Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,722,300 | G→T | 6.5% | intergenic (+251/+28) | insK → / ← glyS | IS150 conserved protein InsB/glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,722,300 | 0 | G | T | 6.5% | 162.0 / 3.6 | 63 | intergenic (+251/+28) | insK/glyS | IS150 conserved protein InsB/glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/34); new base T (2/2); total (27/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.87e-01 |
TATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTAT > NC_000913/3722160‑3722440 | tATTCTATCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGAt < 2:279467/143‑1 (MQ=255) tATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGAt > 2:530630/1‑143 (MQ=255) aTTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATg < 1:854959/143‑1 (MQ=255) ttCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATgg > 1:1032609/1‑143 (MQ=255) 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2:803726/143‑1 (MQ=255) taaGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTta < 1:183520/143‑1 (MQ=255) gtttgtttCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTtaata > 1:892954/1‑143 (MQ=255) tttgtttCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAACAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTtaataa > 2:18104/1‑143 (MQ=255) tttgtttCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTtaataa > 1:431187/1‑143 (MQ=255) tttCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCCGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTTTTGCATAACGGc > 2:723421/1‑143 (MQ=255) 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2:213612/141‑1 (MQ=255) ccTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGaa < 1:834076/143‑1 (MQ=255) atcaaaaaaaTCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGaa < 2:245750/140‑1 (MQ=255) tAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAat > 1:925309/1‑143 (MQ=255) gactctgATAAAAGTAATAAAGGGGATAATCTTTTTTCCGCAGAAGCTTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCGTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCg < 2:259051/140‑1 (MQ=255) gctcATAAAAGAAATAAAGGAGATAATAATGATTCAGAAAAAAATTATTAAAGGTTGCTGGATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCaa < 1:190095/142‑1 (MQ=255) aTAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTCATCACCGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAAcgcg > 1:439730/1‑143 (MQ=255) tAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACgcgc > 2:396815/1‑143 (MQ=255) aaaTTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAg < 1:920244/143‑1 (MQ=255) ttAATAGATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGaa < 1:472859/143‑1 (MQ=255) tGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGGTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTcgc < 2:1002514/143‑1 (MQ=255) agaTAATCTTAATTCATCAGAAGATGATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAAGAACAGTTCgcgc < 2:509562/143‑1 (MQ=255) aTAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTCTTTCGCAATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAAAGGCCAGAATATAGCAACAGCGAAATATACGCAACGCGAAGAAACCGTTCGCGCAg > 2:688628/1‑143 (MQ=255) aTAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTGCGCGCAg > 2:629378/1‑143 (MQ=255) ctgtATTCAGGAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCGGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTtct < 1:28922/140‑1 (MQ=255) cTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTtct < 2:285439/143‑1 (MQ=255) tttATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCGGCAACGCGCAGGACCAGTTCGCGCAGTTtctc > 1:692662/1‑143 (MQ=255) tttATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCTCAGGAACAGTTCGCGCAGTTtctc < 1:377590/143‑1 (MQ=255) tttATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTtctc > 1:575137/1‑143 (MQ=255) tATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCa < 1:573489/143‑1 (MQ=255) aTTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAg < 1:134982/143‑1 (MQ=255) agcagAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATg > 1:686833/1‑143 (MQ=255) agcagAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAACATCCGCAACGCGCAGGCACAGTTGGCCCAGTCTGTCCaccccg > 2:353268/1‑138 (MQ=255) agcagAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGAAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACCGCGAAGTCTCCGCCGCGCGCAGGCACAGGTCGCCCAGTTTCTTCCGCacg > 1:708763/1‑141 (MQ=255) gaTTACTAACGCTTGCTCTACCATCTAGCCATCAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGAc < 1:154896/143‑1 (MQ=255) tattaAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGt < 2:892954/143‑1 (MQ=255) gattaAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGt < 2:715357/142‑1 (MQ=255) ttaAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTg < 2:605225/143‑1 (MQ=255) taAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTgg > 1:709767/1‑142 (MQ=255) aaaGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGAt > 2:444978/1‑143 (MQ=255) aGGTTGCTGTATAAATTAGCGATAAAAAAAGCGAGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATAc < 1:928462/143‑1 (MQ=255) gTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATCTCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGc > 1:518978/1‑143 (MQ=255) attattTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGTGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCttt < 1:568674/143‑1 (MQ=255) attattTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCttt < 1:452574/143‑1 (MQ=255) atgattTAGCGATGCAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCttt < 2:535331/140‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATACCGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATg < 2:701291/143‑1 (MQ=255) aaataGCCTGACATCTGGCAGGCTATTTAATAACGGAGTTATTATTGAAACAGCGAAATATCTGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGAAGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACAATGAc > 1:423288/1‑143 (MQ=255) aataGCCTGCCATCTGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGAcc > 1:372437/4‑143 (MQ=255) cTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGACCAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACt < 2:15011/143‑1 (MQ=255) tGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACtt > 2:902458/1‑143 (MQ=255) cAGATGGCAGGCTATTTAATAGCGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGCCGCTTCCTACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTAt < 2:578303/143‑1 (MQ=255) cAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTAt < 1:671104/143‑1 (MQ=255) cAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGATCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTAt > 1:423135/1‑143 (MQ=255) | TATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTAT > NC_000913/3722160‑3722440 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |