Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 167,293 | G→C | 8.2% | intergenic (+29/‑191) | mrcB → / → fhuA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcB/ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 167,293 | 0 | G | C | 8.2% | 147.1 / 6.5 | 56 | intergenic (+29/‑191) | mrcB/fhuA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcB/ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/15); new base C (2/3); total (38/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.72e-01 |
GATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTAT > NC_000913/167154‑167432 | gATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGGGAAATACCGGATGGCGAGTTg > 1:1047168/1‑143 (MQ=255) tCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCACGCACAAGAAGGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGcc > 1:1042773/1‑143 (MQ=255) cAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCa > 2:84821/1‑143 (MQ=255) tcttctCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCAACTCGCCATcc < 1:88695/143‑1 (MQ=255) tcttctCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGAAGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTACGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATcc > 2:692947/1‑143 (MQ=255) cttctCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCg < 1:405636/143‑1 (MQ=255) cAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTaaa > 1:903275/1‑143 (MQ=255) aGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTaaaa > 2:850477/1‑143 (MQ=255) gCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTaaact > 1:365525/1‑141 (MQ=255) gcagcaACCGCCGCAGCGGCAACGTGCTGAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCAACTCGCCATCCGGTatttcacg < 2:1033021/143‑8 (MQ=37) caACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATcc < 1:70166/143‑1 (MQ=255) aaCAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATccc < 1:917551/143‑1 (MQ=255) cGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTaa > 2:428586/1‑143 (MQ=255) aCAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGata < 1:85681/143‑1 (MQ=255) aaCCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGCGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAAc > 1:819998/1‑143 (MQ=255) ccTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAAccc > 2:89033/1‑143 (MQ=255) ccTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATGAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAAccc > 2:14882/1‑143 (MQ=255) tGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCctt > 1:160484/1‑143 (MQ=255) gCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTCAGATATTAAACcttt > 1:178101/1‑143 (MQ=255) tCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATCTTAACCctttct > 2:991317/1‑143 (MQ=255) gCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCtttt < 1:130661/143‑1 (MQ=255) gCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCtttt > 1:500440/1‑143 (MQ=255) agagCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGGGTGAAATGCCGGATGGCGAGTTGCTATATGCTAATTTTACATCACAACCGAGCTATTAACCCAGTCTTTTcct > 2:906942/1‑141 (MQ=255) agCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATACTCACCCTTTCTGTTCACCt > 2:781435/1‑143 (MQ=255) aaaGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGTCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGgttg > 2:543191/1‑143 (MQ=255) cGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTaa < 1:487845/143‑1 (MQ=255) gACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAAc < 1:84821/143‑1 (MQ=255) aCGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAAcc > 2:526329/1‑143 (MQ=255) tgtAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTc > 1:451778/1‑143 (MQ=255) tgtAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTc > 1:515846/1‑143 (MQ=255) gtAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCa < 2:744432/143‑1 (MQ=255) tAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAg < 1:523776/143‑1 (MQ=255) aGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAgg > 1:495749/1‑143 (MQ=255) ccGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGCTGTTTATTAACCCTTCAGGaa > 2:103475/1‑143 (MQ=255) ggTTGGAGCAAGGATATGTTTGGTAGTAACTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATACGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTGTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACg < 1:681608/143‑1 (MQ=255) gATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAg > 1:637440/1‑143 (MQ=255) gtCAACGATAGGTTTGGCAGTAATTACCACCTCAGCGCGAAATACCGGCTCGCGAGTTGCCCTCCCGTAAAATACCCTCCCATCTAAGATATTCACCCCTACCTTTTTTCTCGTTGTGTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGa < 2:425508/142‑1 (MQ=255) cAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGTAACGC‑TCAGAta > 1:66409/1‑142 (MQ=255) aaGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAAAATCCCATCTCAGATATTAGAACCGTCATCCCAGCAGGTAGTTGATTAACCAGTCAGGAACGC‑GCAGAtcg > 2:218493/1‑141 (MQ=255) atatGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCCTCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCACCTGGTTGTTTATTAACCCTCCCGGCCCGC‑TCCGATCGCGtc > 2:245022/1‑142 (MQ=255) atGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGCTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTAcc < 2:998058/143‑1 (MQ=255) ggTTGTAATTCACTTCTAAGCGTTAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGTAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGc < 2:510161/143‑1 (MQ=255) agtaATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAAAGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGaa > 1:17787/1‑143 (MQ=255) aaTTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAAccc < 2:500440/143‑1 (MQ=255) tAACATCTAAGCGTGAAATACCGGACGACCAGTGCCCACCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGcc > 2:753727/1‑143 (MQ=255) aaCACCTGAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATTCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTGTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCa < 2:249079/143‑1 (MQ=255) aTCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCg > 1:568092/1‑143 (MQ=255) aTCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGAGATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGG‑CCGCGGCAGATGGCGTACCCCTTGCGAACCCGCCAGCg > 1:438994/1‑143 (MQ=255) cTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGtt > 2:760947/1‑143 (MQ=255) cGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCaaa > 1:57856/1‑143 (MQ=255) tGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCGCATCTAAGATATTACGCGTTTCGTTTGATCTGGTTGTTGATTAACCATTCAAGAACGA‑GCAGATTGAGTAACGCATAGGTACGCGCCAGCGTTTCGActa > 2:92223/1‑143 (MQ=255) ccGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATAttatctt > 2:724279/1‑143 (MQ=255) cGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATAttatctta > 2:292851/1‑143 (MQ=255) cGGATGGCAACTCGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATAttatctta > 1:641842/1‑143 (MQ=255) cGGATGGCAACTCGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATAttatctta > 1:501399/1‑143 (MQ=255) cGACTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTtat < 1:497533/143‑1 (MQ=255) | GATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGC‑TCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTAT > NC_000913/167154‑167432 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |