| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,288,032 | C→A | 6.5% | intergenic (+22/‑58) | yraH → / → yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,288,032 | 0 | C | A | 6.5% | 168.8 / 3.4 | 62 | intergenic (+22/‑58) | yraH/yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/24); new base A (2/2); total (36/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
CAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTT > NC_000913/3287896‑3288172 | cAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCGGACCTGTCaa > 1:371691/1‑142 (MQ=255) tATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATAACg < 1:994503/143‑1 (MQ=255) gTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCGATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCt > 1:551463/1‑143 (MQ=255) tGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTttcc < 1:548306/143‑1 (MQ=255) tttGACATCATCGCGTGCTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACGCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTttcct < 2:250564/142‑1 (MQ=255) gTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTACGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACCCCATTttcct > 2:64491/1‑143 (MQ=255) aCCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCACAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCAGTAAGATAACGCCCTTTtccttcct > 1:292777/1‑143 (MQ=255) cTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCctct > 1:15129/1‑143 (MQ=255) aTCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCACAGGGGAAGCAGACGCTCTCGTTAACGTAGCGCTGGATTACAGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTtc > 1:426041/1‑143 (MQ=255) cGCTTACTTGGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCTAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTtctc < 2:331866/143‑1 (MQ=255) gCTTACTACGTATGAACCGTAGTTCCGTCAGAATGCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGGTTACCGTTCATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCg < 2:125343/143‑1 (MQ=255) cTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGt < 1:1054112/143‑1 (MQ=255) tactacGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTg > 1:133044/1‑143 (MQ=255) tactacGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTg > 1:133468/1‑143 (MQ=255) tactacGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTCTTCCTTCCTCTTTCTCGTTg > 2:89656/1‑143 (MQ=255) actacGTATCAGCCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGt < 1:346471/143‑1 (MQ=255) tacGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTAt < 1:558651/143‑1 (MQ=255) tacGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCCGGTCGTAt > 2:301997/1‑143 (MQ=255) gTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTTTctg > 1:151275/1‑141 (MQ=255) gTATCAACCGAAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAg < 1:774322/143‑1 (MQ=255) aCCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGGTAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGGATCAGGTTGaa > 1:631357/1‑143 (MQ=255) ccGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGaaa > 2:416917/1‑143 (MQ=255) gAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAGAATAACTATGTTaa > 1:157678/1‑143 (MQ=255) aTCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGCCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAAc < 1:487592/143‑1 (MQ=255) aCCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGaa > 1:588852/1‑143 (MQ=255) cccAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACa > 2:173476/1‑143 (MQ=255) cccAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGATGTATCAGGTGGAAAAATAACTATCTCAAAACGaccc > 2:48616/1‑140 (MQ=255) ggggAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGGACATTcg > 1:916826/1‑143 (MQ=255) ggAAGCAGACGCTATCGTTGACGTAACGCTGGTGTACCGTTAAGACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTcgcg < 1:712847/143‑1 (MQ=255) gAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAAGACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCgg > 2:322985/1‑143 (MQ=255) cAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGat > 1:732739/1‑143 (MQ=255) ggcGCTATCGTTCACGTTACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAACACCACTACGTCAAAACGAACATTCGCGGTGatat < 2:920544/141‑1 (MQ=255) gACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGACAGCTAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCTTTGTATCAGGTTGAAAAATAACCATGTCCAAACGAACATTCCCGGTGatat > 1:108222/1‑143 (MQ=255) aCGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCCGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATAtt > 2:124078/1‑143 (MQ=255) gCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTaa < 1:167611/143‑1 (MQ=255) gCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTCCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTaa < 1:516668/143‑1 (MQ=255) cTATCGTTAACGTAACGTTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAAc < 2:40263/143‑1 (MQ=255) cTATCGGGACCGTGACGCTGGATTACCGTTAACACGTTAGGGCGTTATCTGACCTATCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAAc < 2:842740/143‑1 (MQ=255) cGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCttg < 1:348138/143‑1 (MQ=255) aacgCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATAAc > 2:671188/1‑52 (MQ=25) aacgCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATAAc < 1:671188/52‑1 (MQ=21) cgCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCtt < 1:416917/143‑1 (MQ=255) ttACCGTTAATACGTTCGGGCGTTTTCTGACCTGTCAGATAACGCCTTTTTCCTTTCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAATACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTAtt < 2:418840/143‑1 (MQ=255) ttACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTATTCCTTCCTCTTTCTCGTGGTATCAGGTTGAAAAATCACTATGTAAACACAGCCAGGCACGTGGATATTAACCATGTCGTGTCGCTTCTGTCtt > 2:218702/1‑143 (MQ=255) cGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTGCTCTTTATCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAGAACGAACATTCGCGGGGCTAGTGACCTCGTTGTGTTGCTTCTGTGTTgcgc > 1:655405/1‑140 (MQ=255) gTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCa > 1:180827/1‑143 (MQ=255) gTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGAGGTGATATTAACCTTGATATGTAGCTTGTGTACTGGCCa > 2:446442/1‑143 (MQ=255) ggcggttgTTAGTGCGTTTTCGGACCTGTCAGATCACGCCCTTTTCCCTCCGCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAATAATATCTGTGTCAGTACGTTCTTGCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAg < 2:358807/136‑1 (MQ=255) aactcGTTGGGTCGTTATCGGCCCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTTAAAAATAACTATGTCAAAACGAACCTTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGgc < 2:157678/139‑1 (MQ=255) aaaaGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTg > 1:471280/4‑143 (MQ=255) ggCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCagga > 1:366383/1‑143 (MQ=255) gCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTGCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAATACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCaggag < 1:580978/143‑1 (MQ=255) cGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCaggagg > 1:670548/1‑143 (MQ=255) cGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTGCCTCTTTCTCGTTGTGTCAGGTTGAACAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCaggagg < 1:516044/143‑1 (MQ=255) ttATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGaa > 1:839990/1‑143 (MQ=255) ttATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGaa > 2:244007/1‑143 (MQ=255) aTCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATc < 1:572934/143‑1 (MQ=255) cTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTCACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGCCGCTTGCAGGAGGAGTCGt > 2:999936/1‑143 (MQ=255) tGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGGTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTGGGGTAGCCTCTGCATTGGCCAGGCGCTTGCAGGGGGAAGCGtt > 2:777876/1‑143 (MQ=255) tGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCATTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGATGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCCGGCGCTTGCAGGAGGCATCGtt > 1:988115/1‑143 (MQ=255) aCCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGtttt < 2:732739/143‑1 (MQ=255) aCCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGtttt > 1:878211/1‑143 (MQ=255) | CAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTT > NC_000913/3287896‑3288172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |