| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,637,646 | +T | coding (5/1500 nt) | pitA → | metal phosphate:H(+) symporter PitA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,637,645 | 1 | . | T | 95.2% | 173.4 / 2.1 | 63 | coding (4/1500 nt) | pitA | metal phosphate:H(+) symporter PitA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/0); new base T (23/37); total (26/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
TTATATAAGATAATTATTTTTTGAGTGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑C‑T‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCG > NC_000913/3637506‑3637778 | ttATATAAGATAATTATTTTTTGAGTGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTGTATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑C‑tta > 1:519932/1‑141 (MQ=255)ttATATAAGATAATTATTTTTTGAGTGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAACATGGCCTAACGTCCTATG‑C‑ttg > 1:1016584/1‑141 (MQ=255) taAAATAATTATTTTTTGAGTGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGACAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACAttt < 2:86810/143‑1 (MQ=255) aTAATTATTTTTTGAGTGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACAtttgttt < 1:733761/143‑1 (MQ=255) aaTTATTTTTTGAGTGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTGTG‑CTT‑ACATTTGTTTGc > 1:110509/1‑143 (MQ=255) attattTTTTGAGTGAAATCCAGACAGGGGGCAAGTCAAAAAAAGTCTATAGTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCt < 2:439995/143‑1 (MQ=255) attTTTTGAGTGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAACGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAACATGGCGTAACGTCCTATGAT‑T‑ACATTTGTTTGCTGGc > 1:225879/1‑143 (MQ=255) attTTGTGAGTGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGc < 1:450378/143‑1 (MQ=255) gAGTGAAATCCATACAGGGGACAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGAtt < 1:283664/143‑1 (MQ=255) aGTGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGAttt < 1:805049/143‑1 (MQ=255) tGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTCTTTGCTGGCCTGGATTTGc > 2:826515/1‑143 (MQ=255) aTCCATACAGGGGGCAAAGCAAAAAAAGTCTGTATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCGCAAGATGGCGTACCGTCCTATG‑CTT‑ACGGTTGTTTGGTGGCGTGGATTTgtgtag > 1:706541/1‑138 (MQ=255) ccATCCTGGCGGCAAACCAAAAAACGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCg < 2:927496/143‑1 (MQ=255) aTACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑GTACTggg > 1:599597/1‑143 (MQ=255) aTACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTGTGCCCGCGCCGCCAAAGACACTGATAATGCGCCTCGTGCGTGTCCACAAAATGGCGGAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTTGTGGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCggg > 2:433819/1‑143 (MQ=255) aCAGGGGGCAACTCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGCTAATGCGCCGCGTTCATGGCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTCCTCTGCTGGCCCTGAATGCC‑ATCCCGGGcc > 2:470757/1‑142 (MQ=255) aCAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGATCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATGTGTACGCCGACCTGGATTTGG‑ATACCGGGcc > 2:468782/1‑142 (MQ=255) aGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGt < 1:1048370/143‑1 (MQ=255) gggggCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCTTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGtt < 2:442684/143‑1 (MQ=255) 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atTTCACTCTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTTTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTtgt < 1:153511/143‑1 (MQ=255) tttCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCGCTGGCTTTtgtg > 1:685283/1‑143 (MQ=255) tttCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTtgtg < 1:798770/143‑1 (MQ=255) cACTTTGCCCGCCGCGCGAAAGTCACTGACGATGTGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTAGG‑TTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTTGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTg < 2:673094/143‑1 (MQ=255) cTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGtt < 1:383652/143‑1 (MQ=255) tGCCCGCGCCGCGAAAGTCACGGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTa < 2:1016895/143‑1 (MQ=255) gCCCGCGCCACAAAGGGCACTGATAATGCGCTGTCGCCACGGCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTAc < 1:727694/143‑1 (MQ=255) cccGCGCCGCGACAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACg < 1:801889/143‑1 (MQ=255) cccGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACg > 2:598340/1‑143 (MQ=255) cgctccgcgAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAACGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGaa < 1:375885/143‑1 (MQ=255) gcgccgcgAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAg < 1:140399/143‑1 (MQ=255) gcgccgcgAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAg < 2:120198/143‑1 (MQ=255) tCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCCGGATTTGC‑ATGCCGGCCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGGTCTACGTAGCCAGCCACGGtt > 2:581798/1‑143 (MQ=255) aCTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTCCGAAGCCATCAATGGtctc > 2:675933/1‑143 (MQ=255) aCTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAAAGGCGTAACGTCCTATG‑C‑TGACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTc > 2:562881/1‑143 (MQ=255) gATACTGCGCCGCGTTCATGTCCTCAACATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCAt < 2:1060659/143‑1 (MQ=255) gATAATGCGCCGCGTTCATGTCTTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑TTT‑ACATTTTTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCAt < 2:322917/143‑1 (MQ=255) aTAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATg > 1:965399/1‑143 (MQ=255) tactGCGCCGCATTCAGGTCCCCCAAATGGCGCAACGTCCTATG‑CTT‑ACGTTTCTTTCCTGACCAAGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGa < 2:10682/140‑1 (MQ=255) cgcgcCGCGTTCATGTCGTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGacac < 1:770369/142‑1 (MQ=255) 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gtGTCCTCAAAATCGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGt < 2:739615/142‑1 (MQ=255) aTGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTCTCCATGACACAGCCAACGCCGt < 1:497580/143‑1 (MQ=255) tGTCCTCAACATGGTGTAATGTCCTATG‑CTT‑ACATTGGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTCATTGTTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGTCATCAATGTTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTg < 2:234392/143‑1 (MQ=255) gTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGATATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATAACTGGGTTCCCTGACACAGCCACCGCCGTgg > 2:1036842/1‑143 (MQ=255) tCACAATGGCGCAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTTTTCTCCGAAGTCATCAATTGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAAc < 1:455342/143‑1 (MQ=255) tCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGCGGCAAc > 1:444223/1‑143 (MQ=255) cAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAAcc > 1:633123/1‑143 (MQ=255) cAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTCGC‑ATACCGGGCGGGTATTATTGCTTGCACTGGATTTTGTGCTGTTCTACGGCGCCATCAATCGTTTCCATGACACACCCGAGGCCGTAGCCAca > 1:901241/1‑142 (MQ=255) aaTGGGGTAGCGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGtt < 2:1006260/143‑1 (MQ=255) gCGTAACGTCCTATG‑CTT‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCt < 1:294508/143‑1 (MQ=255) gTCCTATG‑CTT‑GCATTTGTTTTCTGGCCTGGTTTTGC‑TTCCCTGGCTGTTATTATTGCTTGCACGGGCTTTGGTACTGTTCTACGATGCCATCAATGTTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCcg < 2:992958/143‑1 (MQ=255) | TTATATAAGATAATTATTTTTTGAGTGAAATCCATACAGGGGGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑C‑T‑ACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGC‑ATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCG > NC_000913/3637506‑3637778 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |