| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,270,146 | T→C | 7.7% | intergenic (+19/‑92) | aphA → / → yjbQ | acid phosphatase/phosphotransferase/UPF0047 protein YjbQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,270,146 | 0 | T | C | 7.7% | 157.6 / 3.0 | 58 | intergenic (+19/‑92) | aphA/yjbQ | acid phosphatase/phosphotransferase/UPF0047 protein YjbQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/24); new base C (3/2); total (32/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
ACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTCAT > NC_000913/4270005‑4270288 | gccgccgCACGCTATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCCACCTACAAGCCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATg < 2:896368/142‑1 (MQ=255)aCCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGCGGAGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCgtggtg > 1:875127/1‑143 (MQ=255)aCCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATg < 1:999743/143‑1 (MQ=255) gcgcgggcgATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAGCCCTTGCCCCAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGctct < 2:836495/137‑1 (MQ=255) cgcACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACACGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGAGCGTCAATTCAGAAGACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCtctc > 2:527627/1‑143 (MQ=255) cACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTccc < 1:540833/143‑1 (MQ=255) aCGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACGCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCATCACGCTCTCCCg < 1:476599/143‑1 (MQ=255) cgcgATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGCATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGa < 1:681272/143‑1 (MQ=255) tCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGGGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGt > 1:277295/1‑143 (MQ=255) gcgcTCGTGGTATCCGCCTTCTTCGCTCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGtttt < 1:986406/143‑1 (MQ=255) gcgcTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGtttt > 1:254048/1‑143 (MQ=255) cgcTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGttttt < 2:400556/143‑1 (MQ=255) cgcTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGttttt < 2:465556/143‑1 (MQ=255) gcTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTGTCGCGAATGCTGtttttt > 1:97304/1‑143 (MQ=255) cTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTGGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGttttttt < 1:627379/143‑1 (MQ=255) tCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTa < 2:105997/143‑1 (MQ=255) tCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCGACGAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTa < 2:979232/143‑1 (MQ=255) tGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTCTTAATc > 2:902217/1‑143 (MQ=255) cGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCtt > 1:537464/1‑143 (MQ=255) cGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCtt > 1:45872/1‑143 (MQ=255) gCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCttt < 1:788578/143‑1 (MQ=255) aTTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTACTTACACCTTTAt > 2:44239/1‑143 (MQ=255) aTTCGGCGCGGCGCCAGCGCTACCTACAAACCCTGGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTAt < 2:665556/143‑1 (MQ=255) tGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTATAATCACACGTCTATCCtg > 2:290151/1‑142 (MQ=255) cgcgcCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTc > 2:382576/1‑143 (MQ=255) cgcgcCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTc < 2:210521/143‑1 (MQ=255) cgcCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACAGCTTTATCCTTTTGc > 1:833977/1‑143 (MQ=255) ccAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAATCGGCTGCGTTTGGTGAAGAGGTGCTCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACCCCTTTATCCTTTCGCTGTCt > 1:401088/1‑143 (MQ=255) ctacAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAAc > 1:256230/1‑143 (MQ=255) tacAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTGTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACt < 1:14483/143‑1 (MQ=255) acAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAACCTg > 2:92025/1‑143 (MQ=255) acAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCGTCCTGCCAAcgt > 2:164084/1‑141 (MQ=255) aaaCCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGCGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGAt > 1:425543/1‑143 (MQ=255) ccTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGGGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAag < 2:277295/143‑1 (MQ=255) cTTGCCACAAGCGTGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCACAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCCCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAaga < 1:113652/143‑1 (MQ=255) ttGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTCCTTATCTTTTCTTTATTGTATCTCTGTGTTGCTGCACACTGACTCagag > 2:364660/1‑143 (MQ=255) cacaAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCACACTGATACAGAGAGtt > 1:262129/1‑143 (MQ=255) cacaAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGtt > 2:699179/1‑143 (MQ=255) gCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGCTTAAAAGGGGTTTGTc > 1:705658/1‑143 (MQ=255) tttGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGagcag > 2:344664/1‑143 (MQ=255) ggTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGcac < 2:84794/143‑1 (MQ=255) gTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGACTGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCACTGTCTTGCTGCAAACTGGTTAAGAGAACTTTGTCACGGATGAGcaca > 2:76614/1‑143 (MQ=255) gTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTAt < 1:547115/143‑1 (MQ=255) gATCGTTAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTGTTTTAATCATACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCa < 2:481342/143‑1 (MQ=255) gATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTGTTTAATTAGACCTGTATCCTTTTGCTGTCTTGCTGAAAATTGATTAAAAGAGTGTTCTCAAGGAACGTCACATGTGGTAACa > 2:528466/1‑143 (MQ=255) tCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCCAGGAGCACCACATGTGGTATCaaa > 2:402529/1‑143 (MQ=255) gACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCAGACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTCCCGCAAACTGATTAAGCGACATTTATCCAGGAGCAGCCCACGTGGTATCAAAAGACGCTCCCGCTTAgcg > 2:1023050/1‑143 (MQ=255) gACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAgcg > 1:994375/1‑143 (MQ=255) aCAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTGgcgc > 1:579924/1‑143 (MQ=255) gcattcGGGAGAGCATCACGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACCCCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTGTGTCAAGGAGCAGCACATGTGGTGTCAAAGGACGCTCACGCTTAgcgac > 1:113660/6‑141 (MQ=255) gagCGGCAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTTCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCaa < 1:695875/143‑1 (MQ=255) agCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGGTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCaac > 2:287619/1‑142 (MQ=255) tcGGGAGAGCATCACGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTTTTTATTTTTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCTGACTGATTAAGAGAGGTTTATCAAGGAGCAGCACGTGTGGTATCAGAGGGCGCTCATGCTTAGCGCCaagt > 2:511224/2‑141 (MQ=255) tcGGGAGAGCATCACGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAAt > 1:238577/2‑143 (MQ=255) gagCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTg < 1:971959/143‑1 (MQ=255) agCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGCTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGCTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTgg > 1:971827/1‑143 (MQ=255) agCGTGACGCTCGCCCGCATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCGTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTgg < 2:193277/143‑1 (MQ=255) tGATGCTCTCCCTAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTGTCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGtgt < 1:875459/143‑3 (MQ=255) gATGCTCCCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTc < 1:866177/143‑1 (MQ=255) tGCTCGCCCGAATGCTGTTTTTTTAAGCACACCTTGATCCTTTCGCTGTCCTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTCAt < 1:415721/143‑1 (MQ=255) | ACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTCAT > NC_000913/4270005‑4270288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |