| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3944978 | NA (NA) | 13 (0.240) | 9/252 | NT | 36.2% | noncoding (1275/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA |
| ? | NC_000913 | = 4038811 | 24 (0.430) | noncoding (1293/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA | |||||
TGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGACCCCTAAGGCGAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGGAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTGGTGTTACTGCGAAGGGGGGACGGAGAAGG > NC_000913/4038677‑4038953 | tGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGaa < 1:208598/143‑1 (MQ=40)tGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGaa < 2:279142/143‑1 (MQ=255)tGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGaa < 1:472181/143‑1 (MQ=255) gCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGCGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGAcc > 2:425838/1‑143 (MQ=255) cGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAgg < 1:121652/143‑1 (MQ=39) cGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAgg > 2:562366/1‑143 (MQ=40) acTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTc > 2:1007503/1‑143 (MQ=37) tATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCt > 2:872549/1‑143 (MQ=35) tgtgTTGTGGGGTAGGGGAGCGTTCGGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGt < 2:356423/143‑1 (MQ=21) cgtgtTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAAGTGTGCTGTGAGG‑ATCATCGGTGGTGTCTGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGt < 1:1098467/142‑1 (MQ=11) ttgttgGTTATGGGGCCTGTCTGTTAGTCTGTGAATGTGTGCTCTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGTGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCaa < 2:310962/143‑1 (MQ=11) tgGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGtt > 1:812978/1‑143 (MQ=32) ggggAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCgg < 2:537699/143‑1 (MQ=32) ttCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGt > 1:22845/1‑143 (MQ=32) ttCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTGAATCGGGGCAGGGt > 2:848843/1‑143 (MQ=17) tCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTg > 2:1033178/1‑143 (MQ=32) tGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAg > 1:656594/1‑143 (MQ=32) tGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAg > 1:170219/1‑143 (MQ=32) tAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCGGGGTGAGTc > 1:977718/1‑143 (MQ=17) aaGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGCGCAGGCCGCTCTCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCg > 1:511216/1‑143 (MQ=11) gtcTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGAT‑GGAGTTATCAGAAGTGCGAATGCAGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGAc < 2:179333/141‑1 (MQ=12) ccTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTGCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGAcc > 2:110336/1‑143 (MQ=17) ccgtgAAGCGGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGGAACGATAAAGCGTGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGcccc < 1:839901/141‑1 (MQ=11) tgtgAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGGCGAccgc > 1:683535/1‑141 (MQ=17) gTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagccttcgcacttctgatacttcctgcatgcctacccgccccccttaccgggcttgctgaacgctcccctatccaacaa < 2:853431‑M2/143‑97 (MQ=255) cGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgc < 1:489576‑M2/143‑100 (MQ=255) aCATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggctcacagaacgctcccctacccaacaccgcatcagcgtc < 2:647334‑M2/143‑109 (MQ=255) aaCGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgc < 1:753329‑M2/143‑117 (MQ=255) aTAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctccccgacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagct < 1:353553‑M2/143‑121 (MQ=255) tAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatgcctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcacctacctgacaattcttaagcgtcgctgccgcagcta < 1:460400‑M2/143‑122 (MQ=255) aaGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgccccttcg < 2:138476‑M2/143‑124 (MQ=255) aaGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcaaacattcacaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcatcagcgtcgctgccgcagcctcg < 2:665552‑M2/143‑124 (MQ=255) aaGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgatgatcatgggagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagctccg < 2:906763‑M2/143‑124 (MQ=255) aGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagccttcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaaaaacgcataagcgtcgctgccgcagctccgg < 1:588280‑M2/143‑125 (MQ=255) aGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcgg < 2:4989‑M2/143‑125 (MQ=255) aGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttc > 1:757503‑M2/1‑19 (MQ=255) aGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttc < 2:757503‑M2/141‑123 (MQ=255) ctcccgcTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggttta > 1:29698‑M2/3‑8 (MQ=255) cgcCCGCTttatcgttacttatgtcagcatgcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggttta > 1:974152‑M2/2‑8 (MQ=255) cccGCTttgtcggtccttatgtcagcgttcgcacttctgatacctccagcaggcctcacagcacacctgcgcaggcttacagagcgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagc > 2:576211‑M2/1‑6 (MQ=255) cccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgaataagcgtcgccgccgcagcttcggcgcatggttaagc < 2:42447‑M2/143‑138 (MQ=255) cccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccaccccccacagcgcgtaagcgacactgtccccgcttcggtgcagggtcgagc < 1:689880‑M2/143‑138 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcatgagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcc < 1:345719‑M2/143‑139 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcc > 2:756721‑M2/1‑5 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggctcaaac < 1:679287‑M2/143‑139 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctcccgcagcctcggtccatcgcttagcc < 2:9755‑M2/143‑139 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtagctgccgccgctgcggtgccaggtttagcc < 2:225239‑M2/143‑139 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgcgcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcc > 1:706791‑M2/1‑5 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttcggataccaacagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcc > 1:1095876‑M2/1‑5 (MQ=255) ccGCTttatcgttacctatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcc > 1:707525‑M2/1‑5 (MQ=255) ccGCTtgatcgttgctgcgggcggccttcgcacttgtgataccgccagcatgccgcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaaccacgcataagcgtcgcggccgcagcttcggtgcatggtttagcc > 2:76511‑M2/1‑5 (MQ=255) ccGCTtgatcgttacttaggtcagcattcgcacggctgatacctccagcatgccgcacagcacaacgtcgcaggcttacagaacgctcccctacccagcaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcc > 1:63425‑M2/1‑5 (MQ=255) cGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgccgcttcgctgcctggtttagccc < 2:844232‑M2/143‑140 (MQ=255) cGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagccc < 2:947872‑M2/143‑140 (MQ=255) gCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcccc > 1:160791‑M2/1‑3 (MQ=255) gCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcccc < 2:701093‑M2/143‑141 (MQ=255) gCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcccc > 2:1046069‑M2/1‑3 (MQ=255) gCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtccccgccgcagccgccgtgcatggctcagccgc < 2:1045573‑M2/143‑141 (MQ=255) gCTttatcgtcacttatgtcagcatgcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccgtcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcccc > 2:957839‑M2/1‑3 (MQ=255) gCTataccgctactgatgtcagcactcgcactcctgacacccccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcccc > 1:266627‑M2/1‑3 (MQ=255) tttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagccccgt > 1:888763‑M2/1‑1 (MQ=255) tttatcgtcacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagccccgt > 1:22042‑M2/1‑1 (MQ=255) | TGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGACCCCTAAGGCGAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGGAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTGGTGTTACTGCGAAGGGGGGACGGAGAAGG > NC_000913/4038677‑4038953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |