| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,798,234 | A→T | 9.8% | intergenic (+27/+5) | waaL → / ← waaU | O‑antigen ligase/putative ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase 4 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,798,234 | 0 | A | T | 9.8% | 144.6 / 7.9 | 51 | intergenic (+27/+5) | waaL/waaU | O‑antigen ligase/putative ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase 4 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/29); new base T (2/3); total (19/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
TGGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATA > NC_000913/3798095‑3798376 | tgGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTaaaa > 1:695235/1‑143 (MQ=255)tgGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTAaaaa > 2:211844/1‑143 (MQ=255)gggggAGTGGACTCAGTGATGCGATCATATGGGCACGGAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAAGAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTaaaa < 1:961750/142‑1 (MQ=255) ggggATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAAc > 1:403339/1‑143 (MQ=255) gaatGGACTGAGTGATGTGATCATATGGGAACGCAGCAGTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCATACACGTCATTAACAATCGTAACAAAACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCa < 1:1013879/140‑1 (MQ=255) gATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCa < 1:778566/143‑1 (MQ=255) tGGTCTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCTCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATACCCAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCActt < 2:640748/143‑1 (MQ=255) tGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCActt < 1:620926/143‑1 (MQ=255) gggACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCActt < 2:328673/142‑1 (MQ=255) ggACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCActtc < 1:539937/143‑1 (MQ=255) gACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCActtct > 2:449385/1‑143 (MQ=255) cTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTa < 2:6339/143‑1 (MQ=255) tCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTAt < 1:606973/143‑1 (MQ=255) tgatgtgatCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCtat > 1:189090/1‑143 (MQ=255) gtgatCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTACGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTGAAAACTCACTTCTTATCtataaga > 2:861718/1‑140 (MQ=255) atCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATCCAACtt > 1:488565/1‑143 (MQ=255) atCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACtt > 1:270288/1‑143 (MQ=255) atatGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAAt < 1:695832/143‑1 (MQ=255) gggCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATctct < 1:371068/143‑1 (MQ=255) gggCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATctct < 1:897605/143‑1 (MQ=255) cGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACGATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACt < 1:147753/143‑1 (MQ=255) agcaTTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGaa > 1:699307/1‑143 (MQ=255) agcaTTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGaa < 2:602141/143‑1 (MQ=255) cAATTATCATTATATCCGCGATAGTCCGCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAAGTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTa < 1:64801/143‑1 (MQ=255) ttatacttATATCCGCTATAGTACTCTTACTCGTCATTAATGATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACACGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAg < 2:241915/137‑1 (MQ=255) cATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTc < 1:540391/143‑1 (MQ=255) tCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCg < 2:687307/143‑1 (MQ=255) cTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGatat < 1:672021/143‑1 (MQ=255) aGTCCTCTTACTCGTTATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑ttt < 2:392293/143‑1 (MQ=255) cTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTatat < 1:138420/143‑1 (MQ=255) cGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGt < 1:108879/143‑1 (MQ=255) cGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTAAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGt > 1:1004153/1‑143 (MQ=255) tCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTGACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTGTATGTTg > 2:990281/1‑143 (MQ=255) aataatCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGAt < 1:668426/143‑1 (MQ=255) gTAACAAGACAATTAATTAAGAATCAACAATTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTCACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑ttt < 2:310422/143‑1 (MQ=255) tAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTg > 2:237567/1‑143 (MQ=255) aaCAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAACCTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTTCTGAATTAGTTAAAGTTTCGGTTTC‑ATTTCGTTGGGCCCAAAATGTTGGGGAGACTA‑TTTGt < 2:754409/143‑1 (MQ=255) ttagttaaGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTat < 1:668770/143‑1 (MQ=255) ttaattaaGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTat < 1:115464/143‑1 (MQ=255) ttaattaaGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTat < 1:608749/143‑1 (MQ=255) aaGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATgatgat > 1:639439/1‑143 (MQ=255) aGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGAtt > 1:789255/1‑143 (MQ=255) aTAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAGCTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCgg < 2:952021/143‑1 (MQ=255) aCAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGAc > 1:154420/1‑143 (MQ=255) aGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATTGATATC‑TTTTACCGTATACGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCaa > 1:967510/1‑143 (MQ=255) gTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCaaa < 1:402888/143‑1 (MQ=255) gTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACCGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGCTGATTCGGGGACCaaa > 2:853425/1‑143 (MQ=255) gaagTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAAt > 1:806794/1‑143 (MQ=255) gaagTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAAt > 1:102991/1‑143 (MQ=255) gaagTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAAt < 1:716399/143‑1 (MQ=255) aagTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTAGAGGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGGTGATTCGGGGACAAAATTAAATg > 1:341167/1‑143 (MQ=255) aagTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTGATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATg > 1:681370/1‑143 (MQ=255) gAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TGTTACCGTATATGTTGGGGATACTG‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAg < 1:289400/143‑1 (MQ=255) gTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAggg < 1:211844/143‑1 (MQ=255) aaaaCTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTT‑AAATTACGAGTGTTTATAGATTTATGATGATTCGGGGCCCAAATTAAATGCGAGGGatg > 1:240242/1‑142 (MQ=255) | TGGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATC‑TTTTACCGTATATGTTGGGGATACTA‑TTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATA > NC_000913/3798095‑3798376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |