacgcttgcttcatcagccttaatggtgccttcggtttcact < 2:664806‑M2/92‑70 (MQ=255) cGACTGGTGCGCGAGTACGGCACCAGCCGACGCTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGAGGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGc < 2:719545/143‑1 (MQ=255) gACTGGCGCTGGAGTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAACCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCGTGcc > 2:429911/1‑143 (MQ=255) aCTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCg < 2:896868/143‑1 (MQ=255) tGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGAATTAGGCTTTACCCTGCCGGa > 2:658697/1‑143 (MQ=255) gAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGaaa < 1:916614/143‑1 (MQ=255) aGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAg < 1:105226/143‑1 (MQ=255) ctggATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTCGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCg < 2:810737/141‑1 (MQ=255) ccGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGACTTAGTCTTTACCCTCCCGGAAAGCg > 2:415084/1‑143 (MQ=255) ccgagtACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCCGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCGa < 1:147681/138‑1 (MQ=255) ggATTACCGCACCAGTCGATAGTCGCTGAGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCAGGAAAGCGat > 2:922306/1‑143 (MQ=255) gATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATCTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGCTACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCAGACTATCGAGTCAGTCTTTACAGTGCCGCACAGAGata > 2:178398/1‑143 (MQ=255) ttACCGCTCCACTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCATGTTGATGTTGGTAACCACATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTGACCCTGCCGGAAAGCGATATc < 2:922470/143‑1 (MQ=255) tACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCGATATCg < 1:463020/143‑1 (MQ=255) tACAGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATAGAGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCGATATCg < 1:40582/143‑1 (MQ=255) cGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCGATATCGCTa > 1:106450/1‑143 (MQ=255) cGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCGATATCGCTa < 1:1012602/143‑1 (MQ=255) cGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTCGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGCTCGTGGTGACAACCCAGACGCATCCTATCGATCTAGTCTGTACCCTGCCCGAAACCGAAACCGCTa > 2:80591/1‑143 (MQ=255) gCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCGATATCGCCAc > 1:494355/1‑143 (MQ=255) cACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCGATATCGCTAcc < 1:1017441/143‑1 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCGATATCGCTACCg > 1:1036725/1‑143 (MQ=255) | ACTGGCAAAAACCAATCTCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCTGCCGGAAAGCGATATCGCTACCG > NC_000913/2154474‑2154757 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |