| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3944991 | NA (NA) | 3 (0.060) | 3/252 | NT | 10.8% | noncoding (1288/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA |
| ? | NC_000913 | = 4038798 | 26 (0.460) | noncoding (1280/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA | |||||
GCTAAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGACCCCTAAGGCGAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGGAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTGGTGTTACTGCGAAGGG > NC_000913/4038657‑4038940 | tgtAAACCCTGCCCCGAAGTTGCGGCTGGCACACTGTGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGCATCAACCGAGCGAATGTTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGt < 1:262879/141‑1 (MQ=14) cTAGACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTGGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTg < 1:475388/143‑1 (MQ=255) aaCCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGaaa > 1:911777/1‑143 (MQ=255) aaCCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGAGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGGATCAGAAGTGCGAATGCTGAAGTAAGCAACGAAAAACCGGGaggaa < 2:529340‑M2/143‑6 (MQ=255) aCCATTGACGGAAGCTGCTGCAGCGACACTAGGTGGGGTTGGGTAGGGGGGCGTTCTTTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGGGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGaaaa < 2:240010/143‑1 (MQ=11) ccATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAGGTAACGATAAAGCGGGCGAAAAg > 2:293545/1‑143 (MQ=255) cACCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGcttttcacccgc > 2:426271‑M2/1‑131 (MQ=255) aCCGAAGCTGCGGCAGCTACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGCGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCAAGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAAAGATAATGCGGGcttttcacccgct > 2:969845‑M2/1‑130 (MQ=255) ccGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTAGGGGAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGcttttcacccgctt > 1:748124‑M2/1‑129 (MQ=255) tGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGaa < 1:208598/143‑1 (MQ=40) tGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGaa < 1:472181/143‑1 (MQ=255) tGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGaa < 2:279142/143‑1 (MQ=255) gCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGCGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGAcc > 2:425838/1‑143 (MQ=255) cGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAgg > 2:562366/1‑143 (MQ=40) cGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAgg < 1:121652/143‑1 (MQ=39) acTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTc > 2:1007503/1‑143 (MQ=37) tATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCt > 2:872549/1‑143 (MQ=35) tgtgTTGTGGGGTAGGGGAGCGTTCGGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGt < 2:356423/143‑1 (MQ=21) cgtgtTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAAGTGTGCTGTGAGG‑ATCATCGGTGGTGTCTGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGt < 1:1098467/142‑1 (MQ=11) ttgttgGTTATGGGGCCTGTCTGTTAGTCTGTGAATGTGTGCTCTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGTGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCaa < 2:310962/143‑1 (MQ=11) tgGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGtt > 1:812978/1‑143 (MQ=32) ggggAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCgg < 2:537699/143‑1 (MQ=32) ttCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGt > 1:22845/1‑143 (MQ=32) ttCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTGAATCGGGGCAGGGt > 2:848843/1‑143 (MQ=17) tCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTg > 2:1033178/1‑143 (MQ=32) tGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAg > 1:656594/1‑143 (MQ=32) tGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAg > 1:170219/1‑143 (MQ=32) tAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCGGGGTGAGTc > 1:977718/1‑143 (MQ=17) aaGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGCGCAGGCCGCTCTCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCg > 1:511216/1‑143 (MQ=11) gtcTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGAT‑GGAGTTATCAGAAGTGCGAATGCAGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGAc < 2:179333/141‑1 (MQ=12) ccTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTGCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGAcc > 2:110336/1‑143 (MQ=17) ccgtgAAGCGGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGGAACGATAAAGCGTGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGcccc < 1:839901/141‑1 (MQ=11) tgtgAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGGCGAccgc > 1:683535/1‑141 (MQ=17) gTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagccttcgcacttctgatacttcctgcatgcctacccgccccccttaccgggcttgctgaacgctcccctatccaacaa < 2:853431‑M2/143‑97 (MQ=255) cGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgc < 1:489576‑M2/143‑100 (MQ=255) aCATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggctcacagaacgctcccctacccaacaccgcatcagcgtc < 2:647334‑M2/143‑109 (MQ=255) aaCGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgc < 1:753329‑M2/143‑117 (MQ=255) aTAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctccccgacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagct < 1:353553‑M2/143‑121 (MQ=255) tAAAGCGGGcttttcacccgctttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagctt < 1:859982‑M2/143‑135 (MQ=255) tAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatgcctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcacctacctgacaattcttaagcgtcgctgccgcagcta < 1:460400‑M2/143‑122 (MQ=255) aaGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgccccttcg < 2:138476‑M2/143‑124 (MQ=255) aaGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcaaacattcacaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcatcagcgtcgctgccgcagcctcg < 2:665552‑M2/143‑124 (MQ=255) aaGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgatgatcatgggagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagctccg < 2:906763‑M2/143‑124 (MQ=255) aGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagccttcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaaaaacgcataagcgtcgctgccgcagctccgg < 1:588280‑M2/143‑125 (MQ=255) aGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcgg < 2:4989‑M2/143‑125 (MQ=255) aGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttc > 1:757503‑M2/1‑19 (MQ=255) aGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttc < 2:757503‑M2/141‑123 (MQ=255) gcgcgcctttcacccgctttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggt > 1:649767‑M2/1‑5 (MQ=255) gCGGGcttttcacccgctttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggt > 1:1095226‑M2/1‑5 (MQ=255) gCGGGcttttcacccgctttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgaataagcgccgctcccgaaccttcggt < 1:798958‑M2/143‑139 (MQ=255) gCGGGcttttcacccgctttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacacattcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggt > 1:183915‑M2/1‑5 (MQ=255) ggcttttcacccgctttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaccgcataagcgccgctgccgcagcttcggtgcc < 1:1053863‑M2/143‑142 (MQ=255) ggctctccacccgctttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgccgcacagcacaccgttgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgca > 1:655497‑M2/1‑2 (MQ=255) gcttttcccccgctttatcgttacttatgtcaccattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaccaactcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcat > 1:309197‑M2/1‑1 (MQ=255) gcttttcacccgctttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcatacgcgtcgctcccgcagcctccgcgcat < 2:887165‑M2/143‑143 (MQ=255) gcttttcacccgctttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccatctccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcat < 1:353255‑M2/143‑143 (MQ=255) | GCTAAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCT‑GGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGACCCCTAAGGCGAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGGAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTGGTGTTACTGCGAAGGG > NC_000913/4038657‑4038940 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |