Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 790,931 | C→G | 6.1% | W33C (TGG→TGC) | galT ← | galactose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 790,931 | 0 | C | G | 6.1% | 146.4 / 2.1 | 57 | W33C (TGG→TGC) | galT | galactose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base G (2/2); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 |
AAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGA > NC_000913/790793‑791068 | aaaGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGCCGTTTCCTGCGCCCCCAGCCA‑gg > 1:89410/1‑143 (MQ=255) aaaGTCATTAGTGAAAACGGAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑gg < 1:920595/143‑1 (MQ=255) tCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGgcg > 2:833281/1‑143 (MQ=255) aTTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGGGCCCCCTGCGC‑GGGGCCCt > 2:649024/1‑143 (MQ=255) ttAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGGtt > 1:502516/1‑143 (MQ=255) ttAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCG‑CCCCTGGCA‑gggggcgcag < 1:870153/143‑7 (MQ=255) gAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGGGCTGAccgc > 2:698185/1‑143 (MQ=255) cGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGGTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCAC‑GGGGCGCTTAGCgcggtgc > 2:856708/1‑143 (MQ=255) gTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTCTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAACCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCgcggtgcg < 1:378093/143‑1 (MQ=255) aaGTCTCGGTGTAATCGGGTTTTTTATCGACTGTCACGCGCACATTACCCGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCACAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCgcggtgcggt < 1:18325/143‑1 (MQ=255) aaGTCGCGGTGTGGTCGGGGGTTTTATCGCCTGTGGCCCGCACAGTGGCTGCGCAGAGGAAGCGATCTGGAGCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCGGGCGTTTCCTGGGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCgcggtgcggt < 2:208483/143‑1 (MQ=255) ccGGTGTAATCGGGCCTTTTAACGCCGCTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGCAGCAATCGGCACCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTGTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAAc < 2:86888/143‑1 (MQ=255) cGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGCGCGCTTAGCGCGGTGCGGGGGAAcc > 2:218931/1‑143 (MQ=255) ggtgcgaTCGGGGTGTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGGAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCa < 2:653956/137‑1 (MQ=255) cGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCAt < 1:1017246/143‑1 (MQ=255) ggggTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCAtt > 2:89625/1‑143 (MQ=255) ggTTTTTATCGCCGGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGATAAACCCGGGTTGTCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGc < 1:362976/143‑1 (MQ=255) tttttATCTCTTGTCATTCTCACATTATCTTCGCATAGGAAGTAATTTGGATCGTGTGTAGTTATCACCTTTTTGTCTGGCGTTTCCTGCGCTCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCTGTGAAACCAGAATCCATTGccc < 2:609489/143‑1 (MQ=255) ttATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGt < 1:98877/143‑1 (MQ=255) aTCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTGTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGa > 2:275243/1‑143 (MQ=255) cGCCTGTCACCCGGACCTTTCCTGCGCAGAGGAAGCGATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGTCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGc < 2:108773/143‑1 (MQ=255) cGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGc > 1:670894/1‑143 (MQ=255) tGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGCTCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGt < 1:598189/143‑1 (MQ=255) gTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGtt < 1:373497/143‑1 (MQ=255) tCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCC‑GGGGCGCTTGGCGCGGCGCGGTGAAACCCGAATCCGTTGCCCGGTGAGCGGGtcg > 2:14176/1‑141 (MQ=255) cACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACAGCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGt < 2:205596/143‑1 (MQ=255) aCCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGACACCAGCATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTa > 1:370637/1‑143 (MQ=255) ccGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCCGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGGAACCGGAATCCATTGCCCGGCGAGCGGGGTGTAgc > 2:601326/1‑143 (MQ=255) cgccccttACCTGCGCAGAGGAAGCAGTCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAgcg < 2:7620/137‑1 (MQ=255) cTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGCGCGGTGAAACCAGAATCCATTCCGCGGCGCGCGGCTTGTAGCGGCGaagcggc > 2:62735/1‑137 (MQ=255) gcgcCGAGGCAGCAATCTGGACCGTGCGCAGGTACCACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGgatg < 1:489483/143‑1 (MQ=255) gcAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCAGGTTGTAGCGGCGATGTGgattat > 2:314383/1‑143 (MQ=255) ggACGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCTCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCTCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGTGATGTGGATGATCAACg < 1:785241/143‑1 (MQ=255) gCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGACGCTTCAGGTGTTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGAt > 1:155632/1‑143 (MQ=255) gctCGTGAGCAGGTACCCCCTGTCTGGCTGGCGTCTCCTGCGCCCCCCGCTA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGGGAAACCAGACTCTATTGCCCGGTGAGTGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGc < 1:194094/141‑1 (MQ=255) gATCGTGCGCATGTAACACCAGTGTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCG‑GAGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGc < 1:612982/143‑1 (MQ=255) gATCGGGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGc < 1:448634/143‑1 (MQ=255) tCGGGCGCAGGTAACACCTGTCTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTCGCGCGGTGCTGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGt < 1:566126/143‑1 (MQ=255) gcAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGCTGAAGATCATCAACGGGACTAAAGGGCGTCATgga > 2:384008/1‑142 (MQ=255) gcAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAAAGAGATTAAATTGCGTCATGGt > 2:716263/1‑143 (MQ=255) gTATCACCTGTTTGGCTGGCGCTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGtt < 2:621527/143‑1 (MQ=255) acacCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GCGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTCGTAGCGGCGATGTGGAGGCACAGCGAGATTAAATTGCGGCATGGGCGTACCt > 2:273095/1‑143 (MQ=255) tGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGAGGTGAAACCAGAATCCGGTGACCACAAGGCGGGTTGTAGCGGCGATGCGGATGATCAACGGGATTAGATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATc > 2:392234/1‑143 (MQ=255) ttGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCCTTGCCCGGTGCGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCggg < 1:698185/143‑1 (MQ=255) ttGGCGGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCggg < 1:744600/143‑1 (MQ=255) gcGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATccc > 1:277911/1‑143 (MQ=255) ttCCTGCGCCTCCGGCCA‑GGGGCGCTTAGCGGGGGGCTGTGACACCGGAATCCATTGCCCGGTGGGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCtgtg < 2:164693/143‑1 (MQ=255) ttCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGTTGAACGAGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAACCGAGATATcaatttg > 2:945952/1‑137 (MQ=255) tgccTGCGCCCCCTGGCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTGGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCtgtg < 2:1088350/141‑1 (MQ=255) gtGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGAt < 1:722976/142‑1 (MQ=255) cTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGAt < 1:993808/143‑1 (MQ=255) tGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGAGGGGTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCCTGGTCGCTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGCTg > 2:728670/1‑143 (MQ=255) gcgcCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTATAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGGTTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGAAATCCCCGTggcgtg > 2:558472/1‑139 (MQ=255) cgccccTGGCAGGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGc > 2:535721/3‑143 (MQ=255) cgccccTGGCAGGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGGTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCATGATATCCCTGTGGAAGGc > 2:458780/3‑143 (MQ=255) cccccTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAACCCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTGGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGCTTAAATTGCGTCATGGTCGCGCCGTAATCGGGATATCGCAGTGGATGGAGt > 2:879233/1‑143 (MQ=255) cccTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGa > 1:853738/1‑143 (MQ=255) | AAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGA > NC_000913/790793‑791068 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |