| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,009,005 | A→C | 8.1% | S19A (TCG→GCG) | rhtB ← | L‑homoserine/L‑homoserine lactone/L‑threonine exporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,009,005 | 0 | A | C | 8.1% | 145.5 / 2.4 | 60 | S19A (TCG→GCG) | rhtB | L‑homoserine/L‑homoserine lactone/L‑threonine exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/24); new base C (3/4); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAAATAGCGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAACGATTT > NC_000913/4008863‑4009142 | gAAAATAGCGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGGAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTTGCGa > 1:313288/1‑143 (MQ=255) aactAGCGTCCCCAACCCCCCGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACa < 1:493625/140‑1 (MQ=255) aaaTAGCGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACa > 2:243722/1‑143 (MQ=255) tAGGGTCCCCGACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGGAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGc < 2:990668/143‑1 (MQ=255) cGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGGCTGCAGCCCAAAAATAGAAGCACCCGCGCCGCGATAACCGTGGCTGAGCGAGGGGGTCATAGCGTTGACTGCACCAGCGCCGGGCGACAGGCTTa > 2:1020375/1‑143 (MQ=255) gTCCGCACCCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGTCGCCAGGCtctg < 1:955521/143‑4 (MQ=255) gTCCCCAACCCCACGCGAACCAGCACAATATAGATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGTCGCCAGGCtctg < 2:540126/143‑4 (MQ=255) ccACCCCCACGCCACCCAGCACAATAGGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGTCGCCAGGCtctggtgc < 1:611468/143‑8 (MQ=255) acctccACGCCCACCAGCACAATATGACTCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCTATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGAt < 2:218452/139‑1 (MQ=255) aaCCCCACGGCAACCAGCACAATATGAATCGTCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGAt < 1:6559/143‑1 (MQ=255) ctcgcGCCAACCAACACAATGGGAATCGCCGGTCCGGGCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGa < 2:776608/139‑1 (MQ=255) cccACGCCAACCAGCACAATATGAAGCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGa < 1:489240/143‑1 (MQ=255) ccACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATCACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGGGCCAGGCCGAAAATGATCGAt > 2:298569/1‑143 (MQ=255) aCGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGt < 1:848743/143‑1 (MQ=255) aaCCAGCACAATGTGCGTCGGCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTGGCGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTcagca < 2:1046447/143‑1 (MQ=255) cAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGGTGTCAGCAGGt > 1:344236/1‑143 (MQ=255) aaTATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCaa > 1:669914/1‑143 (MQ=255) ctatGAATCTCCAGCCCGGTCTGAAGCCCAGCAATACACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTGATAGTGTTGACTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCaaa < 1:722965/142‑1 (MQ=255) agtggCCAGTCCGGGCTGAAGCCCAGCAGTAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGGTGAGCGAGGGTGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAaccacc < 2:187181/139‑1 (MQ=255) aTCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCGTCGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAAccacca > 1:773266/1‑143 (MQ=255) gTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATGGGCGCCTCCGGGCCGCGTTAACCGTGGTTGCGCGGGGTGGTCATGGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGGTTAAATTGACCAATTTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAg < 2:669914/143‑1 (MQ=255) gTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGGGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCat > 1:284049/1‑143 (MQ=255) aGCCGAGAAAGAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGGGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGaa < 2:133662/143‑1 (MQ=255) ggccAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAGCCGTGGTTGGGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGTGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAAc < 1:338698/141‑1 (MQ=255) cccAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCCCCCTTCTAAGGTCATGATGACCt > 1:400016/1‑143 (MQ=255) cccAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACt > 1:1075893/1‑143 (MQ=255) gtgtcAATAGAGGCCAGCGTGCCGGGATTACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGTCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCGGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTc < 2:900827/139‑1 (MQ=255) aGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTccc > 2:756448/1‑143 (MQ=255) caTAGAGGCCGCCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTCGCTACAGGCGTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGgt < 1:123638/142‑1 (MQ=255) aaTCGACGCCCCCCCGCCGGCAATTCCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAACATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGgt < 2:823698/143‑1 (MQ=255) tAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCAGGCAACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGACAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAGCTCCCgggtt > 1:218447/1‑140 (MQ=255) aCGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTc < 2:440416/143‑1 (MQ=255) cACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGCCAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGTAGCCGACGAGCCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCGAtt > 2:780037/1‑143 (MQ=255) cgcgATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGcc > 1:765820/1‑143 (MQ=255) gcgATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCca > 1:383681/1‑143 (MQ=255) ccGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACg < 1:991510/143‑1 (MQ=255) cGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTTGCGCCATGCTGACAATGCTCGATGTCAGCAGGTAGACAAAACACCATTATAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTGGTGCCACAATACGc > 1:238708/1‑143 (MQ=255) cGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTCTTTTTGTGCCACAATACGc > 2:995411/1‑143 (MQ=255) cGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCa > 2:463540/1‑143 (MQ=255) gAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAAAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACAATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGACTATGCTTGTGCCACAATACGCCACTGTcactg > 2:255211/1‑139 (MQ=255) ggtggtCATGGGGTTGAGTGGACGAGAGCCGGGCGACGGGCTGAGAATGGGGGATGTCAGCAGGTAGGCGAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCg < 1:389815/143‑1 (MQ=255) tggtCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTCAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGtt < 1:104434/143‑1 (MQ=255) tggtCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGtt < 1:142168/143‑1 (MQ=255) gggtCATAGTGTTGATGGCACCGGAGCCTGGCGCCAGGCTGAAAATGATCGATGTGAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTGAGGTCATGATGGACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGtt < 2:427545/142‑1 (MQ=255) ggtCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGGCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTtg < 1:898027/143‑1 (MQ=255) gtCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATCCGCTACTGTCGCAGCGTtgt > 2:693356/1‑143 (MQ=255) agaGTGTTGAGCGCGACAGAGCAAGGCGACAGGCTGAAGATGAGCGACGTCAGCAGGGAGGCAAACCACCATGCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTc < 1:86459/141‑1 (MQ=255) aTAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCGACTGTCGCAGCGTTGTGTc > 1:593536/1‑143 (MQ=255) aTAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGCGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTtgtggc > 2:536602/1‑141 (MQ=255) ttGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTGCTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGccc > 1:833789/1‑141 (MQ=255) ttGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCAc > 1:619745/1‑143 (MQ=255) ttGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCAc > 1:564916/1‑143 (MQ=255) ttGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCGCGCTa > 1:272815/1‑143 (MQ=255) tGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTGGGGCACGCTaa > 1:540890/1‑143 (MQ=255) aCCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCACACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGGGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCCACTGCCGCAGCGGTGTGTCAGGCAGGCtgagac > 2:293464/1‑138 (MQ=255) aCCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTaaaaa > 1:635266/1‑143 (MQ=255) agCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCCCGCTAAAAAAAACg > 2:1104640/1‑143 (MQ=255) ccTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAACGAt < 1:896416/143‑1 (MQ=255) cTGGCGGCAGGCTTAAGATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACGATACTAGGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGGCGATTTGGGTGCCACCATACGCTCCTGACGCAGAGTTGTGTCCGGCAGGCCAGACAAAACGaat > 2:308599/1‑141 (MQ=255) cTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGACAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATCCCCTACTCTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTGACAAAAAccact > 1:100587/1‑139 (MQ=255) tGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAGACGAttt > 1:94829/1‑143 (MQ=255) | GAAAATAGCGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAACGATTT > NC_000913/4008863‑4009142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |