| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,764,427 | G→A | 33.2% | intergenic (‑41/+286) | sufA ← / ← rydB | iron‑sulfur cluster insertion protein SufA/small regulatory RNA RydB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,427 | 0 | G | A | 33.2% | 48.0 / 36.4 | 51 | intergenic (‑41/+286) | sufA/rydB | iron‑sulfur cluster insertion protein SufA/small regulatory RNA RydB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/14); new base A (9/8); total (29/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
TTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATT > NC_000913/1764286‑1764561 | tttGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGt > 1:37234/1‑143 (MQ=255) gCCACCAGCGCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAg < 1:959891/143‑1 (MQ=255) tCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGa < 2:602967/143‑1 (MQ=255) tCACGGAGGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCGTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGa < 2:606253/143‑1 (MQ=255) aCGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGAtt < 1:608185/143‑1 (MQ=255) gATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTGAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATc > 1:990934/1‑143 (MQ=255) aTGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATACTGATTATCa > 2:780749/1‑143 (MQ=255) gtgtATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCACTTTACCTCACTCCGTCCCTTTCAGCGTAGAACAGCATGTCAGTCATAATGATTacaagt > 2:298817/1‑138 (MQ=255) tgtATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGtt < 1:601282/143‑1 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTAATCGCTTTCAGCGTATAACAGCCTGTTAGTGATCATGAGTATCGGTTAAAc > 2:202037/1‑143 (MQ=255) ccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCGTTCAGCGTATAACAGCACATCAGGCATAATGATTATCAGGTCAccccc > 2:394860/1‑142 (MQ=255) acgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTCTAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCa > 2:80847/2‑143 (MQ=255) gggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCCCTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGATAGTGATAATGATTATCAGTTTCACCCAGCAAACg > 2:415576/1‑143 (MQ=255) gggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACACCATGTTAGTTATAATGATTATAAGTTCAACCCAACAAACg > 1:177691/1‑143 (MQ=255) tgtCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAg < 1:808751/143‑1 (MQ=255) tCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAggg > 1:134212/1‑143 (MQ=255) ttAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTa < 1:417212/143‑1 (MQ=255) tAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTAc > 2:853717/1‑143 (MQ=255) gaaGCGTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTCAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTAc < 2:433160/142‑1 (MQ=255) ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGACTGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCCGCAAACGCAGGCGCTTTACTGTa > 2:793364/1‑143 (MQ=255) cGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCtt < 1:501773/143‑1 (MQ=255) aTCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACGGTAAAACATGCTTTTTg > 1:176800/1‑143 (MQ=255) tCTTGTGGTTTTATGGTTTCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGc < 1:93702/143‑1 (MQ=255) cgtgtgGGTTCAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGcc < 2:409070/141‑1 (MQ=255) tgtgGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTg < 1:623930/143‑1 (MQ=255) ggTTAAAGGTTCCTGAATGAATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCttt < 1:969492/143‑1 (MQ=255) gTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCtttt > 2:375641/1‑143 (MQ=255) gTTAAAGGTGCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCtttt < 1:357224/143‑1 (MQ=255) ttAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTACTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGCCTTTACCGTACAACATGCTTTTTGCCTGCTTTta > 2:90034/1‑143 (MQ=255) tAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTtaa < 1:121469/143‑1 (MQ=255) ggtCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCGGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCGGTGCAACCCAGCCAACGCAGGGGCTTTACCGTCACACATGATCTTCGCCTGCTTTgaacagcc > 2:1038472/3‑138 (MQ=255) gTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGc > 2:924564/1‑143 (MQ=255) gTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAACCATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGc > 1:789466/1‑143 (MQ=255) gTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGATTTACAGTAAAACATGCTTATTGCCTGCTTTTAATAAGc > 2:153586/1‑143 (MQ=255) cTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAg > 2:911174/1‑143 (MQ=255) gAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGCCTTTACCGTATCACCTGCCTTTTGCCTGCTTCTCATCCGCATAGAc > 1:262079/1‑143 (MQ=255) aTGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGAt < 2:757128/143‑1 (MQ=255) gTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGAtgt < 1:809364/143‑1 (MQ=255) ccATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCCGAtgtgt < 2:37234/143‑1 (MQ=255) aTCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTCCAACCCCGGAAACGCAGGGGCTTAACCATTCAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCGGGTGTGTgg > 2:317106/1‑143 (MQ=255) cTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGc > 1:193601/1‑143 (MQ=255) ttCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAATATGTGATGGATGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCt > 1:1043769/1‑143 (MQ=255) cATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTACCAGGCACGCTaa > 2:590641/1‑143 (MQ=255) cATCGCTTCCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCGTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTaa < 2:344558/143‑1 (MQ=255) aTCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTacg > 1:645827/1‑141 (MQ=255) tCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACGTGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGGGGGGTAACAGGCACGCTCAGa > 1:529173/1‑143 (MQ=255) tCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGa > 2:805570/1‑143 (MQ=255) tCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTCAGa > 2:457551/1‑143 (MQ=255) ttCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAg < 1:924564/143‑1 (MQ=255) gCGTATAACAGCATGTTACTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTAt < 1:325411/143‑1 (MQ=255) aaCAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCAtt < 1:379004/143‑1 (MQ=255) | TTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATT > NC_000913/1764286‑1764561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |