Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,159,335 | G→T | 6.0% | intergenic (+33/+27) | ptsG → / ← fhuE | glucose‑specific PTS enzyme IIBC component/ferric coprogen/ferric rhodotorulic acid outer membrane transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,159,335 | 0 | G | T | 6.0% | 163.7 / 3.9 | 68 | intergenic (+33/+27) | ptsG/fhuE | glucose‑specific PTS enzyme IIBC component/ferric coprogen/ferric rhodotorulic acid outer membrane transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/34); new base T (2/2); total (32/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.91e-02 |
GCAGCGGGCGTAGTGGTTGCTGGTTCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAAC > NC_000913/1159201‑1159476 | gcAGCGGGCGTAGTGGTTGCTGGTTCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCATCTGGCTGc < 2:498389/143‑1 (MQ=255) aGCGGCCGTAGTGGTTGCTGGTTCGGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCt < 2:281576/143‑1 (MQ=255) cGGGCGTAGTGGTTGCTGGTTCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCttt > 1:998970/1‑143 (MQ=255) ggCGGAGTGGTTGCTGGTTCTGGTGTTCAGGCGAGTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAGACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCATCTGGCTGCCttagt < 2:339456/143‑4 (MQ=255) cGTAGTGGTTGCTGGTTCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTa < 2:249712/143‑1 (MQ=255) tAGTGGTTGCTGGTTCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACa < 1:102121/143‑1 (MQ=255) aGTGGTTGCTGGTGCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACGAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTAGGGGGACTAAGGCAGCAAGGTGGCTGCCTTTTTTACAg < 2:977542/143‑1 (MQ=255) tGGTTTCTGGATCTGGTGTTCAGGAGATCTTCTGTACTCCATCCTATCACCTTAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCTTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGgt < 2:907337/143‑1 (MQ=255) ggtGCTGGTTCTGGGGTTCAGGCGATTTGCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAATGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGgtgt < 1:494278/141‑1 (MQ=255) ttGCTGGTTCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGtt > 1:631456/1‑143 (MQ=255) gCTGGTTCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTCGACCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGGTGGGGCGGCTAAGGCCGCCAGGTGGCTGCCTCTTTTGCGGGTGTTAt > 2:917634/1‑143 (MQ=255) gCTGGTTCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCACCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTAt > 1:991760/1‑143 (MQ=255) tCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTGTTTACAGGTGATATTCAGaa > 2:473624/1‑143 (MQ=255) tCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTCTTTACAGGTGTTATTCAGaa > 2:109982/1‑143 (MQ=255) cTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTACATCCGATACCCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCTTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAAt < 1:152127/143‑1 (MQ=255) tGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAAtt < 1:648661/143‑1 (MQ=255) tGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGGGTTGTTCAGAAtt > 1:851917/1‑143 (MQ=255) gggtTCAGGCGATTTTCGGTACTCATGGCGATAACCTGAATACGGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCGTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGa < 2:908832/141‑1 (MQ=255) tgttgtggCGATTTTCGGTACTAATGCCGGTAATCTGAATCCCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAAGCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGAt < 2:907653/137‑1 (MQ=255) ttCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGGAACCACTAATCCGTAAGACGTAGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTAGAGGTGTTATTCAGAATTGATAc > 2:922671/1‑143 (MQ=255) aGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTg > 1:580136/1‑143 (MQ=255) aGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCAATAATCCGTAAGACGTTGGGGAGAATACGGCAGCCAGATGGATGCATTTTTAATCGGTGTTATACAGAATTGATACGTg > 2:353299/1‑143 (MQ=255) cGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCg < 1:412952/143‑1 (MQ=255) ttttCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAAACGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTAGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTATTATTCAGACGTGATACGTCCCGGTa > 2:226847/1‑143 (MQ=255) gTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTACGACGTTGGGGAGACTACGGCAGCCAGCTAGCCCAGCTTTCTAGAGGTGATATTCAGAATTGATAGGAGCCGGTAATGCTg > 2:464476/1‑143 (MQ=255) cTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCTTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGaaa < 1:992968/143‑1 (MQ=255) cTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGaaa > 2:606703/1‑143 (MQ=255) tAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTACGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGATGTTATTCAGAATTGAGACGCGCCGGTAACGCTGAAAt > 2:161898/1‑143 (MQ=255) aacccGATAATCTGAAAGCCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCAGTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTa < 2:966815/140‑1 (MQ=255) aaTCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTa < 2:164458/143‑1 (MQ=255) aTCCGATATCGTGACAACGGCGATGGATGGGTTGATCCGTACCCACTAATCCGTAAGAGGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCATAGTTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTAc < 2:270184/143‑1 (MQ=255) ccGAGAACCTGAAAAGCGAGAGGGATGAGGAACTCGGTAGTCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGGCTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCATAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTAcgc < 1:145321/143‑1 (MQ=255) aTAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGgt < 1:860121/143‑1 (MQ=255) aCCTGAAATCCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAGTCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTGTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGtgtg < 2:996673/143‑1 (MQ=255) ccTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGc < 1:675542/143‑1 (MQ=255) cTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTGGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGGGTTATACAGAATTGATACGTGCCGGTAACGCTCAACTTACACGgtcggca > 2:442305/1‑138 (MQ=255) tGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGACTTGATACGTGCCGGTAATGCTGCAATTACGCGGTGTGCCg > 2:380442/1‑143 (MQ=255) 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2:331981/1‑143 (MQ=255) gaaCATGCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCa > 2:702384/3‑143 (MQ=255) gTACATCCGTACGCACTAATCGGGAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCTTTTTTTACAGGTGTTATGCAGAAGTGATACGGGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTGGACGATAGAACCTTCCa < 1:881535/143‑1 (MQ=255) tCCGTAACCCCTAATCCGTAAGACGTTGCGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTg < 1:27466/143‑1 (MQ=255) cGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGt > 1:949183/1‑143 (MQ=255) tcACTGATCCGTGAGGCGTTGGGGAGACGAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGt < 2:457746/142‑1 (MQ=255) cccctgaTCCGTGAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGt < 2:810111/137‑1 (MQ=255) cACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTa < 1:917634/143‑1 (MQ=255) cACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCGTCCACGTTGGTATCGTa > 2:835180/1‑143 (MQ=255) cACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAAGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTa > 2:863964/1‑143 (MQ=255) agtcGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGGTGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGaa < 2:473461/140‑1 (MQ=255) gtcggggAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAgg < 1:255402/140‑1 (MQ=255) gTTGGGGAGACTAACGCAACCAGATGGCTGCCTTTTCGACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATGACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGACCCTTCCACAGCGGTGTCGCGGGTCTTGTCGACCAgg > 2:426255/1‑143 (MQ=255) ttGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGTTGAAATTACGCGGTGTGACGTCGACGATAGAACCTTCCACGCTGGTACCGTAGGTTGTGTCGCACCgga > 2:745807/1‑142 (MQ=255) ggggggACTAAGGCAGCCAGGTGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGACATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTa < 2:719688/143‑1 (MQ=255) ggggAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTa > 2:107010/1‑143 (MQ=255) ggAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATGCGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGCACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTAtt > 2:348349/1‑143 (MQ=255) gagaCTACGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAACTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTg < 1:459216/143‑1 (MQ=255) agaCTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATCGAACACCCCCCGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGa < 1:777741/143‑1 (MQ=255) gccgaaGGCAGCCAGATGGCCGCCTTTTTTACAGGCGGTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGAc < 1:534594/139‑1 (MQ=255) aaaaGGCAGCCATCTGGCTGCCTTTTTTACAGGCGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGt > 1:1026294/3‑143 (MQ=255) tAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACACGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATCGAACCTTCCACGTTGCTACCGCAGGCTTTCCCGACCACCTCATTGACGtc > 2:249268/1‑142 (MQ=255) ggCAGCCATCTGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTccc > 1:311326/1‑143 (MQ=255) aGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACCTGCCGGTAATGCTGCAATTACGCGGTGTGCCGTAGGCGATAGACCCTTCCACGTTGGTCCCGTAGGTTTTGTCGCACAGGTTCTTGCCCTTccgccg > 1:173433/1‑139 (MQ=255) ccAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTa > 1:1025359/1‑143 (MQ=255) aGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAGCAGGTTATTGACGTTCCCCTGTaga > 1:270735/1‑141 (MQ=255) | GCAGCGGGCGTAGTGGTTGCTGGTTCTGGTGTTCAGGCGATTTTCGGTACTAAATCCGATAACCTGAAAACCGAGATGGATGAGTACATCCGTAACCACTAATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAAC > NC_000913/1159201‑1159476 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |